Далее империю Мин сменила империя Цин и снова Тибет оказался в сфере ее влияния.
Империя Цин
После падения империи Мин Китай был завоеван маньчжурами и стал неотъемлемой частью маньчжурской империи Цин. Маньчжурский император Айсиньгиоро Сюанье, правивший под девизом «Канси», ставил своей целью разгром Джунгарского ханства и покорение Тибета. Политическая обстановка в этих странах облегчала реализацию политики Пекина.
В 1705—1710 годах в Тибете разгорелась вооружённая борьба за власть между хошутским правителем Лхавзан-ханом и тибетским регентом Сангье-гьяцо (Санчжай Чжамцо).
Пытаясь установить своё влияние в Тибете, Сюанье поддержал хошутов.
В Пекине хорошо понимали, что цинское господство в Монголии не может быть прочным без его религиозной поддержки из Лхасы, без благожелательного для маньчжуров воздействия далай-лам на буддийскую церковь Монголии.
Тем не менее, на данном этапе Сюанье стремился ослабить правителей Лхасы руками хошутов, чтобы впоследствии подчинить и тех, и других.
В Джунгарии после смерти Галдана ойратским ханом стал его племянник Цэван Рабдан.
Он вновь объединил все четыре ойратских аймака, восстановив распавшееся было Джунгарское ханство. Будучи сторонником независимости, новый хан отклонил неоднократные предложения Сюанье стать «данником» богдохана.
Обе стороны активно готовились к новой схватке.
Цэван Рабдан потребовал от Сюанье вернуть захваченные у Галдана земли к востоку и северу от Латая.
В Пекине отвергли это требование. Со своей стороны, император настаивал на предоставлении самостоятельности каждому из четырёх княжеств-аймаков. Это значило фактически взорвать изнутри единство Ойратского государства и предельно ослабить центральную власть хана на фоне феодальной раздробленности.
Естественный отказ Цэван Рабдана ускорил схватку. В 1715 году началась вторая война между Цинской империей и Джунгарским ханством, которая велась с переменным успехом, не давая явного перевеса ни одной из сторон.
Цэван Рабдан силами своего вассала Цэрэн Дондуба-старшего в 1717 году захватил Тибет. Воспользовавшись этим, Сюанье в 1720 году направил в Лхасу две колонны войск – из Сычуани и Цинхая – под командованием Гэрби и Янь Синя, конницу халхаских князей, а также поднял против ойратов тибетское ополчение из районов нынешнего Сикана.
Потерпев поражение, ойраты ушли из Тибета, что усилило влияние Цинской империи в Центральной Азии. После разгрома и изгнания ойратов маньчжуры оставили в Лхасе двухтысячный монгольский гарнизон. Тибетское правительство и новый Далай-лама до 1723 года оказались под контролем его коменданта.
Следующий маньчжурский император, Айсиньгиоро Иньчжэнь, всемерно усиливал свой контроль над Тибетом, хотя с 1723 по 1727 годы осуществлял