Новий склад ректорату запровадив у семінарії сувору дисципліну, яка після воєнної розрухи, розгулу анархії та ліберального керівництва попереднього ректора о. Галущинського сприймалася важко. Йосиф Сліпий згадував про бунт семінаристів з приводу нових правил, зокрема читання Святого Письма під час трапези, коли семінаристи на знак протесту відмовились обідати. Того дня ректор, щоб зняти напругу, уступив студентам і запропонував припинити читання. Але семінаристи недовго торжествували свою перемогу, бо наступного дня ректор твердо висловив свою позицію: «Я ніколи не допущу до того, щоби в семінарії панувала якась анархія […]. Кому не подобається, може виступити, нікого я не силую ані фізично не змушую. А з другого боку, нехай ніхто не думає, що він робить ласку. Церква вже має усталені норми виховання, і їм кожний мусить підчинитися, хто хоче бути священиком» [26, с 48]. Коли Йосиф Сліпий розповів про цю історію митрополитові Шептицькому, він, однак, зробив застереження, що надмірна суворість може спричинити до того, що деякі семінаристи покинуть заклад. І все ж новий ректор твердо наполягав на дисципліні, молитві, порядку і чистоті. Інколи навіть митрополитові доводилось захищати деяких студентів, наприклад, коли вони запізнювались із вакацій. В архівах Львівської семінарії зберігся лист Й. Сліпого до митрополита Андрея Шептицького, у якому ректор висловлює свою думку про недисциплінованість семінариста з Югославії Ерделіго і просить митрополита «не заступатися за нього проти волі ректора, бо це порушує атмосферу дисципліни у закладі».
Ще один складний виклик часу, який постав перед молодим ректором Духовної семінарії, був пов’язаний із гострими дискусіями з приводу намагань Римського Престолу запровадити серед греко-католицького духовенства безженство (целібат), як це мало місце у римо-католиків. Це викликало гостру дискусію у суспільстві, до якої приєдналась преса. Голова української парламентської фракції Юліан Романчук виступив категорично проти. У своїх спогадах Й. Сліпий писав, що Папа Пій XI під час аудієнції 1926 р. пропонував йому навіть силою запровадити целібат, але і митрополит УГКЦ, і ректор Львівської семінарії висловлювали позицію, що перехід священиків на целібат може відбуватись тільки добровільно. Аргументом слугували східні традиції греко-католицької церкви і те, що у сусідній з Галичиною території Волині, де була поширена православна церква, священики були жонаті, і це могло спричинити перехід духовенства УГКЦ у православ’я. І все ж Йосифу Сліпому довелось ухвалити компромісне рішення і приймати до семінарії насамперед тих абітурієнтів, які обіцяли після її закінчення прийняти целібат [26, с. 50].
Труднощі виникали і через недостатню кількість аудиторій, які не могли вмістити всіх бажаючих навчатись у Львівській семінарії, бо вона була розрахована на сотню семінаристів. Річ у тім, що вищі навчальні заклади з політичних