При прочтении генома неандертальца вначале тоже была прочитана митохондриальная ДНК, а затем – ядерная. Анализ полученных данных, в частности, показал, что генетически пути неандертальцев и современного человека разошлись ранее 500 тыс. лет назад, то есть еще до распространения ныне существующих рас человека.
Ученым удалось узнать очень много о генеалогических связях неандертальца, о его морфологии, им даже удалось обнаружить ген, препятствующий усвоению молока (лактозы) в зрелом возрасте. Также в ходе исследований выяснилось, что неандертальцам были незнакомы многие наследственные заболевания современных людей – аутизм, болезнь Альцгеймера, синдром Дауна, шизофрения.
В настоящее время точно установлено, что неандерталец не был предком человека, это подтвердило исследование его митохондриальной ДНК и сравнение с митохондриальной ДНК современного человека. Как уже говорилось, примерно 700–760 тыс. лет назад от общей ветви, идущей предположительно от эректуса, отпочковалась ветвь, ведущая к современному человеку. Около 700 тыс. лет назад другая линия пошла к денисовцу. Третья ветвь (около 500 тыс. лет назад) через гейдельбергского человека вела к неандертальцу. Предки нашего вида пришли из Африки всего около 40 тыс. лет назад, в то время как в Европе на протяжении десятков тысяч лет безраздельно царствовали неандертальцы. В отдельных регионах неандертальцы и человек разумный сосуществовали многие тысячи лет. Некоторые антропологи считают, что два вида людей преимущественно враждовали. Так на стоянках и неандертальцев, и кроманьонцев были обнаружены обглоданные кости другого вида. Также имеются сведения, что кроманьонцы делали ожерелья из зубов неандертальцев. В погребальном комплексе кроманьонцев Сунгирь (на окраине города Владимира в 200 км от Москвы) была найдена большая берцовая кость неандертальца с отсеченными суставами, полость которой содержала порошок охры (соответственно, кость использовалась как своеобразная шкатулка). Другие ученые предполагают, что между двумя видами был более мирный характер взаимоотношений. Как уже говорилось, имеются генетические и антропологические подтверждения смешения между неандертальцами и современными людьми. Генами неандертальцев в разной степени (от 1 до 4 %) обладает практически все население Земли, исключая коренных жителей Африки (что недвусмысленно указывает: метисизация происходила за пределами данного континента). Так в 2002 в румынской пещере Пештера-ку-Оасе была найдена кость человека современного вида, жившего около 40 тыс. лет назад и принадлежавшего к первой волне кроманьонцев, появившихся в Европе. Согласно опубликованным в 2015 году результатам ДНК-исследований, от 6 % до 9 % его генома было унаследовано