Asimismo, conocemos por esta correspondencia que Prieto se había negado a que El Liberal, que era propiedad de sus tres hijos, se convirtiese en «órgano oficial del Partido Socialista», y también a que en sus talleres se publicase La Lucha de Clases, el portavoz del socialismo vasco. Con mayor motivo, el líder socialista se opuso a que en ellos se tirase el periódico de la CNT (CNT del Norte), habida cuenta de los duros ataques que recibía por entonces del sindicato anarquista: «Sería afrenta muy excesiva la de que las máquinas de «El Liberal» sirvieran para divulgar contra mí toda clase de calumnias e injurias, y hasta de excitaciones al asesinato, como las que ha publicado en Barcelona «Solidaridad Obrera», pidiendo, sin circunloquios, que yo sea fusilado»69.
Sobre los poderes extraordinarios que se había auto-otorgado Aguirre: La crítica más importante de Prieto a Aguirre tenía que ver con lo que el ministro socialista denominó el «desbordamiento de actuación de los Gobiernos de las regiones autónomas» de Cataluña y Euskadi, tal y como escribía al lehendakari en su extensa e interesante carta del 13 de enero de 1937: «Nadie se opone al normal desenvolvimiento de las facultades autónomas que consagran los respectivos Estatutos; pero, querido amigo, no llame usted con un eufemismo abogadesco superación constitucional a lo que son vulneraciones constitucionales».
A Prieto le pareció «una interpretación profundamente arbitraria» la que hacía Aguirre del artículo 10 del Estatuto: que, como asumía la representación del Estado en el País Vasco, podía atribuirse competencias que eran de la República, lo que estaba haciendo con sus decretos. «La representación del Estado conferida al Presidente del Gobierno Vasco —le decía— no puede llegar a la arrogación de atribuciones que específicamente corresponden al Gobierno Central». Prieto llegó a calificar de «totalmente inadmisible» que «todas las embarcaciones auxiliares de la Armada y dotaciones de las mismas que operen en aguas del País Vasco» queden «bajo la autoridad del Consejero de Defensa del Gobierno de Euzkadi», es decir, del propio Aguirre.
Ante el argumento del lehendakari de que todos sus decretos eran aprobados por unanimidad del Gobierno vasco, en el que había tres consejeros socialistas (Juan de los Toyos, Santiago Aznar y Juan Gracia), Prieto le replicaba así: «esto nada me demuestra. Si acaso, revelará una vez más la extraordinaria habilidad política de usted»70. Sin duda, tal habilidad de Aguirre era cierta, como prueba el hecho de que casi todos los consejeros no nacionalistas de su Gobierno acabaron siendo aguirristas, hasta el punto de que tres de ellos (el comunista Juan Astigarrabía, el republicano Ramón María Aldasoro y el socialista Santiago Aznar) fueron expulsados de sus partidos por su aguirrismo en la Guerra Civil o en la Segunda Guerra Mundial.
Otra crítica sustancial de Prieto al Gobierno vasco se refería a sus ínfulas por dotarse de los atributos de un Estado, reprobando «esos pujos a que se sienten ustedes tan inclinados de adquirir internacionalmente una personalidad como Estado. La senda es peligrosísima». Por ello, se opuso a la petición de Aguirre de que en las Embajadas de la República hubiese un consejero del Gobierno vasco, que pudiese intervenir en las cuestiones internacionales.
Además, Prieto se quejaba de su excesiva burocracia (que volverá a criticar años después en sus escritos del exilio), tal y como sin tapujos le reprochaba al lehendakari en esa misma carta:
[…] lamento profundamente el escandaloso desarrollo que ha dado a su burocracia el Gobierno Vasco. Usted recordará, habiendo leído, como leyó, mis artículos comentando el proyecto de Estatuto, que yo aspiraba a la sencillez administrativa, es decir, a todo lo contrario de la máquina monstruosa que ustedes han montado y que, a mi juicio, no servirá, aparte de satisfacer ciertos pruritos, más que para embarazar la acción del Gobierno, echar una carga sobre el País, y a la larga posiblemente desacreditar la autonomía.
