Auf dem Altstadthügel zählt man ca. 300 Grundstücksparzellen, die – wenn man diese Zahl auf damalige Durchschnittsverhältnisse umrechnet – eine Einwohnerzahl von etwa 1200 bis 1800 Menschen für das 13. Jahrhundert ergeben. Seit dem 14. Jahrhundert wohnten diese Menschen zumeist in giebelständigen, mehrgeschossigen Wohn- und Geschäftshäusern, die aus Backstein in Fachwerkbauweise errichtet waren.
Was lässt sich zu den ersten Kielern sagen? Noch im 13. Jahrhundert werden im Ersten Kieler Stadtbuch aus der Zeit von 1264 bis 1289 rund 40 Kaufleute namentlich fassbar, worunter sich tatsächlich zwei Flamen befanden, die aber offenbar kein Bürgerrecht besaßen. 15 Kaufleute waren als Kleinhändler oder Krämer tätig. Die Geschäftsbeziehungen der anderen reichten bis Roskilde im Norden, Holland und Flandern im Westen und Wismar im Osten, waren also keineswegs nur auf Holstein beschränkt. Im Übrigen hat sich zu Kiel das bislang älteste Zeugnis kaufmännischer Buchhaltung in Deutschland überhaupt erhalten. Das in lateinischer Sprache verfasste Schriftstück stammt von einem Kieler Gewandschneider und wird auf die 1280er Jahre datiert. Darin wird, teilweise auf Kreditbasis, ein Detail-Tuchhandel abgerechnet. Es ist die Rede von der Lieferung importierten flandrischen Tuchs, gestreift und blau, ebenso von fertigen Hosen und einfacheren Tuchen ellenweise. Auch Handelsbeziehungen ins Kieler Umland werden angesprochen. Von den insgesamt 250 Personen, deren wirtschaftliche Betätigung das besagte Stadtbuch preisgibt, entstammten 38 dem stadtsässig gewordenen holsteinischen Adel, den überwiegenden Teil aber stellten Handwerker. Wichtig waren daneben die Gerber – erinnert sei an die ausgegrabene Gerbergrube –, die das Leder für die Schuhfertigung der Schuster herstellten.
Mit der Ordre des preußischen Königs Wilhelm I. vom 24. März 1865: »Die Marine-Station der Ostsee ist von Danzig nach Kiel zu verlegen«, nahm sodann die zweite »Gründung« Kiels ihren Lauf. Die Entscheidung des Königs erfolgte offenbar einigermaßen überraschend, wie Michael Salewski meint. Zwar war schon am 27. Dezember 1864 geplant worden, die seit der zweiten Hälfte des 17. Jahrhunderts existierende Festung Friedrichsort am Ausgang der Förde zu einem Marineetablissement auszubauen, und es wurden Kosten dafür von 2,35 Millionen Reichstalern veranschlagt. Für die Gesamtanlage des neuen Stützpunktes mit Etablissement, Docks, Werkstätten usw. wurde bei einer voraussichtlichen Bauzeit von fünf bis sechs Jahren mit einem Kostenaufwand von 6,15 Millionen Reichstalern gerechnet. Überraschend war die Entscheidung jedoch deswegen, weil man sich in der obersten militärischen Führung nicht über den richtigen Standort einig wurde. Während sich nämlich Konteradmiral Eduard von Jachmann (*1822; †1887), durch einen Seesieg im Deutsch-Dänischen Krieg bei Jasmund vor Rügen berühmt geworden, vehement für Kiel als neuen maritimen Standort aussprach, favorisierte der preußische Generalstabschef Helmuth von Moltke (*1800; †1891) entweder einen ganz neuen Hafen am Jasmunder Bodden oder Sonderburg auf der Insel Alsen als Stützpunkt. Jachmann wandte demgegenüber ein, dass Kiel über eine weit bessere Infrastruktur als Danzig oder gar Sonderburg verfüge, womit er vor allem den Eisenbahnanschluss meinte. Letztlich entschied man sich auf preußischer Seite dann nur deswegen für Kiel, weil es an den nötigen Mitteln fehlte, um einen ganz neuen Hafen am Jasmunder Bodden zu bauen.
Indes musste die Entscheidung zugunsten Kiels im März 1865 anfangs noch als Provisorium gelten, da die politische Zukunft Schleswig-Holsteins zum damaligen Zeitpunkt alles andere als klar war. Kiel sollte zu jener Zeit noch zum Kriegshafen des Deutschen Bundes werden. Doch die Preußen zeigten sich im Kern von solchen Eventualitäten, die auf dem Interimszustand einer gemeinsamen preußisch-österreichischen Verwaltung Schleswig-Holsteins aufruhten, eher unbeeindruckt und setzten sich am Fördeufer fest. Dies zog die schon im ersten Kapitel behandelte Teilung der Stadt am 21. September 1865 nach sich. Das unmittelbare westliche Fördeufer mit Wik und Düsternbrook, der Ostteil der Stadt und die am Ostufer der Förde gelegenen Orte Laboe, Möltenort, Alt-/Neu-Heikendorf, Schrevenborn, Mönkeberg, Dietrichsdorf, Neumühlen, Wellingdorf, Ellerbek, Sandkrug und Gaarden wurden an Preußen übergeben – ohne die verschiedenen Ortsvertretungen darüber zu befragen oder vorab auch nur irgendwie zu informieren. Insbesondere die Stadt Kiel zeigte sich völlig ahnungslos den preußischen Absichten gegenüber, die nur zu offensichtlich den Besitz der ganzen Fördeküste für ihre maritimen Ziele fest im Blick hatten. Das entsprechende Marineministerium schaltete und waltete vollkommen selbstherrlich. Da die dringende Notwendigkeit zur Befestigung und Sicherung betont wurde, begannen die anstehenden Arbeiten unverzüglich. Doch der eigentliche Ausbau des Kriegshafens geschah erst ab dem 23. August 1866, als der Krieg zwischen Österreich und Preußen für letzteres erfolgreich geschlagen und damit das weitere Schicksal Schleswig-Holsteins inklusive Kiels unter preußischer Ägide entschieden war. Aus dem bisherigen Provisorium eines Kieler Kriegshafens wurde nun eine Dauerlösung. Mit der Allerhöchsten Kabinettsordre vom 23. Mai 1867 wurde jetzt die Anlage eines Marineetablissements in Ellerbek angeordnet. Was damals noch als Stützpunkt des mittlerweile etablierten Norddeutschen Bundes gedacht war, wurde mit der Reichsgründung 1871 schließlich zum Reichskriegshafen deklariert.
