Perry wrócił w lutym następnego roku, a odpowiedź szogunatu na list zawierała pozwolenie na przybijanie amerykańskich statków do portów Shimoda (na półwyspie Izu) i Hakodate (na Hokkaido) w celu zaopatrzenia statków w żywność i węgiel. Japończycy obiecali także, że ewentualni rozbitkowie ze statków amerykańskich będą ratowani i zwracani Amerykanom. Natomiast port Shimoda miał stać się siedzibą pierwszego konsula amerykańskiego na wyspach japońskich.
28 lutego 1857 roku Donker Curtius, komisarz rządu holenderskiego w Japonii, a poprzednio przedstawiciel faktorii na Dejimie, dostarczył szogunatowi list. Pisał w nim o przegranej Chin w wojnie opiumowej i związanym z tym otwarciu szeregu chińskich portów dla handlu zagranicznego. Curtius pisał, że chociaż Chińczycy otworzyli swoje porty pod przymusem, przyniosło to korzyści miastom portowym i okolicznej ludności. Jedynie w Kantonie, ignorując traktat, nie otwarto portu, a mieszkańcy Kantonu zerwali i zniszczyli flagę angielską. W rezultacie flota brytyjska ostrzelała Kanton i obróciła go w perzynę. Europejczycy i Amerykanie odpowiedzialnością za to obarczyli chińskie władze. Te wypadki powinny być ostrzeżeniem dla władz japońskich, że raz podpisanego traktatu nie wolno ignorować, należy go przestrzegać i nie wolno go zmieniać według własnego uznania. Curtius pisał dalej:
(…) Amerykanie są bardzo niezadowoleni ze sposobu, w jaki szogunat prowadzi z nimi negocjacje, zwlekając z decyzjami i celowo wszystko opóźniając. Zdarzało się też, że miały miejsce targi o nic nieznaczące drobiazgi, podjęte decyzje były nagle zmieniane, a ugody niedotrzymywane. Nie jest to dobry sposób na nawiązanie z innymi krajami kontaktów opartych na wzajemnym zaufaniu. W korespondencji z tymi krajami jesteście często aroganccy, a używany język przypomina ten, jakim posługuje się władca, wydając rozkazy wasalowi. Takie traktowanie jest uważane za obraźliwe przez wszystkich cudzoziemców. Obecnie najważniejsze kraje na świecie to Anglia, Ameryka, Rosja i Francja. Japonia jest u progu nawiązania stosunków handlowych z tymi krajami. Władze Japonii powinny więc jak najszybciej zmienić swoje stare przyzwyczajenia, nawiązać przyjacielskie stosunki i korzystać z ich owoców, iść z nowymi czasami w zgodzie z ogólną światową tendencją (Keene 2002: 33).
Ostrzeżenia i rady Curtiusa były racjonalne. Ale podstawowa przesłanka jego rozumowania, a mianowicie, że Japonia także zostanie zniszczona jak Kanton, jeżeli nie zaakceptuje uniwersalnych reguł rządzących handlem, była dla Japończyków, wychowanych na konfucjańskiej moralności, nie do pojęcia i nie do przyjęcia. Handel może przynosić korzyści obu stronom, niewątpliwie. Ale dlaczego, jeżeli jakiś kraj nie chciałby tych korzyści, miałby być obrócony w perzynę? Władze japońskie mogły były rzeczywiście zachowywać się wyniośle i nieprzyjemnie, ale przecież wystarczyłoby, gdyby cudzoziemcy odpłynęli, aby uniknęli takich nieprzyjemności. Z drugiej jednak strony szogunat zdawał sobie sprawę z tego, że świat się skurczył wraz z rozwojem środków transportu, a handel z zagranicą mógłby być dla Japonii pożyteczny, chociażby w czasie katastrofalnych nieurodzajów, zdarzających się często w pierwszej połowie XIX wieku. Miał więc szogunat poczucie nieuchronności zmian i konieczności wpuszczenia cudzoziemskich barbarzyńców na japońską ziemię.
W lutym 1858 roku szogunat, będąc pod presją zagranicznych mocarstw i trudnej sytuacji wewnętrznej, podpisał pierwszy traktat handlowy – z Ameryką. Wkrótce potem podobne traktaty zostały podpisane z innymi zachodnimi potęgami. Traktaty te nazywane są w literaturze przedmiotu „nierównoprawnymi traktatami”. Otwierały one do handlu z Zachodem osiem portów, w których Japończycy zostali pozbawieni jurysdykcji – znajdujące się na ziemiach japońskich porty stały się eksterytorialne. Co ważniejsze, na mocy traktatów Japończycy utracili autonomię celną – wysokość taryf celnych na towary przywożone i wywożone z kraju była określona w traktatach i Japończycy nie mogli ich zmieniać (Lu 1997: 289–292).
