Los diputados del FRAP se entrevistaron con el ministro del Interior y con el director general de Investigaciones, Emilio Oelckers, quien reconoció la existencia de 20 detenidos incomunicados: «Les dijo que habían sido sorprendidos en un lugar donde había armamentos y documentos. Los casos a la fecha no habían llegado al Poder Judicial. Oelckers hizo referencia a que [los detenidos] serían nacistas»361. Los representantes del FRAP afirmaron que el complot era una justificación para la represión de las movilizaciones sindicales y las huelgas362.
La investigación judicial estableció el alcance limitado de los hallazgos de armas denunciados. En los días siguientes el magistrado Jorge Cerrutti, quien sustanciaba el proceso «por subversión denunciado por el gobierno», exhibió 30 armas de fuego, propaganda de partidos de izquierda, dinamita, mechas, pólvora y cinturones y brazaletes con las iniciales MRL. Según la policía de Investigaciones se trataba del «Movimiento Revolucionario Libertador». El director de Investigaciones puso a disposición del ministro a 13 detenidos, los que quedaron incomunicados después de haber sido interrogados en la misma Cárcel Pública por el ministro Jorge Cerrutti363. Los detenidos confesaron pertenecer al MRL y fueron identificados como el médico Gustavo Mujica, Héctor Valenzuela, José Cortez, Víctor Opazo, René Lobos y Alberto Pérez.
Se informó que Víctor Opazo Cossio habría participado en la lucha rebelde de la Sierra Maestra en Cuba364. El ministro Cerrutti dejó en libertad a dos de los detenidos, uno de ellos era el chofer del camión que según la policía había trasladado las armas y el otro era Joaquín Pinochet Donoso365.
A su vez, el ministro de la Corte de Apelaciones de Valparaíso, Eduardo Sanfurgo, declaró reo al médico Humberto Sotomayor Sorucco en el proceso por intento de subversión armada, bajo la acusación de incitar a la revuelta, introducir y distribuir armas. A Sotomayor se le aplicó el art. 4º letra a) de la ley de seguridad del Estado, que trata sobre la subversión del orden público, y además se le aplicó el art. 6 letra e) que sanciona el transporte y la distribución de armas. Se informó que las intenciones del «MRL» eran apoderarse de la base aérea de Colina y del retén de Carabineros de Huechuraba366. El ministro Cerrutti continuó su investigación manteniendo la incomunicación de los detenidos Manuel Antonio Luna Madrigal, Rosendo Albano Cid, José San Martín Balboa, José Cortés Acosta, Luis Acuña Ponce, Enrique Mosela Guerrero, Agustín Carotti Mery y del médico Luis Gustavo Mujica Cervantes.
El gobierno amplió las aristas del caso y denunció a los tribunales los antecedentes recogidos en relación con la internación de armas que se habría producido en el puerto de San Antonio, a la vez que se publicitaron diversas medidas para controlar el comercio e internación de armas de fuego367. La Corte de Apelaciones designó a dos nuevos ministros para investigar los hechos denunciados por el ministerio del Interior. El ministro Luis Maldonado Boggagio fue designado para investigar la entrada clandestina al país de armamento que habría sido desembarcado en el puerto de San Antonio. El ministro Osvaldo Erbetta Vaccaro, en tanto, fue asignado para la investigación de las acusaciones del exdirigente Óscar Waiss contra el secretario general del Partido Socialista, senador Salomón Corbalán, acusado de haber recibido dinero del extranjero para comprar armas con fines subversivos. La acusación emanó de la página 9 del folleto «Por un socialismo sin gerentes»368. Los detenidos continuaron incomunicados hasta inicios de octubre, mientras se ampliaba la investigación369.
