Pytanie o to, czy Japonia pod rządami szogunatu Tokugawa była państwem, czy zaledwie zlepkiem księstw rządzonych przez daimyō, jest problemem nadal zaprzątającym umysły historyków japońskich, jak i zagranicznych specjalistów od historii Japonii. Wśród historyków japońskich Mizubayashi Takeshi zaproponował dla Japonii szogunatu Tokugawa nazwę han kokka (państwo księstw)[8], Sugimoto Fumiko uważa, że było to wysoce scentralizowane państwo (Sugimoto 1994), a Mitani Hiroshi jest zdania, iż pomimo tego, że funkcjonalnie było to daimyō kokka (państwo daimyō) – to jednocześnie powstała wtedy świadomość istnienia państwa jako skutek przeprowadzonych kilkakrotnie przez szogunat spisów gruntów i ludności na całym terenie Japonii (Mitani 1997). Tezę o nieistnieniu zwartego organizmu państwowego w Japonii szogunatu Tokugawa na gruncie zachodniej myśli historycznej postawił Philip C. Brown (1993), a następnie – w oparciu o analizy gospodarczej i fiskalnej niezależności księstw – Luke Roberts (1998) i Mark Ravina (1999). Z kolei Ronald P. Toby pisze:
Daimyō, szczególnie w dużych księstwach tozama, mieli wielką swobodę w rządzeniu terytorium, na którym panowali, ale (…) ich panowanie – nawet w oczach najbardziej zagorzałych lokalnych zwolenników – pozostawało warunkowe i w żadnym istotnym sensie nie było „suwerenne” (Toby 2001: 200).
Marius Jansen zwraca uwagę na jeszcze inny aspekt stworzonego przez szogunat Tokugawa systemu politycznego:
Problem powstaje stąd, że Japonia okresu Tokugawa została spacyfikowana i zbiurokratyzowana, ale nie została faktycznie zjednoczona. Księstwa daimyō, z ich strukturami administracyjnymi, armiami i systemami fiskalnymi, zachowały istotne elementy autonomii, pomimo tego, że zależały od łaski szoguna. Termin użyty przez Edwina O. Reischauera – „scentralizowany feudalizm” – dobrze oddaje ten paradoks i identyfikuje problem: Japonia nie była ani w pełni scentralizowana, ani w pełni feudalna (Jansen 2002: 33).
Nazwanie przez Reischauera okresu panowania szogunatu Tokugawa scentralizowanym feudalizmem[9] jest jedną z wielu prób określenia rodzaju państwowości, charakterystycznego dla okresu, który w literaturze anglosaskiej przyjęło się nazywać „Early Modern Japan” (Japonia nowożytna).
Jansen podkreśla także fakt, że system zmienił się znacznie z upływem czasu. W pierwszym stuleciu rządów rodu Tokugawa szogunowie mieli pozycję najpotężniejszego wśród równych i byli w stanie dyscyplinować, nagradzać i karać w zasadzie bez przykrych dla ich władzy konsekwencji. Po upływie stulecia jednak pozycja daimyō uległa umocnieniu i szogunat rzadziej pokazywał swoją przewagę. Stopień centralizacji instytucji politycznych nie zwiększył się w tym czasie, natomiast integracja gospodarcza obszarów należących do szogunatu z tymi, które były we władzy daimyō uległa znacznemu pogłębieniu. Kraj potrzebował pokoju dla handlu i komunikacji, a ponieważ pokój został zachowany i poziom życia wzrósł, miasta zaczęły pełnić rolę centrów życia kulturalnego[10]. To wszystko wpłynęło na pogłębiającą się integrację kraju. Rozwijająca się tożsamość narodowa była prawdopodobnie bardziej rezultatem zachodzących zmian społecznych niż rządów szogunatu.
Należałoby tutaj dodać, że dyskusja o tym, czy Japonia okresu szogunatu Tokugawa była państwem, toczyła się i toczy bez precyzyjnego określenia, czym jest państwo. Nawet jeśli weźmiemy pod uwagę, że definicji państwa jest wiele i żadna z nich nie jest dostatecznie szeroko zaakceptowana, dyskutowanie o państwowości szogunatu Tokugawa bez podstawy, jaką jest definicja państwa, pozostawia uczucie niedosytu.
