Los estudiantes reclamaron por los frecuentes castigos y por el rigor desmedido al aplicar sanciones. En vista de esta situación, «el personal, en forma absolutamente espontánea, se negó en un día determinado a almorzar, razón por la cual fueron licenciados alrededor de ciento cincuenta muchachos. (…) al visitar el día lunes la Sección de Detenidos de Valparaíso, tuve la desagradable sorpresa de encontrar entre ellos a uno de los muchachos que había venido a la Cámara»304. Señaló más adelante Teitelboim que la Corte Marcial acogió, respecto de los primeros procesados, la apelación de la encargatoria de reo, rechazando la idea de sedición y motín y sustituyéndola por «incumplimiento de deberse militares». El intendente de Valparaíso, vicealmirante Cubillos Rivera, presentó el requerimiento por infracciones a la ley de seguridad interior del Estado. Así se agravaron bruscamente las cosas y se produjeron detenciones por parte de la Justicia ordinaria305.
Los parlamentarios Rafael Tarud y Raúl Ampuero habían oficiado el 26 de julio al ministro del Interior para que el Ejecutivo desistiera de la denuncia del intendente de Valparaíso en contra de los alumnos de la Escuela de Ingeniería Naval. La respuesta del ministro, de fecha 9 de agosto de 1961, fue la siguiente: «debo manifestar a V. E. que en consideración a la gravedad de los hechos que motivaron esa denuncia, los cuales han vulnerado seriamente fundamentos básicos en que descansan las Instituciones Armadas, como son la subordinación y la disciplina, al Ministro infrascrito no le es posible acoger tal solicitud de desistimiento. Dios guarde a V. E. (Fdo.): Sótero del Río Gundián» 306.
De las pruebas e interrogatorios realizados en el proceso que aparece caratulado como «incumplimiento de deberes militares», iniciado en la justicia naval, se estableció que se «desprenden presunciones fundadas para atribuirles a cada uno la responsabilidad de autores del referido delito». Fueron inculpados los exmarineros de la Armada Héctor Figueroa Espinoza (fs. 106 vta. y 545), Claudio Arriagada Vicencio (fs. 93 vta. y 548) y Reinaldo Jorge Encina Toro ( fs. 143 y 569). Se les declaró reos y se les sometió a proceso, dejándolos en libertad provisional. Fueron acusados separadamente como instigadores de los delitos de sedición o motín, dando origen al proceso rol 2424307.
El 31 de agosto de 1961, «mediante el decreto ordinario N° 1630/252, se decretó el retiro de las filas desde el 1 de septiembre por la causal “necesidades del servicio” (pérdida de aptitudes militares), “sin valor militar”, al siguiente personal actualmente en la guarnición orden y seguridad: V.A. Vergara, Gambino, Mendoza, Tabilo, Peters y Núñez Pérez, Luis». El decreto fue firmado por Alfredo López Costa, vicealmirante director general del personal. A través del decreto del 4 de agosto de 1961, por las mismas razones y bajo la misma firma, Guarda, Gómez, Esponda, Sánchez, Rojo, Pérez, Rubilar, Lobos, Cid y Flores fueron separados del servicio. No aparece información sobre los demás procesados308.
Por otra parte, en el proceso iniciado en Valparaíso el 4 de septiembre, se estableció que se encontraba «justificada en autos la existencia del delito de incumplimiento de deberes militares que contempla y sanciona el art. 299 N: 3 del Código de Justicia Militar»309. El delito se fundamentaba en el hecho de no haberse presentado a almorzar el día 10 de mayo un número determinado de estudiantes, la mayoría de los cuales fueron procesados por ello. De acuerdo con lo señalado por el abogado Contardo, los marinos habrían sido torturados en un recinto de detención de la Escuela de Infantería de Marina en Las Salinas. Los familiares se organizaron para solicitar una amnistía. El Partido Demócrata Cristiano encargó el caso al diputado Eugenio Ballesteros, los comunistas designaron a Volodia Teitelboim y el Partido Socialista al abogado Contardo310.
El proyecto de amnistía fue presentado por cuatro senadores de oposición. El debate del proyecto se llevó a cabo en el Senado el 29 de agosto de 1961311. La mayoría de la comisión informante recomendó la aprobación de la amnistía sólo en el proceso referente a incumplimiento de deberes militares, pero no en cuanto a sedición y motín (proceso 2.424). Es preciso tener en cuenta que, en el momento del debate, habían sido declarados reos 62 individuos, por el delito de sedición o motín, que podían ser castigados con penas desde cinco años y un día de presidio hasta la pena de muerte, por haber sido cometido en un recinto militar.