El subsecretario del Interior dijo además «que el general Pedro Arancibia, interventor ante Ferrocarriles, comunicó que el miércoles un grupo de 8 hombres armados hasta los dientes, “al parecer de carabinas”, habían irrumpido en la estación de Auco. Fueron rechazados por conscriptos de Caballería que los repelieron primero con balas a fogueo y luego de guerra, las que fueron respondidas de igual forma para arrancar posteriormente sin ser alcanzados. De estos hechos dio cuenta al Gobierno el capitán Sánchez, comandante militar en la estación Illapel, diciendo que se comunicaba con atraso por tener interrumpidas las comunicaciones. También informó que Juan Bruna, inquilino del fundo Tranquilla del Servicio Nacional de Salud, al interior de Salamanca, fue detenido por haberse descubierto armas en su domicilio, incluyendo armas de fuego. El detenido fue trasladado con destino desconocido y el diputado Cipriano Pontigo (PCCH) conversó con el ministro del Interior para saber sobre el paradero de Bruna. Pontigo aseveró que Bruna arreglaba máquinas y relojes y no sería raro que tuviera armas enmohecidas370. En La Serena, el ministro Octavio Montt, Presidente de la Corte de Apelaciones, a petición de la intendencia había ordenado la detención de Bruna. El subsecretario del Interior Jaime Silva señaló que el gobierno había integrado al abogado Miguel Schweitzer para colaborar con el ministerio del Interior, sus abogados y asesores en los procesos judiciales iniciados por el gobierno371.
A los tres días Juan Bruna fue puesto en libertad, después de haber sido «acusado de ser la cabeza visible de los “complotadores” de esa región. Puesto a disposición de la Corte de Apelaciones de La Serena, esta dictaminó su libertad por no haber pruebas de actividad sediciosa o “complotadora”»372. Dos días después Bruna fue visitado por Carabineros con una orden de allanamiento en la que figuraban los dirigentes sindicales de Choapa. Revisaron la casa «en búsqueda de armas y como quedaron conformes se fueron. Al día siguiente lo volvieron a buscar pues el capitán quería conversar con él. Bruna creyó que sería referente al pliego de peticiones presentado por los dirigentes del valle. Al llegar quedó incomunicado en Salamanca, enviado a Illapel y luego a La Serena para ponerlo a disposición de la Corte de Apelaciones»373. Sufriría alrededor de seis meses de encarcelamiento antes de ser liberado374.
Juan Bruna, que era poeta, relató su detención en el poema «La escopeta de mi abuelo» con la siguiente introducción: «Esta poesía la escribió Juan Bruna “Betarraga” el año en que a don “Choche” se le antojó que él quería ser Presidente de Chile».
Pa’ celebrar Santa Rosa parece que ando terciado,
que el otro año lo pasé de fiesta y este año encalabozao.
El día veintiocho de agosto, con el último aguacero,
venía llegando a mi casa un camión de Carabineros.
Venía un oficial grandazo, un inspector de Investigaciones, traían
orden terminante de allanar mi habitación.
«Te acusan que estái conspirando
y que tenís mucho armamento y que querís ser Presidente Betarraga, roto mugriento».
Betarraga, muy asustao les dice «carabinerito,
esas son puras mentiras, le juro por mis niñitos»,
me dan vuelta todas las pilchas y los gangochos de la cama
y hasta en el corral de la chancha le escarban con hartas ganas.
Me encontraron una pistola y la escopeta de mi abuelo
y un revólver desarmado que encontraron por el suelo.
Me llevaron pa’ una mina pa’ buscar el arsenal.
Le escarbaban por muchas partes sin poderlo encontrar.
Me bajan pa’ Salamanca, me llevan a la comisaría,
me meten al calabozo pa’ sacarme al otro día
pa’que fuera a Illapel a la Gobernación a declarar
y allá un viejo pelao ni siquiera me dejó hablar.
Se puso a hacer una nota y llamó a una pareja,
me mandó dejar a la cárcel y me metieron tras de unas rejas.
Estando encalabozao y pensando con enojo
me llega a visitar un regimiento de piojos
¡a puchas la noche mala! Hacía bastante frío,
me pasé la noche en vela afiebrado con los rasquidos.
El