Hierarchia shi-nō-kō-shō przeważa (w pracach historyków), ponieważ była zalecana przez konfucjańskich myślicieli i cieszyła się pewną popularnością w dyskursie epoki Tokugawa i późniejszym; piszący o społeczeństwie japońskim jako całości często odwoływali się do „czterech stanów” (shimin). Niemniej hierarchia shi-nō-kō-shō nie miała rzeczywistego umocowania w prawie szogunatu Tokugawa. W większości wypadków chłopi, rzemieślnicy i kupcy tworzyli jedną grupę statusu – gminu. Inaczej niż duchowni i zakonnice, wyrzutki i inni członkowie odrębnych grup statusu, wioskowi kupcy i rzemieślnicy nie byli odróżniani od rolników w rejestrach ludności. Podobnie chłopi, którzy wywędrowali do miasta, aby pracować jako czeladnicy w sklepach, nie przemieszczali się w dół hierarchii statusu, ani w oczach władz szogunackich, ani społecznie. Ponadto, chociaż szogunat Tokugawa stosował odrębne prawa do samurajów i do dworu cesarskiego, ludzie z gminu podlegali zwykle ujednoliconym nakazom i zakazom. Nie był także system statusu ściśle hierarchiczny: horyzontalny podział grup społecznych według ich funkcji był przynajmniej równie ważny, jak ich ranking wertykalny (Howell 2005: 25).
Cechą charakterystyczną japońskiego rozumienia statusu stanowego, zaczerpniętą z tradycyjnej filozofii chińskiej i centralną w japońskim neokonfucjanizmie, który stanowił ideologiczną podstawę szogunatu, było silne powiązanie powinności wobec społeczeństwa z przynależnością stanową. Ujmując to w kategoriach współczesnej socjologii – silne było powiązanie grup statusu z funkcjonalnym podziałem pracy.
O przynależności rodziny do określonego stanu decydowała przynależność głowy rodu. Podstawowe powinności wynikające z tej przynależności obejmowały płacenie podatków, wykonywanie różnych prac na rzecz stanowej społeczności oraz posługi na rzecz władcy.
W ramach definiowania powinności i uprawnień, szogunat wydał w 1613 roku szczegółowe instrukcje dla arystokracji cesarskiej, znajdującej się poza systemem stanowym. Instrukcje te, znane jako kuge shohatto, miały na celu ograniczenie wpływu dworu cesarskiego na stan samurajski, włącznie z zaprzestaniem nadawania przez dwór cesarski tytułów i nominacji samurajom. Dokument zalecał arystokratom, aby „pilnie zajmowali się studiowaniem ksiąg”, pełnili rolę cesarskich wartowników, nie włóczyli się po ulicach Kioto bez potrzeby, unikali sportów i gier i przede wszystkim unikali kontaktów z tymi samurajami, którzy prowadzili życie dandysów i zabijaków[16]. W dokumencie pojawiła się też instrukcja, aby informacje o nieprzestrzeganiu przez arystokratów zasad sformułowanych w kuge shohatto były przekazywane na dwór szoguna, zamiast na dwór cesarski. W 1615 roku wydane zostały bardziej szczegółowe instrukcje, wyliczające powinności dworu cesarskiego, wraz z odpowiadającymi im procedurami (Jansen 2002: 36).
W tym samym roku wydane zostały instrukcje dla daimyō (buke shohatto). Zabraniały one zgody daimyō na tolerowanie obecności w granicach księstwa przestępców i „obcych” samurajów, budowy nowych fortyfikacji, jak i naprawy starych. Małżeństwa zawierane w rodzinach daimyō przestały być sprawą prywatną – wymagały akceptacji władz szogunatu. Na księstwa nałożony został obowiązek meldowania szogunatowi o wszelkich podejrzanych ruchach w sąsiednich księstwach, ale jednocześnie instrukcje szogunatu przykazywały unikania kontaktów między władcami sąsiadujących księstw, jeśli nie było to absolutnie konieczne. Kilka lat później, w 1622 roku, wydany został rozkaz pozostawienia członków rodzin daimyō jako zakładników w mieście Edo, będącym siedzibą szogunatu. Na ziemi otrzymanej w tym celu od szoguna daimyō musieli wybudować rezydencje, aby zapewnić swoim rodzinom i dworom odpowiednią oprawę. Był to początek systemu, który dekadę później został dopracowany w szczegółach i który przetrwał prawie do końca szogunatu jako system sankin-kōtai.
