По дорозі додому Й. Сліпий заїхав у Моравію на Велеградський конгрес – міжнародний з’їзд, у якому брали участь представники католицьких слов’янських народів та деяких православних церков. Такі конгреси відбувалися з певною періодичністю з 1907-го аж до 1936 р. Їхньою метою стали пошуки шляхів примирення й об’єднання православних церков з Ватиканським престолом.
Повернувшись додому, молодий отець відправив у рідному селі свою першу Службу Божу й отримав парафію у Словіті (нині Львівська область). Та довго він не прослужив у церкві цього мальовничого села – переважало бажання займатись наукою. Війна ще не закінчилась, але в інтелігенції були великі сподівання на відродження української культури й науки, зокрема на відкриття українських студій у Львівському університеті. Йосиф Сліпий мріяв там викладати, тому став працювати над докторською дисертацією. Але дужого і статного на вигляд юнака Господь готовив до великих майбутніх випробувань, загартовуючи новими хворобами. У той час у Європі лютувала так звана іспанка, яка за своїми симптомами дуже нагадувала чуму. По дорозі до Мюнхена Й. Сліпий заразився і місяць пролежав у ліжку в німецькому селі Матрая, а потім проходив реабілітацію в монастирі бернардинів у Швейцарії [26, с. 44].
Поправивши трохи здоров’я, Й. Сліпий вирушив до Інсбрука. Падіння Австро-Угорської імперії 1 листопада 1918 року і проголошення Західноукраїнської народної республіки він зустрів у бібліотеці серед книжок, працюючи над майбутньою докторською дисертацією та вивчаючи, окрім теології та філософії, історію мистецтва, французьку, російську, німецьку, італійську й англійську мови. Через два роки дисертація «Тринітарне вчення про Пресвяту Трійцю візантійського патріарха Фотія» була завершена німецькою мовою. Але, зважаючи на воєнну та фінансову розруху, виникли труднощі з її публікацією. Адже за тодішніми умовами для здобуття вченого ступеня дисертаційну роботу потрібно було у друкованому вигляді розіслати всім європейським вченим у галузі досліджуваної проблеми та отримати від них позитивні відгуки. Врешті, текст дисертацій був надрукований протягом 1920–1921 рр. у двох номерах наукового журналу «Innsbrucker Zeitschrift für katholische Theologie». Позитивні рецензії у французьких, німецьких, англійських католицьких і протестантських виданнях надходили упродовж майже двох років.
Напружена наукова робота, важкі емоційні переживання, пов’язані з воєнним лихоліттям та втратою рідних Євгенії, Романа і Володимира, а також перенесені тяжкі хвороби – тиф та іспанка – підірвали здоров’я юнака.
Закінчивши два курси філософського факультету Інсбрукського університету і захистивши