Wiele uwagi misja poświęciła także problemowi religii. W krajach protestanckich członkowie misji byli pełni uznania dla roli, jaką religia pełni w kształtowaniu moralności społeczeństwa. Jednocześnie zdawali sobie sprawę z przeciwstawności wielu zasad chrześcijańskich i zasad, na których opierała się moralność konfucjańska. Kume Kunitake zapisał swoją uwagę, że dziesięcioro przykazań można porównać do pięciu konfucjańskich zależności, ale że przykazują one co innego. Kido był zgorszony zdumieniem pewnego wykształconego Amerykanina, że dla Japończyka ważniejsi byli jego rodzice niż żona. To, że dla mężczyzny żona może być najważniejsza, Kido przyjął z niesmakiem. Porównując amerykański protestantyzm z katolicyzmem Europy środkowej, Kume zanotował o katolicyzmie: „Zdumiało mnie, do jakiego stopnia religia ta marnotrawi narodowe bogactwo w kościołach” (Mayo 1973: 45).
Lekcja wyniesiona z podróży do wielu krajów Zachodu była jasna – Japonia nawiązała kontakt ze światem, w którym państwa nieustannie konkurowały ze sobą, i w którym zwycięstwo odnosili wykształceni i zjednoczeni. Taką Japonię należało zbudować.
Kiedy japońskie elity po przewrocie Meiji mówiły – „nie mamy przeszłości, Japonia narodziła się wczoraj” – oznaczało to coś więcej, niż tylko nadzieję na zbudowanie nowoczesnego państwa, nieobarczonego starymi nawykami. Oznaczało to także wyrzucenie „na śmietnik historii” dorobku i życia ludzi, którzy dorośli w tych wyrzucanych na śmietnik czasach. Niektórzy z nich byli szczęśliwi, że stare czasy się skończyły, inni żałowali przeszłości, bo może była dla nich lepsza niż teraźniejszość. Jest jednak pewne, że zarówno jedni, jak i drudzy byli „skażeni przeszłością”, od jednych i drugich lepszy był każdy, kto urodził się już w nowych czasach i z racji wieku nie mógł być świadectwem dawnych czasów, które z dnia na dzień stały się podejrzane.
Świadomość przeszłości jako czynnika kształtującego teraźniejszość jest stosunkowo nowa. Nabrała znaczenia wraz z powstaniem państw narodowych w XIX wieku. W poprzedniej, przednowoczesnej świadomości przeszłość nie miała charakteru linearnego – była po prostu częścią powtarzalnego świata. Odkrycie przeszłości jako czegoś innego niż teraźniejszość jest związane z ukształtowaniem się widzenia świata jako miejsca, w którym odbywa się rozwój, w którym mają miejsce procesy modernizacyjne i w związku z tym to, co było, jest gorsze od tego, co będzie.
Jak pisze Stefan Tanaka, „walka z własną przeszłością jest w modernizujących się społeczeństwach częścią procesu modernizacji” (Tanaka 2004: 21). We wczesnym okresie Meiji instytucje, obyczaje i idee, które były związane z okresem Tokugawa, stały się czymś, od czego społeczeństwo powinno być uwolnione. W przeciwieństwie jednak do poprzednich prób reform poprawa miała nadejść dzięki czemuś, co było nowe, zamiast powrotu do wyidealizowanej przeszłości.
W roku 1871 nowy rząd przeprowadził reformę administracyjną. Zlikwidowane zostały księstwa, zastąpiono je podziałem kraju na prefektury. Wraz z likwidacją księstw rząd przejął wypłacanie samurajom – byłym wasalom daimyō – wynagrodzenia, czyli „rent ryżowych”. Likwidacja księstw była początkiem budowania państwa narodowego. Osią państwowości miała być władza cesarska i religia szinto, w których rząd widział ważny czynnik, służący stworzeniu nowej tożsamości Japończyków.
Gdy społeczeństwo chce odciąć się od swojej przeszłości, zaczyna zwykle od niszczenia symboli władzy. Stąd tak popularne jest niszczenie pomników. W pierwszym etapie Meiji wyrazem tej destrukcji symboli władzy było niszczenie i dewastacja świątyń buddyjskich, z których wiele było lokalnymi symbolami władzy politycznej lub gospodarczej. Jednym z pierwszych edyktów nowych władz był edykt o rozdzieleniu boddhisattvy i kami (shinbutsu bunri), z zamiarem stworzenia państwowej religii szinto.
