El paso de la mera entente cordial a la alianza de pleno derecho entre el PNV y el Frente Popular se llevó a cabo a mediados de septiembre, coincidiendo con la toma de San Sebastián por las tropas del general Mola, cuando Aguirre y Ajuriaguerra se reunieron en Madrid con Prieto y Largo Caballero. El PNV aceptó la entrada de Irujo en el Gabinete republicano a cambio de la aprobación del Estatuto en cuanto se reabriesen las Cortes, tal y como reconoció el propio Irujo: «Mi entrada en el Gobierno iba unida a la necesidad de proclamar la vigencia de la carta autonómica»56. Por eso, se le considera el ministro vasco del Estatuto, mientras que Prieto y Aguirre fueron los padres de la autonomía vasca en la Guerra Civil.
Al texto consensuado en las vísperas de ella solo se añadieron unas disposiciones transitorias para facilitar la elección del lehendakari y la formación de su Gobierno provisional, porque la coyuntura bélica hacía imposible la celebración de elecciones autonómicas (doc. II.4). La única discrepancia tuvo que ver con la mención a Navarra, que figuraba en el proyecto plebiscitado en 1933 y había desaparecido en el texto acordado en 193657. Prieto se opuso al intento del PNV de reincorporar a Navarra, según recordó en el exilio58 (doc. III.71):
En septiembre llegaron por avión a Madrid José Antonio Aguirre y Manuel Irujo para sugerirme una modificación en el dictamen, de modo que el Estatuto abarcara a Navarra, además de Álava, Vizcaya y Guipúzcoa. Me opuse al intento, estimándolo, además de anticonstitucional, profundamente impolítico, pues, levantada ya en armas Navarra contra la República, justificaríamos a los sediciosos, quienes alegarían que a los navarros se les obligaba a formar parte de una organización regional que no les era grata.
La alianza, sellada en Madrid por Prieto y Aguirre, se concretó en tres acontecimientos históricos, que cambiaron el curso de la guerra en Euskadi: el nombramiento de Irujo como ministro sin cartera (por primera vez un nacionalista vasco era miembro de un Gobierno español) el 25 de septiembre de 1936, la aprobación parlamentaria del Estatuto el 1 de octubre59 y la formación del primer Gobierno vasco, de coalición PNV/Frente Popular, el 7 de octubre. Este día Aguirre fue elegido lehendakari unánimemente por los concejales vascos nacionalistas y de izquierdas que pudieron votar en Bilbao, para después jurar su cargo en la Casa de Juntas de Guernica, donde dio a conocer la composición de su Gabinete y su programa gubernamental60 (doc. II.5). Esto era una prueba evidente de que todo había sido pactado de antemano entre el PNV y el Frente Popular de Euskadi: era la culminación de su alianza política y militar en la Guerra Civil.
Así lo ratificaron sus dos grandes artífices, Aguirre y Prieto, en sendos telegramas que se cruzaron tras la toma de posesión del primer lehendakari. Aguirre reconocía la decisiva aportación de Prieto (doc. II.6):
Con sentimiento por no haber podido acudir V E actos proclamación autonomía elección presidente tenga seguridad de que le hemos recordado con emoción y pueblo vasco congregado hoy en Guernica bajo árbol entusiasmo indescriptible no olvida ni olvidará a quien como V E ha hecho posible con gran generosidad que pueblo vasco recobre libertad. Esperamos en breve venga V E para recoger de pueblo testimonio simpatía. Le saluda cordialmente.
La contestación de Prieto remarcaba su autonomismo y su apoyo61 (doc. II.7):
Agradezco con toda mi alma que en momento tan solemne y emocionante como el de la proclamación de la autonomía del País Vasco y elección de su Presidente, se me dedicara el cariñosísimo recuerdo que refleja su telegrama. Muy cordialmente le felicito por haber sido elevado a la más alta magistratura del país, y formulo votos fervorosos por el éxito del Gobierno que preside, al que me ofrezco de modo incondicional como diputado a Cortes. Al saludar a representación tan libremente elegida, saludo al País Vasco al comenzar el disfrute de su autonomía, y declaro que constituye para mí preciado galardón haber suscrito como Presidente de la Comisión parlamentaria de Estatutos el dictamen que las Cortes aprobaron por aclamación estatuyendo esa autonomía. Ofrézcole señor Presidente el testimonio de mi respeto y de mi simpatía.
