El diputado comunista Teitelboim comentó el caso, criticando tanto al Ejecutivo como al Poder Judicial:
Deseamos terminar manifestando, en nombre de los diputados comunistas, que esta sentencia es un preludio para limitar a un Congreso que resulta molesto por la fiscalización que, sobre todo en la Honorable Cámara de Diputados, se hace por los parlamentarios de la oposición. Digo que es un preludio porque después de este primer paso, a través de reformas constitucionales e inclusive por medio de reformas electorales y de otra índole, se pretende establecer una dictadura legal. Tal es el fondo de la intención del Ejecutivo, ante la cual se ha inclinado en forma sumisa y dócil la Corte Suprema de Justicia408.
El diputado Luis Pareto González lamentaba que «un Ministro de la Corte de Apelaciones, don Juan Pomés –a quien seguramente lo veremos en el día de mañana figurar en alguna de las ternas para Ministro de la Corte Suprema–, haya exigido, rebajando con ello la dignidad parlamentaria, a los diputados señores Lavandero y Leyton, la presentación de certificados de buena conducta si deseaban su excarcelación. Yo pregunto a todos los honorables diputados que se sientan en las bancas de este hemiciclo si acaso el certificado de buena conducta no les fue otorgado, en el día de las elecciones, por todos los ciudadanos con derecho a sufragio que depositaron su voto por ellos. Es inaudito que estos parlamentarios, que cumplieron con un mandato de fiscalización, hayan sido humillados y vejados por un señor Ministro de la Corte de Apelaciones»409. Y agregó: «Estamos viviendo una verdadera dictadura legal»410.
Sin embargo, desde la derecha y el gobierno, las críticas al Poder Judicial representaban una evidencia más de las aspiraciones revolucionarias del FRAP y de otros inconformes. El ataque a la decisión que dio lugar al desafuero de los diputados de PADENA fue percibido como un ataque a la legitimidad del sistema de justicia que era el fundamento de la democracia chilena. El diputado Manuel Tagle (PCU) expresó este sentimiento directamente: «el país está viviendo nuevamente momentos de intranquilidad, porque los partidos extremistas han creído oportuno hacer caso omiso de los dictámenes de la justicia chilena y resistir sus fallos. No nos encontramos ante un caso aislado, sino ante un movimiento de típico corte revolucionario que obedece a un plan hábil y previamente establecido y del que esperan sacar todo el provecho posible para desprestigiar nuestra democracia y tratar, con ello, de remover la estabilidad del Gobierno de la República»411. El diputado Rufo Ruiz Esquide (Partido Conservador) fue enfático en su defensa del Poder Judicial: «la opinión seria del país entiende que el pilar fundamental de nuestro sistema republicano y democrático es justamente el Poder Judicial, porque este con celo, acuciosidad e imparcialidad da, como lo decían los tribunos romanos, a cada uno lo que es suyo sin mirar a quien lo solicita. (…) nadie en Chile que se precie de demócrata y de serio sigue a un partido político cuando dirigen su actuación contra los principios básicos de la democracia, cual es el respeto a las decisiones de (...) los Tribunales de Justicia, única manera de perpetuar entre nosotros nuestras instituciones democráticas»412.
Después del desafuero, los tres diputados fueron encarcelados. En el Senado se denunció que sufrieron maltrato por parte de Carabineros y funcionarios de Investigaciones.
Más allá del caso de los diputados del PADENA, el diputado Altamirano denunció el carácter esencialmente corrupto y politizado del Poder Judicial:
Se sabe en Chile que los Ministros de la Corte de Apelaciones y de la Corte Suprema «necesitarían», para alcanzar sus cargos, de las influencias y del poder de personeros importantes del Parlamento y del Gobierno. Se piensa en el país que son muy raros los ministros de esos Tribunales que alcanzan tales cargos en atención exclusiva a sus méritos. ¿Que hay excepciones? Las hay en todas partes, pero en la mayoría de los casos se aprovechan de influencias ilícitas y del poder para lograr esos cargos. No nos podemos explicar otra manera que en algunas ocasiones, bajo determinados gobiernos, se siente determinada jurisprudencia y que ésta varíe fundamentalmente en otra Administración, como ha ocurrido precisamente respecto al caso que estamos tratando esta mañana del desafuero de algunos parlamentarios. En una oportunidad los Tribunales sostuvieron una tesis y ahora plantean otra, en virtud de la cual dos parlamentarios se encuentran presos en la Cárcel Pública413.
