La diferencia clave entre liberales y protestantes radicaba en sus respectivas actitudes hacia la Biblia. Los liberales, al principio, apoyaban los esfuerzos de los protestantes para hacer circular la Biblia, pues estaban convencidos de que esta serviría de contrapeso contra la superstición. Consideraban y siguen considerando la Biblia como una fuente de esclarecimiento. Pero cuando se comprendió que los protestantes pretendían sustituir la autoridad de la iglesia por la de la Biblia, se produjo un enfriamiento por parte de los liberales. En aras de la justicia, se debe reconocer que este enfriamiento se debió no sólo al temor de los liberales a cualquier restricción de su libertad personal, sino a que la historia de los protestantes ha puesto en claro que la autoridad bíblica que pretendían imponer, dependía de una interpretación privada de las Escrituras que ha provocado divergencias y divisiones. Durante la lucha por la libertad de culto librada entre los años 1913 y 1915, liberales destacados dieron su pleno apoyo a la causa protestante, pero en la década de 1930, ese apoyo se esfumó cuando se percataron de la influencia desintegrante que los protestantes, con multiplicidad de sectas, podrían ejercer sobre la vida nacional19.
Para Ritchie, la pérdida del apoyo liberal fue una desgracia, pero a la larga resultó ser una bendición disfrazada. En la década de los treinta, la importancia de los liberales empezó a disminuir, por cuanto no comprendían que el mayor obstáculo para el desarrollo del país era la estratificación de la sociedad. Los liberales pregonaban la libertad de pensamiento, el desarrollo de la educación y el adelanto técnico, pero los llenaba de temor cualquier reforma social que hiciese peligrar sus propios privilegios. Hasta ese momento, el trabajo de los misioneros protestantes había mostrado cierta ambivalencia. Por un lado, trabajaban con los marginados; pero por otro, cultivaban sus contactos con los liberales, con la esperanza de poder hacer algo entre los miembros de la alta sociedad. Cuando se enfriaron sus relaciones con los liberales, la gran mayoría de los protestantes intensificó sus esfuerzos entre los marginados, promoviendo inconscientemente el cambio que tanto se necesitaba.
Los movimientos de masas
En el año 1919, Víctor Raúl Haya de la Torre fundó una universidad del pueblo para ofrecer capacitación a los pobres. De allí surgió una alianza obrero-estudiantil que alzó la voz en favor de la justicia social y de un trato mejor para los indígenas. Las actividades de Haya de la Torre alarmaron a Leguía, quien lo desterró en el año 1920. En el exilio Haya de la Torre formó un nuevo partido llamado “Alianza Popular Revolucionaria Americana” o sea apra, cuyo programa incluía la nacionalización de ciertos sectores de la industria, una reforma agraria y la unificación de los países latinoamericanos contra el imperialismo económico norteamericano. Para el Perú, era la primera vez que la reacción nacionalista se dirigía no contra otro país latinoamericano, sino contra los Estados Unidos. Entre los años 1924 y 1930, la convivencia de Leguía con los intereses financieros norteamericanos, su defensa de los intereses de los grandes terratenientes y su apoyo a la Iglesia Católica provocó una reacción que alentó notablemente la influencia del apra dentro del Perú.
Habiendo derrocado a Leguía en 1930, Sánchez Cerro llevó a cabo elecciones al año siguiente con el fin de legitimar su presidencia, pero toda la votación del departamento de Cajamarca fue descalificada. Según Sánchez Cerro, se descalificó por fraudulenta; según los apristas, la votación había sido tan decisivamente a favor de su candidato, que Sánchez había tenido que anularla para poder ganar. En julio de 1932 se produjo un levantamiento aprista en Trujillo. Durante su retirada, los revolucionarios mataron a ciertos rehenes que habían tomado, incluidos algunos oficiales y soldados del Ejército. Este se vengó con una horrible matanza de apristas, y el año siguiente Sánchez Cerro fue asesinado por un aprista. Como secuela de estos tristes acontecimientos, se produjo una enemistad entre el aprismo y el Ejército, la cual afectó la política peruana por muchos años.
