Aguirre recibió fuertes presiones de los dirigentes de su propio partido para no llegar a un acuerdo con Prieto en el asunto del auxilio a los refugiados89. No obstante, el líder socialista jugó fuerte la baza de atraer a los nacionalistas vascos y llegó a ofrecer a Manuel Irujo la secretaría general de la JARE. Al final, el PNV estuvo en el SERE, más por razones prácticas que de otro tipo, hasta finales de 1939 y, una vez que los fondos de esta organización se agotaron, se incorporó a la JARE en febrero de 1940.
El principal asunto que enfrentó a Prieto y Aguirre en los meses inmediatamente posteriores al final de la Guerra Civil fue el de la llamada obediencia vasca que el lehendakari quiso imponer a todos los miembros de su Gobierno y especialmente a los socialistas. En cuanto se instaló en París, Aguirre entregó a todos los partidos que integraban su Gobierno una propuesta de acción política en la que exigía su identificación como nacionales vascos y una declaración de «su independencia de orientación» respecto a todo organismo que no fuera vasco. El texto decía lo siguiente:
Las representaciones políticas que integran el Gobierno de Euzkadi, al reunirse al término de la guerra civil, en la que con heroísmo y tenacidad se han batido sus tropas de tierra y de mar, en los diversos campos de batalla, contra la coalición de fuerzas totalitarias de Europa, proclaman unánimemente su adhesión entera, para el presente y para el futuro, a la solidaridad nacional vasca en ellos sellada con la sangre de millares de caídos por la Libertad.
Y respondiendo a este criterio, las citadas representaciones se comprometen del mismo modo a que su conducta y disciplina queden orientadas con independencia de todo organismo cuya extensión no esté reducida al ámbito de Euzkadi y de sus ciudadanos.
La propuesta ponía de manifiesto la concepción patrimonialista que el PNV tenía del Ejecutivo autónomo y suponía una patata caliente para los socialistas vascos: o rompían con el PSOE o salían del Gobierno. El diputado nacionalista José María Lasarte lo expresó con toda claridad en las reuniones que el PNV celebró en Meudon, cerca de París, entre el 15 y el 18 de abril90:
Hay que procurar, mejor dicho, hay que forzar a que esa gente [por los socialistas] venga al Nacionalismo definitivamente. Tenemos que forzar un poco a todo el mundo. La declaración que se pide al Partido Socialista puede tener importancia el día de mañana. […] Para firmar el documento no habrá oposición más que en determinadas personas; cuando haya una oposición, tenemos que obrar con habilidad para eliminarla. No hay oposición en la masa, sino en algunos dirigentes, pero nosotros lo menos que podemos sacar de la guerra es esto: traer al Nacionalismo una corriente que antes no era del Partido.
Paulino Gómez Beltrán, en nombre de los socialistas vascos, se reunió con el presidente del PNV, Doroteo Ziaurriz, en París en abril de 1939 y le pidió tiempo para consultar tan grave decisión con los elementos responsables de su partido. Dos de los consejeros socialistas del Gobierno vasco, Santiago Aznar y Juan Gracia, se mostraron en principio receptivos a la propuesta del lehendakari. Juan de los Toyos, el más cercano políticamente a Prieto91, defendió, por el contrario, el criterio de que no era el momento de romper con la España republicana ni con el PSOE. A su juicio, el único problema que había que resolver era recuperar la República española y la autonomía para Euskadi. Así argumentaba Toyos su posición en el informe que redactó en mayo de 1939 para el Comité Central Socialista de Euzkadi92:
Ni contra el Estatuto, ni contra el espíritu autonomista de Euzkadi va nadie. Por mi parte declaro, sin ninguna reserva mental, que si mi partido, en el futuro, pretendiera anular la conquista lograda [se refiere al Estatuto de 1936], sería para mí llegado el momento de meditar si debía seguir figurando en un partido que cometiera tan tremendo error político, cuya consecuencia inmediata sería la de imposibilitar el acrecentamiento de nuestras fuerzas socialistas.
