Kurz nach der faktischen Annexion Guayaquils trafen sich die beiden Helden der Unabhängigkeitskämpfe in der südecuadorianischen Hafenstadt. Die Zusammenkünfte vom 26. und 27. Juli fanden im privaten Rahmen und hinter geschlossenen Türen statt. San Martín musste widerwillig akzeptieren, dass Guayaquil nun zu Großkolumbien gehörte. Kein Gehör fand er mit seinem monarchischen Projekt, denn Bolívar strebte eine Föderation zwischen den befreiten Republiken an. Zwar sicherte der »Libertador« San Martín militärische Hilfe zu, allerdings bei weitem nicht genug, um die royalistischen Truppen vernichtend schlagen zu können. Entmutigt reiste San Martín nach Lima zurück, wo ihn neue Schwierigkeiten erwarteten. Während seiner Abwesenheit war der verhasste Kriegs- und Außenminister Monteagudo abgesetzt und aus Lima deportiert worden. Weitgehend isoliert trat der Protektor am 20. September 1822 von seinen Ämtern zurück und übertrug seine Autoritätsbefugnisse dem ersten Kongress des Landes. Unverzüglich reiste er nach Chile und von dort aus weiter ins europäische Exil, wo er bis zu seinem Tod im Jahre 1850 bleiben sollte.
San Martíns 14-monatige Herrschaft trug sowohl konservative als auch fortschrittliche Züge. Im Einklang mit seinem monarchistischen Konzept erkannte er die Adelstitel aus der Kolonialzeit an. Das Protektorat setzte ein neues Handelsreglement und – anstelle einer Verfassung – ein »provisorisches Statut« (Estatuto provisional) in Kraft. Letzteres sah die peruanische Nationalität für alle freien Personen vor. Das bedeutete, dass Sklaven ausgeschlossen blieben, während Europaspanier, die sich dem neuen Regime unterstellten, einbezogen wurden. Trotz der Kriegssituation bemühte sich das Protektorat, die Grundlagen für ein öffentliches Erziehungs- und Bildungssystem zu schaffen. Am 19. September 1822, zwei Tage vor San Martíns Ausreise aus Peru und in dessen Anwesenheit, wurde in Limas Colegio San Tomás die erste peruanische Schule eingeweiht, die nach der Methode Lancaster unterrichtete. Für die Einführung dieser Unterrichtsmethode, benannt nach dem englischen Pädagogen Joseph Lancaster (1778–1838), war der schottische Baptistenpfarrer James (Diego) Thomson in den Jahren 1822 bis 1824 verantwortlich. Neben der ersten Lehrerbildungsanstalt wurden die Nationalbibliothek, die Patriotische Gesellschaft und die Literarische Gesellschaft gegründet. San Martín war persönlich für die Schaffung der Nationalbibliothek (28. August 1821) verantwortlich, der er 600 Bücher aus der eigenen Sammlung vermachte und die sämtlichen Interessierten offenstand. Andererseits stellten Zensurmaßnahmen sicher, dass Schauspieltruppen nur mehr »moralische« und »patriotische« Theaterstücke zur Aufführung brachten. Mit Verboten und harten Strafen gingen die Behörden auch gegen Praktiken der Volkskultur, gegen die ruinöse Wettleidenschaft und gegen die grassierenden Glücksspiele vor. Sie untersagten die ausgelassenen Spiele und Exzesse der Karnevalszeit sowie die beliebten Hahnenkämpfe unter Androhung einer einmonatigen Haftstrafe. Sklaven, die Zusammenkünfte für verbotene Glücksspiele in den Häusern ihrer Herren denunzierten, erhielten die Freiheit geschenkt.
Die Vertreibungen, Konfiskationen und Zwangsabgaben während des Protektorats bedeuteten die faktische Liquidierung der traditionellen kommerziellen und finanziellen Elite. Konfiszierte Gebäude und Liegenschaften gingen an Kommandanten des »Befreiungsheeres« über oder bildeten als Belohnung einen Anreiz für gegnerische Offiziere, die Seite zu wechseln. Solche Umverteilungen zogen eine gewisse Neuordnung innerhalb der Oberschicht nach sich, besonders dann, wenn sich nicht-weiße Militärführer beschlagnahmte Ländereien sicherten. Zu den wichtigsten integrativen Maßnahmen des Protektorats zählten die schrittweise Verbesserung der Situation der Sklaven sowie die Beseitigung sowohl des Indianertributs als auch jeglicher Form von indianischer Zwangsarbeit. Zukünftig sollten Indianer gleichberechtigte Staatsbürger sein und als Peruaner bezeichnet werden, weshalb man die Bezeichnung Indios oder Naturales aus dem offiziellen Sprachgebrauch verbannte. Freilich vermochten diese Dekrete nicht die gewünschte Wirkung zu entfalten und wurden von den peruanischen Eliten konterkariert. Trotz einer Reihe von Verfügungen, die das Los der Unterprivilegierten verbessern sollten, fand San Martín auch in diesen Schichten keine uneingeschränkte Unterstützung. Aus unterschiedlichen Gründen schlossen sich Indianer und Schwarze gleichermaßen den »patriotischen« wie den royalistischen Heeren an.