El respeto y la simpatía nunca faltaron entre ambos líderes, incluso en momentos de graves divergencias políticas, que les distanciaron sobre todo durante los años de la Segunda Guerra Mundial; pero también las tuvieron en 1937, como vamos a ver.
En la Guerra Civil se confirmó que la autonomía iba a ser capitalizada por el PNV, y no por el Frente Popular de Euskadi, que le cedió la hegemonía que había detentado en el verano de 1936 por medio de las Juntas de Defensa de Vizcaya y Guipúzcoa, en las cuales la representación del PNV fue muy reducida. En octubre de 1936 desaparecieron dichas Juntas al ser sustituidas por el Gobierno vasco, que concentró casi todos los poderes, incluidos muchos que correspondían a la República española. Aunque siete de sus once departamentos se hallaban en manos de los consejeros del Frente Popular (tres socialistas, dos republicanos, un comunista y uno de ANV), los cuatro regentados por dirigentes jelkides controlaban los principales resortes del poder político, económico y militar, quedando patente la neta hegemonía del PNV en el primer Gobierno vasco. Buena prueba de ello es que este asumió los principales símbolos nacionalistas, que no figuraban en el Estatuto: el nombre Euzkadi, la bandera bicrucífera o ikurriña, el himno Euzko Abendaren Ereserkia y el escudo incluyendo a Navarra62. Además, su predominio se acrecentó por el presidencialismo de Aguirre, debido a que era también el consejero de Defensa y a su liderazgo carismático, no solo entre los consejeros nacionalistas sino también entre los frentepopulistas63.
Durante los escasos nueve meses que dicho Gobierno ejerció su jurisdicción sobre una parte de Euskadi (Vizcaya y pequeños territorios de Álava y Guipúzcoa), el lehendakari Aguirre y el PNV convirtieron el Estatuto de mínimos de 1936 en una autonomía de máximos, creando un pequeño Estado, con numerosos organismos de todo tipo64, y dando lugar a una especie de oasis vasco, sin revolución social ni persecución religiosa, en flagrante contraste con el resto de la España republicana65.
2.2. Sus divergencias políticas y militares (1937)
Durante la guerra Prieto vivió en Madrid, Valencia y Barcelona. Nunca viajó a Bilbao, pese a la invitación de Aguirre «a pasar unos días con nosotros, como amigo y como político, al que el país quiere tanto y quiere así testimoniárselo». Por tanto, Prieto no pudo conocer personalmente el gran cambio operado en la Euskadi autónoma. Pero eso no le impidió expresar con claridad sus discrepancias tanto en cuestiones políticas como militares: así lo refleja su importante correspondencia con Aguirre, con quien, además, intercambió numerosos telegramas a lo largo de la contienda66.
Principales diferencias políticas: Sobre El Liberal, el diario de Prieto en Bilbao: A finales de 1936, tras la fallida ofensiva del ejército vasco sobre Villarreal de Álava, Aguirre se quejó a Prieto de la campaña «totalmente inoportuna e impolítica» de El Liberal desde que a mediados de diciembre llegó a Bilbao como nuevo director Francisco Cruz Salido, redactor jefe de El Socialista (el diario oficial del PSOE en Madrid), y empezó enseguida a polemizar con la prensa nacionalista (Euzkadi, del PNV; Tierra Vasca, de ANV) y comunista (Euzkadi Roja) sobre la naturaleza de la guerra en el País Vasco y sobre la cuestión nacional, poniendo fin a la «gran paz en lo que se refiere a las polémicas periodísticas» que había existido en Bilbao hasta su llegada, según Aguirre. En su contestación, a mediados de enero de 1937, Prieto, aunque dijo desconocer la campaña de El Liberal por no recibir su periódico, respaldó a Cruz Salido y negó que este fuese a Bilbao con ninguna misión oficial del Gobierno republicano; pero no descartó que fuese con una misión como representante de la Comisión Ejecutiva Nacional del PSOE67. Estas controversias