Hierarchię rodów daimyō odzwierciedlały sztywne reguły dotyczące miejsca, jakie mógł zająć przedstawiciel rodu podczas zgromadzeń i ceremonii na zamku szoguna w Edo. Honoryfikatywny ranking rodów był też subtelnie zmieniany przez symbole rangi nadawane przedstawicielom rodów przez szoguna – na przykład prawo do noszenia określonego stroju ceremonialnego bądź nawet jego elementu (Ikegami 1995: 159).
Stworzona przez szogunat hierarchiczna struktura daimyō miała swoje odzwierciedlenie w hierarchii stosowanej w ramach księstwa. Daimyō wprowadzili rozbudowany system rang wśród swoich wasali. Okres szogunatu Tokugawa to także rozerwanie związku samuraja z posiadłością ziemską, której był właścicielem lub którą zarządzał. Wasale daimyō zostali zmuszeni do przeniesienia się do miast zamkowych swoich panów. Posiadający rodziny otrzymywali ziemię, na której budowali dom, natomiast nieżonaci mieszkali w pomieszczeniach wybudowanych do tego celu wewnątrz murów otaczających zamek. Zamiast dochodów z ziemi, samurajowie zaczęli otrzymywać od daimyō wynagrodzenie w ryżu[17]. Część z nich była kierowana przez swojego pana do jego rezydencji w Edo. Inni byli z kolei używani przez daimyō do nadzorowania coraz bardziej skomplikowanego w miarę upływu lat systemu ściągania podatków w ryżu, a w związku z tym szacowania zbiorów, pomiarów ziem należących do wiosek i pilnowania porządku na prowincji.
Niezależność samurajów została poważnie ograniczona także przez to, że daimyō – naśladując obyczaje szogunatu – wymagali od swoich samurajów uzyskania pozwolenia za każdym razem, gdy w rodzinie samuraja wystąpiła konieczność wyznaczenia następnej głowy rodu lub gdy planowane było małżeństwo.
Ze względu na to, że daimyō byli zobowiązani do utrzymywania odpowiedniej liczby wojowników, określonej przez oszacowaną wielkość zbiorów ryżu w księstwie, nie mogli sobie pozwolić na zredukowanie liczby samurajów-wasali, nawet gdy w czasach pokoju byli oni zbędni. W ten sposób pozycja wasala daimyō stała się dziedziczna i była kamieniem węgielnym samurajskiego rodu.
Samuraje nie mogli bez dramatycznych konsekwencji dla własnego rodu opuścić wasalnej relacji. Daimyō z kolei nie mogli znaleźć dostatecznie dużo zajęcia dla swych samurajów. Na skutek tego wielu niskich rangą samurajów pędziło żywot próżniaka, ze wszystkimi tego konsekwencjami dla sposobu, w jaki spędzali czas (Roberts 1995).
W 1614 roku szogunat nakazał, aby świątynie buddyjskie zaczęły prowadzić rejestry wszystkich ludzi z gminu mieszkających na terenie danego księstwa (terauke). Rok później wydane zostały ogólne instrukcje dla świątyń buddyjskich (ji’in hatto), określające ich powinności. Szogunat przykazywał, aby świątynie organizowały życie religijne ludności, zajmując się tylko sprawami religijnymi i nie popadając przy tym w religijną ostentację. Wprowadzona jednocześnie hierarchia świątyń miała na celu kontrolę nad ich działaniami, opartą na zasadzie, że świątynie wyżej w hierarchii bacznie obserwowały, co dzieje się w świątyniach niższego szczebla. Koncentracja na religii według szogunatu