Seither waren das Schicksal der Stadt Kiel und dasjenige erst der preußischen, dann Kaiserlichen Marine derart eng miteinander verbunden, dass die Phasen zwischen 1865 und 1914 bzw. von 1933 bis 1939, in denen die Marine massiv ausgebaut wurde, in vielerlei Hinsicht auch für Kiel eine große Zeit bedeuteten. Insofern lässt sich tatsächlich allen Ernstes von einer Neugründung Kiels oder einer zweiten Gründung sprechen. Natürlich hatte aber die starke Präsenz der Marine an der Förde für Kiel auch ihre Schattenseiten. Dazu gehörte von Anfang an, dass sich die Marineverwaltung, wie Salewski treffend vergleicht, Kiel und den Kielern gegenüber ganz so verhielt wie zu den oldenburgischen Sümpfen im Jadegebiet, wo mit Wilhelmshaven ein weiterer wichtiger Stützpunkt gebaut wurde: Beide wurden nicht nach ihren Befindlichkeiten gefragt.
War Kiel um 1864 mit ca. 19 000 Einwohnern eine lediglich mittelgroße und im schleswig-holsteinischen Vergleich nur die drittgrößte Stadt nach Altona mit etwa 53 000 und Flensburg mit 20 000 Einwohnern, wuchs es durch die Anwesenheit und die sich zunehmend intensivierende Ausweitung der Marine infolge der Flottengesetze ab 1899/1900 geradezu explosionsartig zur Großstadt an. Denn die Marine schuf natürlich auch viele Arbeitsplätze im Rüstungsbereich, insbesondere in der Schiffbauindustrie, die sich in Kiel auf drei Werftkomplexe konzentrierte: So arbeitete in Gaarden die Norddeutsche Schiffbauactiengesellschaft, aus der 1880 die Germaniawerft werden sollte; von Ellerbek bzw. Gaarden bis zur Schwentine reichten die Anlagen des Marineetablissements, das ab 1871 Kaiserliche Werft hieß; in Dietrichsdorf bauten die Howaldtswerke überwiegend und anders als die anderen beiden, auf Kriegsschiffe spezialisierten Großbetriebe Handels- und Spezialschiffe. Nur wenige Städte im damaligen Europa und eigentlich nur Duisburg im Deutschen Reich wuchsen ebenso rasant und zeigten eine derart dynamische Siedlungs- und Wirtschaftsentwicklung wie Kiel in dieser Zeit. Hatten so in der Stadt 1885 schon 50 000 Menschen gelebt, waren es nur 15 Jahre später bereits 100 000, welche Zahl sich dann in wiederum nur knapp 15 Jahren nochmals auf 200 000 Einwohner im Jahr 1914 verdoppelte. Diese Dynamik schlug sich auch in der Gestalt der Stadt selbst nieder. Die Kieler kehrten z. B. ihrer Altstadt nunmehr den Rücken. Schon zur Kaiserzeit wurde die über lange Jahrhunderte gewachsene Struktur der Altstadt massiv umgestaltet, indem ihre historischen Wohnhäuser abgerissen wurden. Die traditionsreichen Gebäude mussten neuen Geschäfts- und Bürohäusern sowie Straßenzügen weichen. Die teils radikalen baulichen Veränderungen jedenfalls kamen zusammen mit der neuen Dynamik Kiels und seinem explosiven Wachstum tatsächlich einer zweiten »Stadtgründung« gleich.
Eine dritte Gründung wird mit der unmittelbaren Nachkriegszeit verbunden. Die Ausgangslage nach dem Krieg war denkbar schlecht für die Stadt: Nicht nur ein Großteil der Häuser war zerstört worden, sondern auch die Einwohnerzahl war auf gut die Hälfte geschrumpft. Kiel hatte am 1. Januar 1945 noch 143 000 Einwohner – zum Vergleich: Vor dem Zweiten Weltkrieg hatten 261 000 Bewohner in der Stadt gelebt. Die meisten Menschen hatten Kiel wegen der immer heftigeren Bombenangriffe der Alliierten verlassen, die nicht nur unmittelbar das Leben bedrohten, sondern auch die städtische Infrastruktur und die Wohngebäude