En su contestación, Aguirre no dio demasiada importancia a esta cuestión, que atribuyó a la situación bélica71:
¿Habla Vd. de burocracia? ¿quién duda que la guerra la ha creado, abundante, excesiva, y si Vd. quiere abusiva? […] las atenciones de guerra, asistencia social, refugiados de Guipúzcoa, etc., han cubierto cantidades que en tiempo de paz no pueden darse. De ahí que muchas direcciones generales para tiempos de paz tendrán que desaparecer, aun cuando nuestra autonomía sea mucho más amplia que la que hoy señala el Estatuto.
Principales cuestiones militares. En los aspectos estrictamente militares, relacionados con las operaciones y la marcha de la guerra, sus cartas y, sobre todo, muchos telegramas, especialmente en la primavera de 1937, durante la ofensiva del general Mola sobre Vizcaya, se centraron en la escasez de municiones y armas, que había que comprar en París, y, en particular, en la necesidad imperiosa de aviones para defenderse de los continuos ataques y bombardeos de la Legión Cóndor alemana y de la Aviación Legionaria italiana al servicio de Franco.
Ante los constantes y urgentes llamamientos de Aguirre, Prieto, como ministro de Marina y Aire de Largo Caballero y desde el 17 de mayo ministro de Defensa Nacional de Negrín, intentó el envío de aviones al Norte; pero apenas tuvo éxito por la dificultad de llegar en vuelo directo a través de la zona franquista o vía Francia debido al Pacto de No Intervención, que retenía los aparatos en territorio galo. Prieto reconocía expresamente que sin aviación se perdería Bilbao, lo que para él era una catástrofe, al escribir al presidente Largo Caballero: «por encima de cuanto se pueda ahora idear respecto a la guerra de España, está la salvación de Bilbao, la cual no puede lograrse si no es a base de aviación»72.
Esta correspondencia refleja las malas relaciones de Aguirre con los altos mandos del ejército del Norte: el general Francisco Llano de la Encomienda y su jefe del Estado Mayor, el capitán Francisco Ciutat. Este último y Aguirre se responsabilizaron mutuamente del fracaso del ataque del ejército vasco sobre Villarreal con el objetivo de tomar Vitoria en diciembre de 1936, que fue la única ofensiva lanzada por las tropas vascas. Según el lehendakari, Ciutat «se convirtió muy pronto en un brazo del Partido» Comunista, al que estaba afiliado, y su actuación partidista disgustó tanto a los nacionalistas como a los socialistas, que eran las principales fuerzas políticas de Euskadi73.
Durante la campaña de Vizcaya Aguirre solicitó reiteradamente el relevo de Llano de la Encomienda por considerarle «la personificación de la incompetencia» y le sustituyó de hecho al asumir el mando militar del ejército de Euskadi —además del mando político que ya tenía por ser el consejero de Defensa— en mayo de 1937, coincidiendo con los «sucesos de Barcelona» que provocaron la crisis del Gobierno de Largo Caballero y su sustitución por el de Negrín. Ya como ministro de Defensa de este, Prieto no compartió esta decisión de Aguirre, quien dejó el mando supremo del ejército vasco a finales de mayo, cuando Prieto nombró jefe de dicho ejército al general de Brigada Mariano Gámir Ulibarri, que fue bien recibido por Aguirre, quedando Llano de la Encomienda al frente del ejército de Santander y Asturias74.
Además, Prieto rechazó la pretensión de Aguirre de convertirse en su representante en Euskadi, asumiendo en este territorio funciones militares que correspondían en exclusiva al ministro de Defensa. A su vez, la propuesta de Prieto de nombrarle comisario político general del País Vasco no fue aceptada por Aguirre, porque consideró inapropiado compaginar dicho cargo con los de lehendakari y consejero de Defensa75.
Es conocido que el Gobierno vasco desobedeció la orden de Prieto de destruir los altos hornos de Vizcaya, para que no sirviesen a la economía de guerra de Franco, porque no quería una política de tierra quemada, la mayor parte de la población vasca tenía que seguir viviendo en Euskadi (solo una minoría marchó al exilio) y la República podía aún ganar la guerra.
Cuando el 19 de junio de 1937 las tropas de Franco conquistaron Bilbao, la capital de ese pequeño Estado vasco, liquidaron manu militari la efímera Euskadi autónoma, según sentenció poco después José María Areilza como primer alcalde franquista de Bilbao: «Ha caído vencida, aniquilada para siempre esa horrible pesadilla siniestra y atroz que se llamaba Euzkadi y que era una resultante del socialismo prietista, de un lado, y