Unter der zentralen Leitfigur des Thüringer Katholizismus, dem Erfurter Dompropst und Kanonisten Dr. Joseph Freusberg, gründeten sich alsbald selbständige Strukturen im Ostteil der Diözese Fulda. Bereits während des Krieges wurde eine dauerhafte kirchliche Zentralisierung auf Erfurt hin angebahnt, was unter anderem mit dem eingeschränkten Post- und Reiseverkehr zusammenhing. Die fortschreitende Teilung Deutschlands nach Kriegsende erschwerte die Tätigkeit der Diözesanleitung und -verwaltung in Fulda für den thüringischen Teil fortwährender. Letzterer lag in der sowjetisch besetzten Zone, und der stetige Auf- und Ausbau des Grenzregimes der SBZ/DDR behinderte die Kommunikation des in der amerikanischen Besatzungszone residierenden Ortsordinarius mit seinem östlichen Diözesananteil enorm. Sofort nach der Besetzung Thüringens begannen die Schwierigkeiten. Im Juli 1945 wurde Freusberg von der Militärregierung ein Passierschein für eine Dienstreise nach Fulda verweigert.165 Diözesanbischof Dietz wurde im März 1947 beim Überschreiten der Zonengrenze bei Eisenach verhaftet, 24 Stunden lang interniert sowie kurzzeitig seines Autos und Bischofsringes beraubt.166 Dem Fuldaer Weihbischof Bolte waren seit 1945 von seinem Oberhirten die Aufgaben übertragen worden, die den Ostteil des Bistums Fulda betrafen. Seine Aufenthalte wurde jedoch durch die Besatzungsmacht und die SED-Regierung reglementiert: seit 1946 durfte er jährlich nur sechs bis acht Wochen in die SBZ/DDR reisen.167
Der Bischof von Fulda konnte also immer seltener in seinem östlichen Diözesangebiet tätig werden; zudem wurde er von den Sowjets nicht als Verhandlungspartner anerkannt.168 Deshalb war es nötig geworden, gewisse Entscheidungen vor Ort zu fällen. Joseph Plettenberg suchte im Mai/Juni 1946 den Fuldaer Diözesanbischof Dietz auf und teilte ihm mit, dass Freusberg in Erfurt „unbedingt mehr Vollmachten haben müßte […].“ Die bischöfliche Antwort lautete: „Ich bin gerne bereit, diese Vollmachten zu geben, wenn sie mir vorformuliert vorgelegt werden.“ Weihbischof Bolte wurde schließlich zu Verhandlungen nach Erfurt gesandt.169 Im August 1946 schickt der Landesverband der Thüringen CDU einen Brief an die Fuldaer Bischofskonferenz mit der Bitte um die „Errichtung einer bischöflichen Administratur für das Land Thüringen mit dem Sitz in Erfurt“. Man ersehnte – v.a. im Hinblick auf die Vertriebenen – eine einheitliche seelsorgliche Betreuung, da „diese armen Umsiedler den kirchlichen Schutz umso mehr notwendig“ haben.170 Auch aus dem Eichsfeld ging ein Brief in Fulda ein mit der Bitte, „für Thüringen einen 2. Generalvikar der Diözese Fulda mit dem Sitz in Thüringen“ zu installieren.171
Schließlich stattete Bischof Dietz die vier „Hauptgeistlichen“172 des „Ostens“ mit Sondervollmachten aus, die jedoch nur galten, wenn der Ortsordinarius binnen der verfügbaren Zeit voraussichtlich nicht erreicht werden konnte. Zu diesen Vollmachten zählte u.a. die Übertragung von Seelsorgeaufgaben an diözesanfremde Priester.173 Alsbald erwiesen sich diese Vollmachten als unzureichend, denn es benötigte eindeutigere Kompetenzen und klare kirchenrechtlich Verhältnisse.
