Koniec lat siedemdziesiątych XVIII wieku był faktycznie czasem fermentu w łonie niemieckiej masonerii, jako że niektórzy z wolnomularskich purystów zgłaszali coraz głośniejsze obiekcje wobec braku tajności i spadku szacunku dla mitu założycielskiego tego ruchu, mającego wywodzić się od samych templariuszy, jak to zapisano w „Rycie Szkockim Dawnym i Uznanym”[5]. Jednym z takich niezadowolonych z postępującego upadku zakonów masońskich i ich przekształcania się w praktyce w jałowe kluby dyskusyjne był Adolph Franz Friedrich Ludwig, baron von Knigge, wykształcony w Getyndze syn pewnego hanowerskiego urzędnika, który przystąpił do ruchu masońskiego już w 1772 roku[6]. Von Knigge od dawna pożądał czegoś bardziej ekskluzywnego i wzniosłego, niż mogły mu to zaoferować loże, do których należał w Kassel i we Frankfurcie, a sfrustrowany podzielił się wreszcie w 1780 roku tym pragnieniem z innym arystokratycznym masonem, markizem Costanzo di Costanzo. Ku zdumieniu Kniggego markiz wyjawił mu wówczas, że taka elitarna organizacja już istnieje i nosi nazwę Diomedes, a on sam jest jednym z jej członków. Charakter iluminatów po 1777 roku – a więc w okresie, w którym Weishaupt sam doczekał się inicjacji do monachijskiej loży „Zur Behutsamkeit” – dość dobrze oddaje jej opis jako „potajemnej sieci wczepionej w masonerię (…) zupełnie jak jakaś pasożytnicza roślina”[7]. Podobnie pasożytniczą naturę miał ruch różokrzyżowców, który był nawet bardziej ezoteryczny od iluminizmu. Wzbudzał on spore zainteresowanie już w początkach XVII stulecia, ale konkretną formę przyjął mniej więcej w tym samym czasie co iluminizm, pod nazwą Złoty i Różany Krzyż, uzyskując jednocześnie wpływy w pewnej części niemieckich lóż masońskich.
Rekrutacja Kniggego okazała się przełomowa, i to z dwóch różnych powodów. Po pierwsze, był on o wiele lepiej ustosunkowany niż Weishaupt. Po drugie, miał lepsze wyobrażenie o tym, czego pragnęli ówcześni arystokratyczni masoni, jako że sam był jednym z nich[8]. Knigge – który po wstąpieniu do iluminatów przyjął imię Philo – ze zdumieniem stwierdził, że organizacja ta jest jeszcze w powijakach (równie wielkie zdumienie wzbudziło w nim zresztą zacofanie Bawarii, którą miał okazję odwiedzić po raz pierwszy)[9]. „Zakon tak naprawdę jeszcze nie istnieje – przyznawał uczciwie sam Weishaupt – chyba że w moim umyśle (…). Czy wybaczysz mi to moje małe oszustwo?” Knigge nie tylko wybaczył Weishauptowi wprowadzenie go w błąd, ale też z dużym entuzjazmem przejął inicjatywę, widząc w iluminatach swoiste narzędzie do radykalnej przemiany samej masonerii[10]. Diametralnie przemodelował i rozbudował strukturę zaprojektowaną przez Weishaupta, wprowadzając wewnętrzny podział w obrębie trzech kategorii czy też stopni iluminatów i dodając wiele rytuałów masońskich. Pierwszy poziom wtajemniczenia, czyli swoisty nowicjat, został podzielony na dwie podgrupy: Minerwę oraz Illuminatus minor. Również kolejną kategorię przejętą od masonów podzielono na dwa stopnie: Illuminatus major (albo „szkocki nowicjat”) oraz Illuminatus dirigens (albo „szkocki rycerz”). Wreszcie w trzeciej kategorii, o nazwie Misteria, wprowadzono wewnętrzne rozróżnienie na „Misteria mniejsze” (stopniem nadawanym na tym poziomie był presbyter albo princeps) oraz „Misteria większe” (tutaj również istniała gradacja: na niższym poziomie był magus albo „docetysta”, a na wyższym rex albo „filozof”). I to właśnie spośród iluminatów obdarzonych tym ostatnim stopniem zamierzano rekrutować najwyższych funkcjonariuszy zakonu: inspektorów ogólnokrajowych, prowincjałów, prefektów i dziekanów. Wszystkie te wyższe kategorie miały zastąpić dotychczasowy szczyt piramidy organizacyjnej zaprojektowany oryginalnie przez Weishaupta pod nazwą „Areopagitów”[11]. W tym samym czasie, w którym wprowadzano tę wyszukaną i skomplikowaną klasyfikację wtajemniczeń, błyskawicznie rosła cała struktura organizacyjna zakonu: coraz liczniejsze „kościoły Minerwy” podlegały w niej „Prefekturom”, te z kolei – „Prowincjom”, one zaś „Inspekcjom”[12].