Nierównoprawne traktaty sprowadzały Japonię do statusu półkolonii. Ze strony zachodnich potęg handlowych pretekstem do narzucenia takich warunków było nieposiadanie wówczas przez Japonię systemu prawnego odpowiadającego normom zachodnim, jak również instytucji gospodarczych istniejących w „cywilizowanych” krajach.
Oburzony decyzjami szogunatu był cesarz Kōmei. Mając zapewnione środki utrzymania w postaci pieniędzy otrzymywanych od szogunatu, żyjąc w zamknięciu i „niewoli” gosho, nie rozumiał imperatywu, przed którym stanęła Japonia, łatwo więc było mu żądać coraz gniewniej i niecierpliwiej usunięcia wszystkich cudzoziemców z ziemi japońskiej. Wyrzucenia barbarzyńców domagała się też część samurajów, a nawet i ludność gminna była często im przeciwna. Cesarz jawił się jako ich poplecznik. Wkrótce więc zawołanie sonnō jōi – szanować cesarza i wyrzucić barbarzyńców – stało się bojowym zawołaniem japońskich patriotów.
W takich niespokojnych czasach polityczna rola cesarza, poprzednio praktycznie nieistniejąca, zaczęła rosnąć. Cesarz stał się języczkiem u wagi w walce między rozmaitymi frakcjami. Problem polegał na tym, że cesarz Kōmei był człowiekiem o zdecydowanych poglądach i dużej ambicji wpływania na bieg wypadków. Nie był to negocjator i dyplomata, a raczej typ upartego ideologa, nieskłonnego do kompromisu (Keene 2002: 8). Nie byłby jednak wychowankiem gosho, gdyby nie doceniał wagi sojuszy poprzez oparte na małżeństwie alianse. I tu był jeden z punktów stycznych między nim a szogunatem. Sojusz dworu cesarskiego z szogunatem (kōbu gattai) został przypieczętowany małżeństwem kilkunastoletniego szoguna Iemochi z osiemnastoletnią siostrą cesarza w 1862 roku. Rola dworu cesarskiego zaczęła rosnąć i zapewne historia potoczyłaby się inaczej, gdyby nie śmierć szoguna Iemochi i cesarza Kōmei w 1866 roku.
Ostatnie kilka lat przed końcem rządów szogunatu to okres bardzo niespokojny. W roku 1864 oddziały samurajów z księstwa Chōshū usiłują przejąć kontrolę nad dworem cesarskim w Kioto, a w księstwie Mito wybucha powstanie samurajów o niskiej randze. W tym samym roku okręty brytyjskie, francuskie, holenderskie i amerykańskie ostrzelały miasto Shimonoseki, w zamian za ostrzelanie przez samurajów z Chōshū zagranicznych statków w cieśninie Shimonoseki rok wcześniej. Szogunatowi udaje się spacyfikować samurajów w Kioto i w Mito, ale próba uporządkowania sytuacji w księstwie Chōshū pokazała jedynie, że księstwa zaczęły tworzyć własne polityczne alianse. Po śmierci szoguna Iemochi jego następcą zostaje Hitotsubashi Keiki, który usiłuje kontynuować rozpoczęte reformy szogunatu oraz utrzymywać kontakty z Zachodem. Tymczasem rośnie liczba zwolenników „przywrócenia” władzy cesarskiej i jednoczesnej modernizacji państwa. Nastroje te dobrze oddaje plan, którego autorem jest Sakamoto Ryōma, rōnin z księstwa Tosa, buntownik i niespokojny duch. Plan zawiera osiem punktów:
1. Władza polityczna powinna zostać przekazana dworowi cesarskiemu, który powinien być organem wydającym wszystkie dekrety.
2. Powinny zostać stworzone dwie izby – niższa i wyższa – tworzące prawo, a wszystkie decyzje rządowe powinny być podejmowane na podstawie ogólnej opinii.
3. Zdolni ludzie spośród arystokracji, stanu samurajskiego, jak i reszty ludności powinni zostać wybrani na radców, a tradycyjne stanowiska władzy z przeszłości, które straciły znaczenie, powinny zostać obalone.
4. Wszystkie sprawy związane z kontaktami z zagranicą powinny być prowadzone w oparciu o odpowiednie przepisy, wypracowane na podstawie ogólnej opinii.
5. Prawo i przepisy z dawnych czasów powinny być zaniechane, opracowany powinien być nowy kodeks, odpowiedni dla nowej sytuacji.
6. Rozbudowane powinny zostać siły morskie.
7. Powinna powstać Straż Cesarska, której zadaniem byłaby obrona stolicy.
8. Ceny złota, srebra i innych dóbr powinny zostać sprowadzone do cen istniejących w innych krajach (Jansen 2002: 310).
Japonia wchodzi w nowe czasy