Considérenme asociado a cuantos vascos, sin distinción de ideas políticas, se reúnen fraternalmente con la finalidad de rendir homenaje, no al hombre de partido, sino al Presidente del Gobierno autónomo del País, quien, en calidad de tal, representa a los vascos todos, unidos ahora por lazos de infortunio. Estoy seguro de que los comensales pensarán en los que sucumbieron durante la cruenta lucha y en los que sufren prisión por ser fieles a sus ideas. Seamos los expatriados dignos de unos y de otros. Hagamos llegar hasta las rejas carcelarias el eco de nuestro anhelo libertador y que sobre las tumbas de tantos héroes se desgranen, como flores caídas del cielo, estrofas de los zortzicos [danzas tradicionales vascas] evocadores del bravío Cantábrico y de las verdes montañas que a él se asoman. Simbolizad en José Antonio a los luchadores y en Guernica a las villas mártires y cifrad vuestras esperanzas en que el espíritu democrático encarnado en las milenarias instituciones vascas se extienda por el mundo diciendo, con [José María] Iparraguirre: «Eman da zabalzazu munduan frutuba» [«Da y extiende tu fruto por el mundo»: verso de su himno Gernikako Arbola]. Y recordad las palabras esculpidas en el monumento de Mallona [cementerio de Bilbao] dedicado a quienes anteriormente sucumbieron, también por defender la libertad: «No les lloréis, imitadles».
En privado, Prieto transmitió también a Aguirre sus deseos de que «América le depare toda clase de bienandanzas en compensación de las zozobras y amarguras sufridas estos últimos años»105.
La suerte de los refugiados, que iban llegando a América en las expediciones marítimas financiadas con fondos de la JARE, era entonces el motivo de preocupación principal para ambos dirigentes. Desde el verano de 1940, Marsella se había convertido en puerto de concentración de refugiados que de toda Europa arribaban a esta ciudad de la costa francesa con la esperanza de poder escapar de los nazis. El consulado de México, dirigido por el diplomático Gilberto Bosques, se convirtió en polo de atracción de miles de españoles merced al acuerdo suscrito el 22 de agosto entre los Gobiernos de Francia y México, por el que este último país se comprometía a otorgar el estatus de inmigrantes a todos los exiliados españoles que lo solicitaran y a costear la travesía en barco hacia América. Los transportes de refugiados entre Francia y México, sin embargo, encontraron dificultades de todo tipo; de ahí que hubiese muy pocas salidas en 1940: el barco «Cuba» zarpó de Burdeos el 20 de junio con 555 refugiados a bordo y llegó al puerto mexicano de Coatzacoalcos el 26 de julio, mientras que el vapor «Quanza» arribó a Veracruz en agosto con 126 refugiados. Después de varios meses sin que se produjeran nuevas salidas, Prieto solicitó al presidente mexicano Manuel Ávila Camacho que interviniera ante el mariscal Philippe Pétain para que el Gobierno de Vichy respetara lo pactado106.
De acuerdo con todas las organizaciones políticas representadas en el Gobierno vasco, los consejeros Juan de los Toyos (PSOE) y Heliodoro de la Torre (PNV) confeccionaron un listado de personalidades vascas para las que pedían, por la responsabilidad política que habían desempeñado, un trato preferente a la hora de programar futuros embarques. El listado le fue entregado al cónsul general de México en Francia, Gilberto Bosques, el 30 de noviembre de 1941. Un primer embarque de refugiados, previsto para el 12 de enero de 1942, se frustró. «Aquí la gente está muy impaciente por salir», confiaba Toyos a Prieto107. Por fin, el 14 de abril, en el último barco con refugiados que salió de Marsella, embarcaron con destino a Casablanca. Desde allí, en el vapor portugués «Nyassa», partieron hacia el puerto mexicano de Veracruz, al que llegaron el 22 de mayo. Este barco trasladó a América a muchos dirigentes políticos vascos y a sus familias, entre ellos los consejeros Toyos, Aznar y Gonzalo Nárdiz (ANV), el ministro Tomás Bilbao (ANV), los diputados Julio Jáuregui y José María Lasarte (PNV), los nacionalistas Pedro Basaldua y Antón Irala, los socialistas Cándido Busteros y Rufino Laiseca, o Julia Ruiz, viuda de Julián Zugazagoitia (fusilado por Franco en 1940), con sus tres hijos menores de edad.
