Но произошедшее усиление великокняжеской власти не могло не сказаться на отношениях ее с Церковью, истоки конфликта с которой мы видели уже при Дмитрии Донском. Конфликты светской и церковной власти переплетались со сложной ситуацией в самой Церкви, да и в религиозной жизни Руси того времени. Пережив и отвергнув в
1439 г. знаменитую Флорентийскую унию, Церковь сохранила свою цельность и верность православию, но угроза со стороны католичества по-прежнему была сильна. Еще большая угроза исходила от еретичества, которое из Великого Новгорода проникло уже и в Москву. Еретиков поддерживал даже сам Иван III. Однако победа воинствующих церковников на Соборе 1503 г. и заточение в тюрьму Дмитрия и его матери предрешили судьбу еретиков. По решению Собора 1504 г. некоторые из еретиков были сожжены на льду Москвы-реки.
Но был вопрос, пожалуй, еще более болезненный для Церкви, – секуляризация церковных земель. Ученик известного старца Кирилло-Белозерского монастыря Паисия Ярославова – Нил Сорский, побывав на Афоне, стал сторонником «нестяжания» Церкви. Основав скит на р. Сорке в окрестностях Кирилло-Белозерского монастыря, он стал развивать свое учение, одним из элементов которого была мысль о необходимости ликвидации монастырского землевладения. Другой подвижник Русской Церкви Иосиф Санин – настоятель Волоколамского монастыря, наоборот, настаивал на необходимости для Церкви иметь большие материальные средства.
Между иосифлянами и нестяжателями развернулась борьба, которая продолжалась до середины XVI в., причем великокняжеская власть сначала симпатизировала нестяжателям. Однако Церковный собор 1503 г. решительно отверг проекты секуляризации монастырского землевладения. Впрочем, это не означало падения нестяжателей, и Василий в первый период своего правления поддержал их. В это время большую роль в нестяжательской «партии» стал играть Вассиан Патрикеев, который, в отличие от своего учителя Нила, был прекрасным политиком. Старцы заволжских монастырей (именно там географически сосредоточилось нестяжательство) стали пополнять «кадровые верхи» Церкви. В 1511 году митрополитом стал близкий к нестяжателям симоновский архимандрит Варлаам, который перевел Патрикеева из Кирилло-Белозерского в свою московскую обитель. Вскоре он стал одним из самых влиятельных людей при дворе. Между ним и Иосифом Волоцким возникли жаркие споры о судьбах церковного землевладения.
Особый колорит борьбе внутри Церкви придавало участие в ней греков. С Афона для помощи в переписывании церковных книг прибыл Максим Грек, который долго не вмешивался в церковные распри. Но в 1522 году он подверг критике процедуру избрания московского митрополита Даниила, что и изменило отношение к нему властей. Таким образом, внутрицерковный конфликт осложнился борьбой за автокефалию и против нее