Sklaven, schwarze Soldaten und Sklavengesetze
Dem Zensus von 1812 ist zu entnehmen, dass in Peru rund 1,37 Millionen Personen lebten. Davon waren etwas mehr als 40 000 Sklaven. Knapp drei Viertel konzentrierte sich an der Zentralküste. Allein die Hauptstadt Lima zählte fast 18 000 Sklaven. Für die Sklaven in den ländlichen Gebieten waren die Lebensbedingungen zumeist bedeutend härter als für ihre städtischen Schicksalsgenossen, die nicht selten als Dienstpersonal in einem Privathaushalt unterkamen. Auf den weitläufigen Zuckerrohrplantagen oder in den Weinbaugebieten begann der Arbeitstag um 7 Uhr und dauerte mit einer zweistündigen Unterbrechung am Mittag bis 16 Uhr. Nach der Arbeit und an Sonntagen war es den Sklaven erlaubt, auf zugewiesenen Parzellen Nahrungs- und Nutzpflanzen anzubauen. Jeden Abend wurden sie von den Aufsehern in barackenartigen Unterkünften eingeschlossen. Körperstrafen wie Auspeitschungen waren gang und gäbe. Vom Sklavenhalter angeordnet und vor versammelter Menge durchgeführt, dienten die Züchtigungen der Abschreckung. Aufgegriffene Sklaven mussten genauso viele Tage in Ketten arbeiten, wie sie gefehlt hatten. Dennoch suchten Sklaven immer wieder ihr Glück in der Flucht. Sie rotteten sich in Räuberbanden zusammen und machten die Überlandstraßen und die ländlichen Gebiete unsicher. Andererseits erwiesen sich viele Schwarze als treue Gefolgsleute des spanischen Königs und verlässliche Verteidiger der herrschenden Ordnung. Sie dienten in den vizeköniglichen Milizen und zogen gegen Juntas ins Feld, die für mehr Autonomie kämpften. Einem Bericht des Vizekönigs Pezuela von 1818 zufolge waren fünf Sechstel der in Lima stationierten Soldaten Schwarze beziehungsweise Personen gemischter Abstammung.
Während der Unabhängigkeitskriege setzten »Patrioten« wie Royalisten Schwarze in großer Zahl ein. Beide Seiten forderten die Sklavenbesitzer auf, ihnen Sklaven als Soldaten und Hilfskräfte zu überlassen. Sklaven kämpften aktiv als Soldaten oder leisteten Hilfsdienste als Zimmerleute, Kalfaterer, Schmiede, Köche, Waffenschmiede oder als Transporteure von Proviant, Feuerholz, Kohle, Munition und so weiter Schwarze Knaben marschierten trommelnd und Pfeife spielend im Musikkorps mit. Neben der Freiheit bot der Kriegsdienst die Aussicht auf einen sozialen Aufstieg dank Beförderung in einen höheren Dienstgrad.
Bereits vor der Ausrufung der Unabhängigkeit zeichnete sich das absehbare Ende einer auf Sklavenarbeit basierenden Wirtschaft ab. Einerseits waren die Anschaffungskosten verhältnisweise hoch, andererseits drängte Großbritannien auf eine internationale Ächtung und ein Verbot des Sklavenhandels. Im September 1817 einigten sich Spanien und Großbritannien vertraglich auf die vollständige Abschaffung des Sklavenhandels. Eine Verfügung des spanischen Königs vom 1. Dezember 1820 diktierte die Rahmenbedingungen zur Beendigung des Menschenhandels. Mit verschiedenen Dekreten versuchte auch San Martín, die Situation der Sklaven zu verbessern. Beispielsweise erließ er im August 1821 das Gesetz der freien Geburt, das besagte, dass alle neu geborenen Sklavenkinder frei seien. San Martíns Gesetze wie auch spätere Verordnungen schufen lange Übergangszeiten, die es sämtlichen Betroffenen ermöglichen sollten, sich frühzeitig auf das mittel- bis langfristige Ende der Sklaverei einzustellen. Sie waren als Belohnung gedacht für die Tausenden von Sklaven, die ihr Leben für die Unabhängigkeit aufs Spiel gesetzt hatten.
Die Unabhängigkeitskämpfe zogen die Verwüstung vieler Plantagen, den Zusammenbruch der herrschenden Ordnung und damit die Schwächung und Verarmung mancher Grundbesitzer nach sich. Dadurch öffneten sich für die Sklaven Freiräume, und es boten sich mannigfaltige Fluchtmöglichkeiten. Jedoch blieb die durch Flucht erlangte Freiheit prekär. Denn die Sklavenhalter setzten alle Hebel in Bewegung, um Flüchtige aufzuspüren und die Einberufung ihrer Sklaven zum Wehrdienst zu verhindern. Ihr Widerstand war so stark, dass San Martín mit scharfen Gesetzen drohte. Wer die Rekrutierung seiner Sklaven verweigerte, musste mit der Konfiskation seiner Güter und im Wiederholungsfall mit der Exilierung rechnen. Unter den Sklaven selbst war die Einstellung zum Militärdienst ambivalent. Einige ergriffen begeistert die sich bietende Gelegenheit zur Selbstbefreiung. Sklavenmütter sprachen aus eigenem Antrieb bei den Rekrutierungsagenten