Una semana después el diputado Orlando Millas proclamó la necesidad de una reforma constitucional profunda, para modificar la actuación y la manera de componer los tribunales del país. El Partido Comunista declaraba propiciar la democratización a fondo de todas las instituciones y que tal democratización debía alcanzar a los órganos judiciales. Señaló que se hacía necesario, a lo menos:
1) Devolver al Parlamento la facultad de autorizar la formación de causas contra senadores o diputados, como lo establecía la Constitución chilena hasta 1925 y lo establecen todas las demás constituciones del mundo sin excepción;
2) Restar al Presidente de la República la facultad fiscalizadora, que corresponde a la Cámara de Diputados, de velar por la conducta ministerial de los jueces y demás empleados judiciales;
3) Entregar al Senado de la República la designación de los magistrados de los tribunales de justicia y de los jueces, y
4) Señalar plazo de permanencia en sus cargos a los jueces y magistrados, como es elemental en todo sistema republicano414.
En parte por el proceso de desafuero contra los diputados del PADENA, el Partido Comunista, el FRAP y sectores de la Democracia Cristiana asumieron como tarea pendiente reestructurar y limitar las atribuciones del Poder Judicial mediante reformas fundamentales a la Constitución Política de 1925.
En enero de 1962, Eduardo Frei Montalva dijo en el Senado: «El haberlos detenido y vejado, y el hecho de continuar pidiendo contra ellos penas de prisión, relegación y destierro, constituye, a nuestro juicio, una amenaza permanente para los parlamentarios y para la independencia del Congreso Nacional. (…) ¿Qué autoridad puede tener el Congreso Nacional si sus parlamentarios caen en prisión y si los funcionarios llamados a declarar ante sus comisiones investigadoras lo hacen bajo el miedo o el temor de que mañana recibirán graves sanciones administrativas?»415.
El senador Salvador Allende denunció que «el abogado que representa al Gobierno no ha quedado satisfecho con la pena de relegación de cien días impuesta para los parlamentarios [de PADENA] y ha solicitado pena aflictiva, es decir, más de tres años y un día»416. En la misma sesión, el senador Sergio Sepúlveda (PL; sería embajador en España durante el gobierno de Eduardo Frei M.) respondió: «Nosotros tenemos confianza en la gestión de los tribunales de justicia. Las personas que están sometidas a su jurisdicción gozan de toda la protección que les da la ley, y si alguna petición del abogado de Gobierno puede resultar desorbitada, serán los propios tribunales los encargados de aplicar la ley con justicia y ecuanimidad»417.
En marzo de 1962, la Cámara de Diputados recibió un oficio del ministro sumariante de la Corte de Apelaciones de Santiago, Estanislao Zúñiga Collao, en el que solicitó que se informara si figuraban en la versión oficial de sesiones de la corporación determinadas intervenciones, en relación con el proceso seguido contra de los diputados señores Lavandero, Leyton y Minchel, por infracción a la ley de seguridad interior del Estado418.
A través de un oficio de 5 de mayo de 1962 a la Cámara de Diputados, se indicaba que con fecha 25 de abril se había puesto el «cúmplase» a la sentencia dictada por el ministro Juan Pomés García en la causa 16-61, iniciada por la denuncia del ministro del Interior Sótero del Río Gundián sobre seguridad interior del Estado que se siguió contra los diputados señores Jorge Lavandero Illanes, Esteban Leyton Soto y Luis Armando Minchel Balladares. El 15 de marzo habían sido condenados los dos primeros a 300 días