El senador Fernando Alessandri insistió en que «se quiere que se investigue, porque la diferencia está en que, con la amnistía, se acaba el proceso y hay conveniencia en que se siga investigando, para hacer luz y se sepa plenamente lo que sucede». El senador Radomiro Tomic, a su vez, concordó con Alessandri en que «se investigara y aceptamos que continuara el proceso contra los ocho que, sin ser estudiantes –hay entre ellos también estudiantes– aparecen como instigadores del delito de sedición. No nos oponemos a que se investigue (…) el hecho de que se apruebe esta ley de amnistía no paraliza la investigación; paraliza la acción penal, naturalmente, pero no la investigación administrativa»312.
El senador Pedro Ibáñez (PL) objetó que «los actos de indisciplina dentro de las Fuerzas Armadas tienen repercusiones imprevisibles para la Nación» y que no se debía legislar sin más información sobre los hechos313. El senador Julio von Mühlenbrock (PL), por su parte, también se resistía a una rápida aprobación de la amnistía, recordando las palabras de Diego Portales: «Chile será una gran democracia y una gran nación mientras el principal resorte de la máquina esté en su lugar: la disciplina, el concepto del cumplimiento del deber (...). Estamos juzgando a soldados de la República, estamos frente a hombres que visten un uniforme (...). Admito el espíritu de turbulencia que caracteriza a la juventud, el afán de innovar del estudiante en las universidades. Acepto la huelga, la lucha en las calles, en el gran problema social. Pero las Fuerzas Armadas están integradas de distinta manera (...)»314. En la votación de la amnistía en el Senado hubo tres posiciones: los que estaban en contra; los que querían amnistiar a los «estudiantes» por indisciplina, pero no a los «instigadores» ni a los reos por sedición o motín; y los que querían una amnistía amplia, entre ellos los senadores socialistas y algunos radicales. Al fundamentar sus votos, los senadores volvieron a recordar las amnistías anteriores y a reavivar la memoria histórica.
El senador Bossay (PR) señaló que los tribunales militares, en este caso, «han tenido tiempo para establecer los grados de culpabilidad. Se ha expresado que se requieren veinte días, que pueden prorrogarse hasta cuarenta, y, en estos momentos, se llevan sobre cien días en esta etapa del sumario. En este plazo, con los elementos con que la Justicia ha contado, debe haber antecedentes suficientes para establecer la verdad de lo ocurrido. El informe, evacuado cien días después de iniciado el proceso, dice que sólo hay ocho personas que son reos como instigadores de determinados delitos: dos sargentos, cuatro cabos y dos marineros, cuyas edades fluctúan entre los 23 y los 34 años»315.
El Partido Liberal declaró favorecer una amnistía parcial, que no incluyera a los «provocadores de este motín», pero sí a los «meros ejecutores»316. Esta indicación, apoyada por los comités conservador, liberal y radical, fue aprobada por 67 votos contra 6. Los comités democratacristiano, socialista y comunista solicitaron que se omitiera el trámite del segundo informe, petición que fue aprobada por 49 votos contra 25, a pesar de no completar los dos tercios necesarios para prescindir del trámite del segundo informe. Sin embargo, poco tiempo después, tal acuerdo fue conseguido por aclamación317. La amnistía se extendería al proceso N° 2.424 por sedición o motín, incoado como consecuencia de los mismos hechos siempre que tuvieran la calidad de meros ejecutores del delito, de acuerdo con lo prevenido en el artículo 272 del Código de Justicia Militar. Devuelto al Senado, el proyecto de ley de amnistía fue aprobado casi sin debate. La Ley 14.629 fue publicada en el Diario Oficial el 16 de septiembre de 1961. La amnistía incluyó a los estudiantes «indisciplinados» y a los inculpados como ejecutores del delito de motín.
Fue así como unos sucesos, aparentemente de menor importancia, dieron lugar a debates acalorados y agrios en el Senado y la Cámara de Diputados. De una rebelión de estudiantes navales en Valparaíso se había llegado a reavivar la memoria de conflictos violentos desde el siglo XIX. A la vez se anticipaban, sin saberlo, conflictos futuros sobre la jurisdicción y procedimientos de los tribunales