Cuando estábamos luchando contra los sublevados y los invasores —circunstancias las más propicias para unirnos estrechísimamente—, el PNV se negó sistemáticamente a formar parte del órgano político unificador llamado Frente Popular. Es ahora, cuando la derrota se ha producido, disminuyendo extraordinariamente nuestras posibilidades de retornar a Euzkadi, cuando el PNV aspira a arrancar de los demás partidos vascos una declaración conjunta de la máxima importancia por su espíritu separatista. Y no se diga que la proposición que comentamos no tiene un matiz separatista, porque no puede tener otra interpretación la frase «…con independencia de todo organismo cuya extensión no esté reducida al ámbito de Euzkadi y a sus ciudadanos».
Las explicaciones que han dado los representantes de dicho partido no pueden convencernos. Los sediciosos no se rebelaron solo contra Euzkadi, sino contra España entera. Euzkadi y la España republicana han luchado juntos durante dos años y medio contra los rebeldes. Euzkadi y España entera tienen sus mártires y sus héroes. Euzkadi y España entera deben reconquistarse. Euzkadi y España entera tienen hoy las mismas aspiraciones. Y cuando todos estamos sufriendo las tristísimas consecuencias de la derrota, es cuando al PNV se le ocurre proponernos que nos desvinculemos de nuestros organismos políticos radicados fuera del ámbito de Euzkadi.
Se dice que esta desvinculación se refiere solamente a los problemas concretos o específicos de Euzkadi. Pero yo digo que esto no es menester declararlo públicamente, dando con ello una bofetada al resto de España, porque ni nuestro partido ni ningún otro de los que su radio de acción y de influencia llega a toda la península, han dicho ni hecho nada que nos obligue a decirles que allá se las arreglen ellos con sus problemas. Cuando el único problema que todos, absolutamente todos, tenemos que resolver es este: lograr la reconquista de la República y la autonomía de Euzkadi, única manera incluso de conseguir también un aumento de las facultades estatutarias.
A finales de julio de 1939, Prieto reunió en París a la Diputación Permanente de las Cortes republicanas con el objeto de poner fin a la existencia del Gobierno que presidía Juan Negrín. Por catorce votos a favor y cinco en contra, el Ejecutivo fue declarado disuelto. A pesar de que la decisión era constitucionalmente discutible, a partir de ese momento Indalecio Prieto se convirtió en el dirigente principal del exilio republicano. Entre 1939 y 1950, año en que dejó la presidencia del PSOE, y aun hasta su muerte en 1962, la recuperación de la libertad en España fue el objetivo central de su política. Casi desde el término mismo de la guerra, Prieto, sin abdicar de su lealtad republicana, fue consciente de que el restablecimiento de la democracia en España requería de una política de reconciliación nacional, y de que el logro de este objetivo exigía a su vez altas dosis de posibilismo y flexibilidad respecto a cuál había de ser la naturaleza —monárquica o republicana— del futuro régimen español, algo que habría de resolverse, tras la desaparición de Franco, mediante un plebiscito. Como señala Ricardo Miralles, si hay una etapa en la vida de Prieto en la que despuntó su pragmatismo político fue esta: «la democracia era el objetivo prioritario, no necesariamente la recuperación innegociable de la República, y para alcanzar dicho objetivo prioritario debían admitirse, llegado el caso, soluciones de «plebiscito», de «transición sin signo institucional definido», e incluso de «pacto con los monárquicos»93.
Aguirre, por su parte, al menos entre 1939 y 1945, entendió la derrota republicana como la oportunidad de desmarcarse de las fuerzas del Frente Popular español, imponer un giro nacionalista radical a su Gobierno y reforzar su liderazgo creciente como representante del pueblo vasco ante la comunidad internacional. Fue en esta primera etapa del exilio en la que Aguirre pasó de ser un político querido y respetado a convertirse en el Moisés de la causa vasca, «un dirigente mítico, intocable y venerado, un hombre aparentemente protegido por la Providencia y llamado a conducir a su pueblo desde la miseria, la represión y el exilio hasta la democracia, la libertad y el autogobierno»94.
A pesar de que, como se ve, las posiciones políticas de uno y otro estaban muy alejadas, cuando no eran «diametralmente opuestas, el afecto mutuo —en expresión de Aguirre que Prieto suscribió— hizo siempre agradable hasta la divergencia»95. En efecto,