W Japonii buddyzm i szinto współistniały i nawzajem się przenikały od VI wieku. Japoński panteon składał się równocześnie z bogów szinto i bogów buddyjskich, często czczonych w tej samej świątyni. Jednocześnie przez cały okres Edo buddyzm był oficjalną religią szogunatu, a świątynie buddyjskie prowadziły rejestry mieszkańców i były częścią szogunackiego systemu władzy.
W rezultacie edyktu o rozdzieleniu bóstw buddyjskich od bóstw szintoistycznych zniszczono wiele posągów buddyjskich, czasami przez pozbawianie ich głów. Na Kiusiu jest świątynia, nazywana „świątynią bezgłowych Kannon”, powstała na miejscu, w którym w XX wieku wykopano wiele posągów bogini Kannon pozbawionych głów (Tanaka 2004: 30).
Spalono wiele świętych ksiąg. W mieście Nara świątynia Kōfukuji – symbol władzy szogunackiej – ucierpiała najbardziej. Przekazy mówią, że palenie ksiąg i sutr na świątynnym dziedzińcu trwało 3 miesiące, wiele ksiąg zniszczono, używając ich kartek do zawijania wyrobów z laki w lokalnych sklepach lub jako wykładzinę w pudełkach na herbatę.
Władze Meiji szybko zorientowały się, jak potężne niszczycielskie siły zostały uwolnione i zaczęły się wycofywać z poprzednich decyzji. Dlatego już piątego miesiąca 1871 roku wydany został nowy edykt o zachowaniu zabytków (kyūbutsu). W edykcie tym znalazło się zdanie, które najlepiej oddaje dwoistą naturę uczuć nowych władz wobec przeszłości: „Jest naturalną rzeczą nienawiść do dawnego i walka o wprowadzenie nowego, ale w gruncie rzeczy powinniśmy płakać nad stopniową utratą i zniszczeniem dawnych, diabelskich obyczajów” (Tanaka 2004: 31).
Odzieranie społeczeństwa z jego przeszłości w imię modernizacji odbywało się równolegle z tworzeniem oficjalnej historii, przekazywanej narodowi jako jedynie słuszna interpretacja przeszłości. W tym procesie naczelną rolę odgrywają zazwyczaj tradycje wymyślone.
Eric Hobsbawm w znanej książce The Invention of Tradition (Hobsbawm i Ranger 2008) stawia tezę, obecnie szeroko akceptowaną, że wymyślanie tradycji było ściśle związane z procesem formowania się państw narodowych. Z tego punktu widzenia nie było oczywiście niczym wyjątkowym, że Japonia w procesie tworzenia nowoczesnej państwowości zabrała się za wymyślanie tradycji i interpretowanie historii w sposób wspomagający formułowane wówczas państwowe cele.
Taką wymyśloną tradycją był zarówno system władzy cesarskiej z całym jego ceremoniałem[32], religia szinto jako spójny zespół wierzeń z jednym ceremoniałem, jak i koncepcja stosunków między pracodawcą a pracującym (pracodawca spolegliwy a pracownik lojalny), koncepcja wa, czyli harmonii jako cechującej w sposób naturalny stosunki społeczne Japończyków, a na poziomie bardziej powszednim – szintoistyczna ceremonia przy zawieraniu małżeństwa (Vlastos 1998).
W 1873 roku nastąpiła reforma kalendarza. Używany dotychczas kalendarz lunarny został zastąpiony kalendarzem gregoriańskim. Dziewiątego dnia jedenastego miesiąca piątego roku Meiji (czyli 9 grudnia 1872 roku) opublikowany został reskrypt cesarski o zmianie kalendarza:
Używany w naszym kraju kalendarz oblicza miesiące na podstawie przybywania i ubywania księżyca, a co dwa-trzy lata musimy dodawać miesiąc przestępny, aby wyrównać różnicę względem ruchu słońca. Przez to pory roku nadchodzą wcześnie lub późno, a pomiar