Am 24. Oktober 1946 stattete schließlich der Fuldaer Bischof den Erfurter Propst Freusberg mit den Vollmachten eines Generalvikars für den in der Ostzone gelegenen Teil der Diözese Fulda aus.174 Die geniale Anregung, im Ostteil der Diözese einen eigenen Generalvikar – neben dem Generalvikar in Fulda – zu installieren, scheint von Negwer ausgegangen zu sein.175 Als ehemaligen Breslauer Generalvikar, Kanonist und Freund Freusbergs half er bis zu seiner Versetzung nach Görlitz im Oktober 1949 in Erfurt tatkräftig, ein eigenes Generalvikariatsamt auf- und bereits angelegte Verwaltungsstrukturen auszubauen.176 Als Generalvikariatsräte wurden Freusberg zur Seite gestellt: Dr. Joseph Negwer, Ehrendomkapitular Wilhelm Breitung aus Weimar, der Bischöfliche Kommissarius für das Eichsfeld Propst Josef Streb, Konsistorialrat Dr. Maximilian Wenzel und Pfarrer Ferdinand Reinhardt177 aus Jena.178
Die neuen Vollmachten im Ostteil der Diözese scheinen aber zu Unstimmigkeiten geführt zu haben bezüglich der dem Bischof vorbehaltenen Angelegenheiten. Das Generalvikariat Fulda wollte oder konnte sich mit den veränderten Verhältnissen nicht abfinden, was zu vermehrten Unsicherheiten und Unklarheiten führte. Die Abgrenzung der Kompetenzen zwischen den beiden Generalvikariaten war ein Problem. Freusberg schrieb daraufhin nach Fulda: „So wie sich aber die Auswirkung dieses Auftrages [des Generalvikars für Thüringen] in praxi anlässt, ist sie auf die Dauer nicht tragbar. Euer Exzellenz bitte ich gehorsamst hiervon Kenntnis zu nehmen.“179 Auch Negwer schrieb in dieser Angelegenheit an die bischöfliche Behörde der Bonifatiusstadt, erhielt aber drei Monate lang keine Antwort, sodass er einen zweiten, in seiner Sprache recht deutlichen Brief an den Generalvikar Günther und den Diözesanbischof verfasste und um Klärung der Anliegen bat.180
Beide Briefe blieben nicht ohne Wirkung, denn es kam in deren Folge zu einer Besprechung zwischen Bischof Dietz, Generalvikar Günther, Generalvikar Freusberg, Prälat Negwer und weiteren Mitgliedern der Verwaltungsstellen am 14. Juni 1948 in Erfurt. Dabei wurde auf der Grundlage von Negwers „Promemoria über die kirchliche Verwaltung des Thüringischen Teils der Diözese Fulda“ eine eigene „Denkschrift über die kirchliche Verwaltung des thüringischen Teils der Diözese Fulda“ erarbeitet, die die volle Zustimmung des Bischofs Dietz fand. Darin wurden die letzten Unklarheiten jurisdiktioneller und verwaltungstechnischer Art beseitigt, was u.a. eine detaillierte Aufstellung von Maßnahmen zur Errichtung des Generalvikariates beinhaltete: u.a. Anlegung einer Registratur, Bildung fester Dezernate, Notwendigkeit eines Amtsblattes, jährliche Dechantenkonferenz, Regeln für den Verkehr mit dem Ordinariat Fulda (Angelegenheiten, die dem Bischof vorbehalten bleiben, die Stellung zum Generalvikar in Fulda sowie die Stellung des Kommissars von Heiligenstadt und des Propstes von Weimar zum Generalvikar).181
So gelang mit Hilfe der beiden Kanonisten Freusberg und Negwer der Aufbau eigener kirchlicher Verwaltungsstrukturen in Thüringen im Unterschied zu anderen Jurisdiktionsgebieten nahezu mühelos und zeitnah. Für die Seelsorge an den zahlreichen Heimatvertriebenen war dies von Bedeutung, da nach Jahren der Vertreibung und des Chaos erstmals wieder Struktur und Ordnung in die Pastoral kamen. Bischöfliche Amtshandlungen nahm zum Großteil der Fuldaer Weihbischof Bolte in Thüringen vor. Jedoch waren Einreisegenehmigungen in die DDR für ihn ab 1952 nur noch selten zu erlangen. Mit der Ernennung eines eigenen Weihbischofs des Bistums Fulda mit Sitz in Erfurt ging man diesen Problemen aus dem Weg: 1953 wurde Dr. Joseph Freusberg zum Bischof geweiht und nahm fortan die bischöflichen Weihehandlungen im Ostteil der Diözese Fulda vor.182
Neben der Regelung dieser personellen und jurisdiktionellen Angelegenheiten war man gleichzeitig bemüht, ein eigenes Seelsorgeamt in Erfurt aufzubauen. Denn erst allmählich wurde man sich bewusst, dass die Seelsorge nicht nur dezentral auf die Versorgung der Gläubigen mit Gottesdiensten, Sakramenten, Religionsunterricht, Hausbesuche und aufmunternde Worte beschränkt bleiben durfte, sondern dass man sich auch zentral um den Aufbau einer „Standesseelsorge“ bemühen musste. Die Anregung dazu ging überwiegend von Flüchtlingsseelsorgern aus. Bereits im Juli 1948 wandten sich 14 Flüchtlingsgeistliche mit der Bitte an Freusberg, „baldmöglichst die Errichtung eines Seelsorgeamtes in Erwägung zu ziehen“.183 Als Begründung führten sie die sich schon in der Währungsreform abzeichnende Abriegelung vom Westteil der Diözese an, aber vor allem die Überforderung der einzelnen Priester durch die „vielfältigen Aufgaben unserer Diaspora“, die vom Einzelnen kaum noch überblickt werden konnten.184 Sie waren der Überzeugung, dass deshalb „eine Hilfe von zentraler Seite nötig [sei], wo alle Erfahrungen und Anregungen zusammenfließen müssen, um einem größeren Kreise zugänglich zu werden.“185 Ähnlich formulierte Pfarrer Georg Bartsch186 im Dezember 1948 die Notwendigkeit einer „Männer- und Frauenseelsorge oder gar der Sorge um die junge Familie“, in der er „die Frage der Existenz des Thüringer Katholizismus“ gestellt sah.187 Mit anderen Flüchtlingsseelsorgern teilte er die Ansicht, dass „die Aktivierung aller lebendigen Laien“188 eine Notwendigkeit gerade in Thüringen sei. Systematische Helferschulungen sollten es ermöglichen, auf geschulte Laienkräfte zurückgreifen zu können.
Trotz vieler Anregungen wurde jedoch erst zu Beginn des Jahres 1950 „ein Seelsorgeamt für den thüringischen Anteil der Diözese Fulda errichtet […], das allen H. H. Geistlichen