Pierwszym paradoksem iluminizmu było zatem to, że funkcjonując jako sieć, wykształcił dosyć skomplikowaną strukturę hierarchiczną, choć przecież świadomie sytuował się w opozycji do istniejących wówczas hierarchii. Weishaupt wyłożył swój pogląd na tę i na wiele innych kwestii w Przemówieniu do nowo promowanych Illuminati dirigenti z 1782 roku. Jak przekonywał, w stanie naturalnym ludzie byli niegdyś całkowicie wolni, równi i szczęśliwi, a podziały ze względu na stany klasowe i majątkowe, podobnie jak ambicje osobiste czy tworzenie się państw, to dzieło późniejszych epok, a zarazem źródło „wielkich problemów i przyczyna naszego nieszczęścia”. Ludzkość przestała oto stanowić „jedną wielką rodzinę, spójny organizm” za sprawą „żądzy odróżniania się jednych ludzi od drugich”. Temu rozwarstwieniu społecznemu mogło jednak zapobiec oświecenie, a zwłaszcza rozkwit i działalność licznych tajnych stowarzyszeń promujących ten ruch. A wówczas „książęta i narody znikłyby z powierzchni ziemi i nie byłoby już potrzeby odwoływania się do przemocy, wobec czego rasa ludzka ponownie stałaby się jedną rodziną, a świat przemieniłby się w miejsce bytowania istot racjonalnych”[13]. Te jakże szlachetne i szczytne ideały trudno było jednak pogodzić z praktycznymi działaniami Kniggego, który z powodzeniem rekrutował w szeregi zakonu przede wszystkich masonów wywodzących się z książąt i szlachty[14].
Drugi paradoks iluminizmu to jego ambiwalentny stosunek do chrześcijaństwa. Jak się wydaje, sam Knigge był deistą (podziwiał Spinozę, choć jednocześnie publikował kazania, które wcześniej wygłaszał). Możliwe zresztą, że i Weishaupt przejawiał taką samą inklinację, ale oficjalnie głosił on pogląd, że jedynie elicie zakonu – czyli tym z tytułem rex – wolno było otwarcie okazywać sympatię dla d’Holbacha. W niektórych z pism Weishaupta pojawia się postać Jezusa Chrystusa uznawanego przezeń za „wyzwoliciela swojego ludu i całego rodzaju ludzkiego”, a także proroka „doktryny rozumu”, którego naczelnym zadaniem było „wprowadzenie powszechnej wolności i równości pomiędzy ludzi bez odwoływania się do żadnej rewolucji”. Knigge w swojej Lekcji w Pierwszej Komnacie argumentował, że to kapłani iluminatów byli nosicielami prawdziwego przesłania Chrystusa, które w istocie miało charakter maksymalnie powszechny i egalitarny, ale przez stulecia zostało skutecznie przekłamane i zniekształcone[15]. Tyle że żaden z tych dwu mężczyzn w rzeczywistości nie wierzył w to, co oficjalnie głosił; sam Knigge prywatnie przyznawał, że było to jedynie „pobożne oszustwo”, o którego naturze członkowie iluminatów mogli się dowiedzieć dopiero po osiągnięciu odpowiedniego stopnia w ramach organizacji. Za rzeczywisty cel iluminatów należałoby zatem uznać jakiś rodzaj pseudoreligijnej „reformacji świata”, której podstawą miałyby być ideały oświecenia[16].
I właśnie owe dwa paradoksy – organizacyjny i religijny – okazały się skałami, o które rozbiła się ostatecznie łódź iluminatów. Knigge niejednokrotnie uskarżał się na „jezuicką naturę” Weishaupta. Z kolei dwaj inni ważni członkowie zakonu, działający w Getyndze Johann Georg Heinrich Feder i Christoph Meiners, oskarżali go o ciągoty radykalne i sprzyjanie politycznym teoriom Jeana-Jacques’a Rousseau. Jeszcze inny Iluminatus, Franz Karl von Eckartshausen, złożył rezygnację, gdy zdał sobie sprawę z uwielbienia,