En julio de 1942, en una conferencia en el Teatro de la Comedia de La Habana, Prieto explicitó su propuesta de hacer un plebiscito para definir la forma de Estado en España, una vez que terminase la guerra en Europa con la victoria de las potencias democráticas. «No predico, ni predicaré —dijo— una política de odios en España». Y para dar fuerza a su argumento, comunicó a su auditorio que recibía muchas cartas de republicanos y socialistas españoles escritas minutos antes de ser conducidos al patíbulo: «¿Sabéis lo que piden en ellas? Perdón para sus enemigos. ¿Sabéis lo que proclaman? Piedad, paz». Su planteamiento disgustó a los nacionalistas vascos, no tanto por su llamada a la concordia, como por el tono patriotero con que terminó su discurso: «soy español, soy hijo de la España gloriosa de la conquista y de la España gloriosa del sacrificio» —dijo— y, sobre todo, por la descalificación indirecta que lanzó sobre las actividades del Gobierno vasco en el exilio108:
Aquí [en América] no debemos dedicarnos a formar gobiernos, sustituir órganos parlamentarios ni establecer organismos que se encarguen de la vida española. No, eso tiene que hacerse allí, en España […]. Los que nos encontramos en América, cualesquiera que sean nuestras estrecheces y las dificultades de nuestro vivir, somos unos privilegiados. De allí vendrá la elección. No tratemos desde aquí de imponerla, porque eso, creedme, sería grotesco.
No obstante, cuando en el otoño de 1942 Aguirre viajó a México para dejar allí constituida una delegación de su Gobierno, presidida por el consejero Telesforo Monzón, el lehendakari almorzó en casa de Prieto con su familia y el líder socialista asistió al banquete que el Centro Vasco organizó para homenajear a su ilustre anfitrión109.
En noviembre de 1943, cuando la victoria de los aliados en la Segunda Guerra Mundial comenzaba a vislumbrarse, los primeros esfuerzos por encontrar una fórmula de acción conjunta de los republicanos españoles volvieron a enfrentar a Prieto y Aguirre. El acuerdo entre el líder socialista y Diego Martínez Barrio (presidente de las Cortes republicanas en la Guerra Civil), logró reunir en torno a la Junta Española de Liberación (JEL) a la mayor parte de los partidos del exilio, incluidos los nacionalistas catalanes moderados. Quedaron al margen los socialistas negrinistas, los comunistas y el PNV, que rechazó la iniciativa por su vinculación al marco constitucional de 1931 y porque impedía la celebración de un referéndum de autodeterminación para Euskadi. Aguirre entendía que Prieto trataba de liquidar lo que quedaba de las instituciones republicanas, incluido el Gobierno vasco, porque estorbaban en su estrategia de unidad para acabar con la dictadura franquista, según le explicaba a Monzón en enero de 1944110:
Prieto ha querido repetir su «golpe de Estado» de París. Allí fue para vencer a Negrín creando el Jare [la Junta de Auxilio a los republicanos españoles]. Aquí […] para acabar con el Gobierno vasco, es decir, con el movimiento nacional vasco organizado, cortándole las vías del futuro, encerrándolo en un marco que ellos llaman constitucional. Claro es que las reglas constitucionales son siempre para los demás, porque solo la creación de una Junta de liberación nacional es ya un órgano nuevo y por tanto extraconstitucional. […] Prieto ha querido evitar toda clase de males y envenenado de antivasquismo ha creído posible darnos al mismo tiempo un golpe de gracia […] Prieto ha demostrado ser una vez más un maniobrero hábil, pero no un político constructivo..
El único partido que podía contrapesar algo el predominio absoluto del PNV en el Gobierno vasco era el Partido Socialista, pero se hallaba debilitado por su división interna, que afectó también a los dos consejeros que le quedaban tras la muerte de Juan Gracia en París en 1941. El prietista Juan de los Toyos rechazó los postulados de la obediencia vasca y abandonó el Gobierno de Aguirre en abril de 1943, mientras que el aguirrista Santiago Aznar los aceptó y protagonizó una disidencia intentando crear un partido socialista vasco separado del PSOE. Pero su intento fracasó por la decidida intervención de Prieto, que logró la expulsión de Aznar y el rechazo de la mayoría del socialismo vasco a las tesis nacionalistas. Pese a ello, Aznar continuó de consejero y participó en las reuniones del Gobierno de Aguirre en Nueva York (junto con Monzón, Aldasoro y Nárdiz, todos aguirristas) en marzo de 1945, en vísperas del final de la Guerra Mundial y del regreso del Gobierno vasco a Europa. La dimisión de Toyos y la expulsión de Aznar marcaron el punto