Con fecha 12 de agosto de 1933 los doctores Ismael Mena e Ismael Montes dirigieron un informe al juez militar a pedido de la defensa de Alberto Rencoret. El informe se realizó sobre el examen de los huesos disponibles, ya que el cadáver estaba incompleto, faltando las manos y los pies. No pudieron establecer la causa de la muerte, ni la altura del sujeto solo que «este esqueleto perteneció a un individuo de talla corta»392. Los restos analizados no permitieron a los médicos concluir tampoco la data de muerte, dejando constancia que no todos los restos óseos reunidos pertenecían a la misma persona393. Sin tomar en cuenta las dificultades de identificación, parte de la prensa afirmó que se trataba de Anabalón y que Alberto Rencoret y los agentes Luis Encina y Clodomiro Gormaz eran los responsables del crimen.
Buscando reconstituir la historia del caso, Ricardo Boizard hizo referencia a un largo informe confidencial enviado por Rencoret, en su calidad de prefecto de Valparaíso, a la Sección de Investigaciones de Santiago un mes antes del hallazgo del cadáver, vinculando el caso Anabalón a un plan subversivo. Citaba Boizard parte de ese informe, en el que se decía que:
En la NAP se comenta que los doctores Jorge Grove, Thayer Ojeda, Lautaro Ponce, e Hipólito Verdugo se habían puesto de acuerdo para pagar un buzo para que bucee la bahía donde se dice que existen varios cadáveres, uno de ellos con pesas en los pies y la cabeza para que se vea que existen en buen estado hasta que asuma el poder don Arturo Alessandri, a objeto de sacarlos en esa época y llamar al pueblo para que vea como se mataba a los obreros y producir así efervescencia pública. Se comentaba asimismo que, si era necesario se echarían cadáveres del hospital para hacerlos aparecer como asesinados y producir indignación394.
Según el análisis de Boizard, el informe y especialmente el texto citado, exculpaban a Rencoret. Sin embargo, ese informe también podría haber sido una coartada eficiente, vinculando el crimen del desaparecimiento de Anabalón a las conspiraciones de la época, diluyendo las responsabilidades policiales. Lo que no se lograba esclarecer era la motivación política específica que explicara la desaparición selectiva del profesor Anabalón.
El caso Anabalón se mantenía vivo en diversos sectores políticos. Elías Lafferte informaría haber recibido del «Comité pro Justicia y Libertad Manuel Anabalón Aedo», una circular sobre el proceso contra los asesinos Rencoret, Gormaz y Encina, señalando que eran defendidos por el presidente del Colegio de Abogados Adolfo Valdivieso. Lafferte indicaba que el Comité acordó solicitar la cooperación de todos los organismos de la FOCH, a fin de llevar a efecto un «comicio simultáneo en todo el país», el que tendría lugar el domingo 29 de enero de 1933, para protestar por «la complicidad, debilidad del Gobierno, de la justicia burguesa, de la prensa capitalista y del propio capitalismo frente a estos crímenes y a sus asesinos rentados». Lafferte afirmó que se deberían «desencadenar huelgas parciales, huelgas políticas que le demostraran a la burguesía que estamos dispuestos a exigir el castigo de los asesinos a sueldo de la clase obrera»395. El cadáver identificado como Manuel Anabalón fue enterrado en medio de homenajes políticos396. Ricardo Fonseca dijo en su discurso, en la Estación Mapocho, «Tomen nota las clases dirigentes [...] que ni las persecuciones ni los asesinatos detendrán las luchas de los maestros y del pueblo por sus reivindicaciones y objetivos de clase»397.
Mientras tanto, el periodista Luis Mesa Bell apareció asesinado a golpes en un sitio eriazo. Su cuerpo fue encontrado en el sector de Carrascal, en Santiago, el 30 de diciembre de 1932398. El mismo día fueron detenidos los agentes de Investigaciones Leandro Bravo, Carlos Vergara y Joaquín González, quienes declararon haber obedecido órdenes de autoridades de la institución. Posteriormente fueron detenidos también el subprefecto Fernando Calvo, el director general Armando Valdés y el prefecto Carlos Alba. El caso fue tramitado por la justicia militar399.
El juez Luis Baquedano, quien investigaba el caso Anabalón, había ordenado la detención de Rencoret, Clodomiro Gormaz, Carlos Herrera y Luis Encina. El prefecto Rencoret fue detenido por el capitán de Carabineros Olegario Sánchez en la estación Yungay, cuando se dirigía a Santiago. Boizard relata que en la estación había una manifestación en contra de Rencoret y la detención fue orquestada por la prensa400. La investigación del caso Anabalón continuó. Los agentes de policía detenidos fueron considerados como
presuntos culpables. No existen sino sospechas de su participación en el delito, sin embargo, ya están pagando con el suplicio de la impopularidad, otro delito más alto y más imperdonable en estos momentos de disolución: el de haber defendido con celo y con vehemencia el orden social contra sus constantes enemigos.401
Boizard consideraba que, meses antes, estos policías habían sido los héroes en la lucha contra los comunistas y habían defendido la ley, el orden y la estabilidad de la sociedad y que estaban siendo acusados injustamente402.
Las numerosas contradicciones observadas en las declaraciones de los testigos, quienes en su mayoría eran ex agentes de Investigaciones, llevaron al juez a poner en libertad a los tres policías, menos a Rencoret. Después de una larga investigación, no quedaba claro cuántos días estuvo Anabalón en el recinto policial ni tampoco los motivos para retenerlo, dado que había una orden para ponerlo en libertad, pero la afirmación policial inicial, de que había sido puesto en libertad al momento de llegar, parecía ser cada vez menos plausible. Por otra parte, recuerda Boizard, que el 26 de junio, Valparaíso se encontraba en estado de sitio y regía la ley marcial; aún se producían enfrentamientos con la policía y si Anabalón fue puesto en libertad pudo ser asesinado en otras circunstancias ese mismo día en la ciudad403. Sin embargo, la declaración de un carabinero, Nicomedes Colle, que hacía guardia la noche del 30 de junio en el muelle, permitió mantener la acusación: dijo haber visto a Rencoret y dos agentes arrastrando a Anabalón por el muelle esa noche. Un juez militar concluyó que el cadáver encontrado no correspondía a Manuel Anabalón404.
Cuando se reabrió el caso por un juez civil casi dos años después y, tras una nueva autopsia, se determinó que el cadáver pertenecía a Anabalón405. Entretanto Rencoret había renunciado a la policía y había ingresado al Seminario Mayor de Santiago. El tribunal citó a Rencoret, pero el arzobispo Horacio Campillo alegó que gozaba de fuero eclesiástico y no se presentó ante el tribunal. El caso fue archivado sin determinar los responsables, como ocurriría con muchos casos de desaparecidos en el futuro406.
El Poder Judicial y los recursos de amparo. El caso de Marmaduke Grove
Entre el 31 de julio de 1931 y octubre de 1932 hubo muchos detenidos, maltratados y «trasladados» que no podían hacer valer sus garantías constitucionales407. La destitución del gobierno de la primera «República Socialista», en junio de 1932, tuvo diversas consecuencias políticas y penales para sus funcionarios, partidarios y adherentes. El caso de Marmaduke Grove ilustra los procedimientos judiciales bajo las disposiciones de los decretos leyes de Seguridad Interior del Estado y su funcionamiento burocrático que no garantizaba los derechos de los detenidos. Entre los ministros destituidos estaba Grove, quien había sido ministro de Defensa de dicho gobierno. Fue detenido y luego trasladado a Isla de Pascua. Su situación demuestra, además, la indefensión de muchos