El general Óscar Benavides, quien sucedió a Sánchez Cerro como presidente, fortaleció la economía y adoptó una política interna que en términos generales se ha seguido hasta ahora. Por un lado, se opuso al aprismo y persiguió a sus líderes; pero, por otro, puso en práctica ciertos aspectos del programa aprista. En 1939 hubo elecciones y resultó electo Manuel Prado, banquero de Lima que en forma más moderada continuó la política interna de Benavides. Desde la caída de Leguía hasta el año 1945, los protestantes gozaron de mayor libertad. Se podía realizar cultos al aire libre y no se restringían las actividades de las escuelas. La Iglesia Católica reclamaba como suyos los cementerios, lo cual provocó problemas en algunos pueblos serranos cuando hubo que enterrar protestantes difuntos. En 1945, poco antes de terminar su presidencia, Prado firmó un decreto que prohibía a los protestantes celebrar cultos fuera de sus propios templos. Este decreto estaba plagado de dificultades de interpretación, y en algunas de las provincias más remotas incluso fue causa de persecuciones contra protestantes. Finalmente, fue abrogado en el año 1963.
Prado posiblemente firmó dicho decreto con el fin de apaciguar a la derecha, mientras permitía que prosperara la candidatura presidencial de Bustamante, quien gozaba del apoyo del apra. Sea como fuere, Bustamante resultó electo en 1945, hecho que alentó entre los dirigentes apristas la esperanza de que con su mayoría en la cámara se adoptaría mucho de su programa. Desgraciadamente, los apristas dieron la impresión de estar formando otro gobierno dentro del gobierno y de hallarse incurriendo en la misma actitud autoritaria que censuraban en otros. A pesar de que Bustamante mantuvo una política bastante independiente, los conservadores lo acusaron de haberse mostrado poco firme con los radicales, lo cual bastó para que en 1948 Manuel Odría asumiera la presidencia mediante un golpe de Estado.
Odría cooperó estrechamente con los intereses económicos norteamericanos y pudo robustecer la economía, pero sus programas de asistencia médica y social nunca prosperaron. Por ello, respecto a su actitud hacia sus opositores, los apristas, implantó la misma represión que Benavides. Para sorpresa de todos, en 1956 Odría permitió elecciones y fue elegido Manuel Prado. Este, por un lado, permitió que Haya de la Torre regresara del exilio y dio cierto apoyo al aprismo, y por otro, mediante su ministro de hacienda, Beltrán, aplicó una política económica conservadora que, si bien fortaleció la economía, no ayudó a los marginados.
En las elecciones de 1962 se enfrentaron tres candidatos: Haya de la Torre, Fernando Belaunde y Manuel Odría. El primero obtuvo una ligera ventaja, pero ningún candidato consiguió suficientes votos para ser elegido. Se sometieron los resultados al Congreso, mas los militares, temiendo un resultado que aumentara decisivamente la influencia de los apristas, organizaron un golpe de Estado. Una nueva elección en 1963 dio la victoria a Fernando Belaunde, quien inició una reforma agraria moderada y una serie de proyectos de desarrollo. El 3 de octubre de 1968, los militares organizaron un nuevo golpe de Estado, alegando que Belaunde no mostraba la firmeza necesaria con la International Petroleum Company, subsidiaria de Exxon. Seis días después, la expropiaron.
Sigue habiendo diferentes opiniones acerca de la verdadera razón de este último golpe de Estado. Algunos afirman que estaba a punto de estallar un escándalo en el que estarían muy comprometidos generales del Ejército; otros suponen que el Ejército temía una victoria aprista en las elecciones que se iban a efectuar en 1969. La nueva junta militar, encabezada por Juan Velasco Alvarado, adoptó una política bastante izquierdista: nacionalizó muchas industrias, aceleró considerablemente la reforma agraria y propugnó una reforma educativa. Por un lado, esto representaba una continuación de la política de los gobiernos conservadores después del 1933: excluir a los apristas y al mismo tiempo adoptar mucho de sus programas. Por otro lado, era algo nuevo el hecho de que un gobierno autoritario fomentara el nacionalismo y una reacción contra los Estados Unidos.
Desgraciadamente, ni el Ejército ni las masas tenían la capacidad para dirigir empresas y el Perú se hundió en una crisis económica. En 1975 Velasco fue reemplazado por Morales Bermúdez, quien tuvo que seguir una política más cautelosa. Por último, fue tal la reacción contra el gobierno militar que en 1979 Morales Bermúdez, prudentemente, convocó a una Asamblea Constituyente para formular una nueva Constitución como paso previo a las elecciones libres de 1980. Como resultado de estos