Klasyczna definicja Maxa Webera, w której państwo to instytucja, która ma wyłączne prawo do posługiwania się siłą w obrębie danego terytorium, stawia pod znakiem zapytania państwowość struktury organizacyjnej szogunatu, ponieważ poszczególne księstwa posiadały własnych wasali – samurajów, szkolonych w sztukach walki, natomiast szogunat nie stworzył niczego, co służyłoby za armię reprezentującą władzę centralną. Podobnie było ze służbami utrzymywania porządku w miastach – system magistratów miejskich (machi bugyō) istniejących w mieście Edo nadzorował jedynie obszary zamieszkane przez stany gminne i tylko tam odpowiednik policji, tak zwani dōshin posiadali prawo interwencji. Znajdujące się w Edo posiadłości daimyō były odpowiedzialne za utrzymywanie porządku na własnym terenie, włącznie z władzą sądowniczą (Dunn 2001: 28–31). Można jednak znaleźć inne definicje państwa, według których państwowość struktury organizacyjnej stworzonej przez szogunat Tokugawa nie ulega wątpliwości[11].
Japonia rozpoczęła budowę nowoczesnego społeczeństwa w czasie, gdy rozpowszechniły się państwa narodowe, a co za tym idzie, nabrał znaczenia problem tożsamości narodowej. W późnym okresie szogunatu występują procesy kształtowania się identyfikacji narodowej, związane z rozwojem komunikacji, czytelnictwa i kultury miejskiej. Niemniej jednak działania władz Meiji mające na celu budowę tożsamości narodowej pośrednio wskazują na fakt, że pozostała w spadku po szogunacie Tokugawa tożsamość narodowa Japończyków była mało rozwinięta. Luke S. Roberts wskazuje na jeszcze inny powód usiłowań rządów Meiji, aby wzmocnić świadomość narodową Japończyków – konieczność zmiany znaczenia pojęcia kuni/kokka (kraj/państwo), które w okresie szogunatu było stosowane w księstwach daimyō na określenie własnego księstwa, razem ze słowami pochodnymi, jak kokumin (mieszkańcy kraju) i kokutai (państwowość). Zmiany instytucjonalne w Japonii Meiji oznaczały, że powyższe słowa będą stosowane do państwa japońskiego, a nie – jak dotychczas – do znajdujących się poprzednio na terenie Japonii księstw (Roberts 1998: 5–6)[12].
Okres panowania szogunów z rodu Tokugawa charakteryzuje przede wszystkim trwający ponad 250 lat pokój. Życie samurajów zmienia się diametralnie, pełnią oni inne obowiązki, a miecz staje się wyłącznie symbolem statusu. Niemniej militarne podstawy ich statusu społecznego są usprawiedliwieniem ich wysokiej pozycji społecznej i nie mogą zostać usunięte. Określony przez rolę wojownika status samuraja staje się czynnikiem uniemożliwiającym zmiany w ramach stanu.
Ponieważ decydującą bitwą kończącą okres walk o zjednoczenie Japonii była wygrana przez wojska Tokugawy Ieyasu bitwa pod Sekigaharą (1600), dała ona zwycięzcy pretekst do znaczącego przetasowania układu sił między rodami samurajskimi. Spośród przeciwników Ieyasu osiemdziesiąt siedem rodów straciło swoje ziemie na rzecz szogunatu[13] i w związku z tym status daimyō. Posiadłości kolejnych trzech rodów zostały zmniejszone, też na korzyść szogunatu. Część odebranej w ten sposób ziemi trafiła do rąk wiernych wasali Ieyasu, razem z tytułem daimyō i dworską rangą. Rody daimyō zostały następnie podzielone na dwie grupy – sojuszników w walkach zjednoczeniowych, czyli rodów fudai i ocenianych przez szogunat jako nielojalnych i niepewnych, czyli tozama. W 1603 roku Ieyasu otrzymał nadany mu przez cesarza tytuł seitai shōgun (pogromca barbarzyńców) jako dziedziczny tytuł przynależny wszystkim szogunom z rodu Tokugawa.
Szogunat Tokugawa odebrał daimyō prawo do wypowiadania wojny i wchodzenia w niezależne od szogunatu sojusze pomiędzy rodami, zakazał budowy nowych zamków jak i dużych statków, ale nie pozbawił ich samurajów i nie stworzył własnej armii. Daimyō zostali zobowiązani do utrzymania systemu wasalnego, to znaczy do posiadania i utrzymywania wasali, zatrzymali także prawo do rządzenia księstwem nadanym im jako lenno i jego mieszkańcami, włącznie z posiadaniem na terenie lenna władzy sądowniczej. Ograniczenie kontaktów z zagranicą,