Al debilísimo apoyo dado por el gobierno a la colonia, que se tradujo en la carencia de elementos esenciales para la vida de sus pobladores, se agregó una determinación que tuvo lamentables consecuencias: su conversión, desde antes de 1847, en lugar de relegación para reos de delitos comunes, militares y políticos. El peligro que significaba esa política era evidente, y así lo subrayó Muñoz Gamero al gobierno:
No cumpliría con mi deber, Señor, si dejase de hacer presente a VS. lo sumamente perjudicial que es la remisión a este punto de hombres manchados con los crímenes más atroces, como son no solo varios de los que han venido ahora, sino muchos de los que de antemano existían. Los asesinos y ladrones no son a mi juicio la clase de personas que deben componer la población de un lugar en donde, más que en ningún otro, debería consultarse la moralidad de sus habitantes, y sin duda que la existencia de semejantes individuos en Magallanes no es el resorte más favorable que podía haberse tocado para atraer a los buques extranjeros a preferir el paso del Estrecho al Cabo de Hornos. […] Por las razones expuestas no se le ocultará a VS. cuán necesario es que en lo sucesivo no se envíen aquí hombres de esa clase, y que sería de la mayor conveniencia el retirar los que ya se han mandado322.
Que los temores del gobernador eran plenamente justificados lo probó el motín iniciado el 21 de noviembre de 1851 por el teniente Miguel José Cambiazo, que significó no solo el asesinato de Muñoz Gamero, del capellán fray Gregorio Acuña, de algunos extranjeros pertenecientes a dos naves, una inglesa y otra norteamericana, y de algunos indígenas, sino el saqueo y la destrucción de la colonia. Dos acometidas de los indígenas completaron la ruina y el abandono de Punta Arenas hacia abril de 1852323.
No obstante la opinión generalizada en Santiago de que se debía abandonar el intento colonizador en Magallanes, el gobierno de Montt encargó la repoblación a Bernardo Philippi, conocedor de la zona y cuya notable labor en Valdivia y Llanquihue había sido calificada positivamente. Philippi logró interesar a un pequeño grupo de alemanes de Valdivia para que se trasladaran a Magallanes, entre ellos el pintor Carl Alexander Simon, y con algunos soldados y artesanos recogidos en Ancud formó el contingente repoblador que a bordo de la barca Infatigable, al mando del teniente Juan Williams Rebolledo, hijo del que había tomado posesión del estrecho, fondeó el 18 de agosto de 1852 en Punta Arenas. Iniciados los trabajos de reconstrucción y reanudados lo contactos con los indígenas, Philippi dejó al mando de la colonia al capitán José Gabriel Salas y se dirigió hacia el interior, precedido por el pintor Simon, para visitar a los tehuelches. Pero Philippi y su auxiliar, el capataz Enrique Villa, fueron asesinados, según se supuso, por algunos indios que los acompañaban, probablemente con la complicidad de los tehuelches. Igual suerte corrió Simon.
Un decreto de 8 de julio de 1853 convirtió a Magallanes en Territorio de Colonización, con dependencia directa del Presidente de la República a través del Ministerio del Interior. El nuevo gobernador, además de civil, era extranjero, el danés y profesor de ciencias naturales Jorge Cristián Schythe, quien se hizo cargo de sus funciones el 15 de agosto de 1853. Su larga gestión de más de 11 años, marcada por el empeño en la construcción, en las labores agrícolas y en la crianza de animales —recomendó, por ejemplo, la crianza de ovejas—, intentó, sin éxito, “moralizar” a los habitantes. Las normas de conducta pública que impuso, absolutamente comprensibles desde la óptica de un europeo culto, pero bien ajenas a las modalidades de la vida fronteriza, unidas a las duras sanciones a los transgresores, pronto le enajenaron la voluntad de sus gobernados. Pero a los abusos y a los maltratos de palabra y obra que se le imputaban se agregaron otros cargos, siendo el principal de ellos su participación en el comercio de licores, en especial con los tehuelches324. Sustituido a mediados de 1866 por Damián Riobó, el breve gobierno de este quedó marcado por sus diferencias con el jefe castrense, el teniente Maximiano Benavides. Su sucesor, el capitán de corbeta Oscar Viel, a cargo de la colonia entre 1868 y 1874, le imprimió un profundo giro al desarrollo de esta, gracias a sus cualidades personales y a las facilidades otorgadas a la colonización por un decreto de 2 de diciembre de 1867. De gran importancia fue, asimismo, el acuerdo alcanzado en 1865 entre el gobierno chileno y la Pacific Steam Navigation Company para establecer una línea de vapores entre Europa y la costa del Pacífico. Pero antes de que estuvieran terminados los cuatro buques de hélice que la empresa mandó construir para tal propósito, en mayo de 1868 zarpó de Valparaíso el vapor de ruedas Pacific con destino a Liverpool y con varias escalas, entre ellas Punta Arenas. Decretos de 13 de julio y 21 de septiembre convirtieron a la colonia en puerto menor y en puerto libre. Esto habría de facilitar el comercio, la recalada de naves y la llegada de inmigrantes325.
Arribó el nuevo gobernador trayendo en el vapor Arauco, además de algunos presos, a familias procedentes de Aconcagua y a un contingente mayor de chilotes reclutado en Ancud. Viel se formó una mala impresión del plano urbano de Punta Arenas, hasta ese momento un modesto conjunto de calles estrechas y tortuosas. Procedió, entonces, a intentar su reforma. Trazó la plaza principal, de 100 metros por lado, a la que denominó Muñoz Gamero, y de ella hizo salir calles de 20 metros de ancho, que formaron manzanas de una hectárea de extensión. Cada manzana fue dividida en 10 sitios de igual tamaño, reservándose las cuatro laterales de la plaza para los edificios fiscales. Este grupo de manzanas fue rodeado por tres avenidas de 50 metros de ancho, después de las cuales se consultó