Тогда правитель Непала и его регент Батур Се в 1788 году начали войну, и разграбили Тибет, но пришедшие на помощь Тибету китайско-маньчжурские войска разгромили непальцев и дошли до Катманду. По заключённому в 1792 году договору непальский правитель обязался не нарушать границ Тибета, вернуть награбленное, и признал себя данником Цинской империи.
Победу над Непалом в 1792 году Хунли и Хэшэнь использовали для укрепления в Тибете маньчжурского влияния.
Цинское наместники получили право участвовать в назначении и смещении министров и чиновников, в контроле над финансами и инспектировании границ, то есть были поставлены в равное положение с Далай-ламой и Панчен-ламой.
Внешние связи Тибета, в том числе переписка Далай-ламы с соседними странами, также оказались в руках цинских наместников. По мнению части авторов, (опирающихся на китайские источники), маньчжурские резиденты превратились из контролёров в соправителей Далай-ламы и Панчен-ламы.
Резко увеличилась численность гарнизонов, состоявших из монгольских и китайских частей. Всё это поставило Тибет под власть маньчжуров. Опасаясь иностранного влияния в Тибете, цинские императоры осуществляли политику его изоляции от внешнего мира.
По данным ряда авторов, цинские императоры были связаны с высшими тибетскими иерархами отношениями «чой – йонг» (наставник – покровитель), и перечисленные меры были помощью в управлении и обороне, а не включением страны в империю Цин – то есть Тибет оставался отдельным государством; такой точки зрения придерживались и сами тибетцы в цинское время.
Но время быстро менялось. Научно-технический прогресс резко ускорил рост и влияние Европейских государств на мировую политику и тут Тибет вновь против своей воли стал своего рода место битвы между Российской империей и Великобританией. Все эти события поздние историки назвали периодом «Большой игры»
ч.5 Тибет в «Большой Игре» или История Тибета с 1912 по 1940 года
В свете соперничества Великобритании и России в Азии, Тибет стал объектом колониальных интересов этих держав.
В целях недопущения преобладания влияния сильного соперника, обе державы признали нахождение Тибета под «сюзеренитетом» ослабевшей Цинской империи, введя европейское понятие «сюзеренитета» для государств, где оно дотоле было неизвестно.
Великобритания, несмотря на договорённости, испытывала значительные опасения, связанные с фигурой одного из ближайших приближенных Далай-Ламы – пророссийски настроенного Агвана Доржиева.
Кульминацией соперничества за Тибет и Большой Игры в целом стала британская экспедиция в Тибет в 1903—1904 под командованием Френсиса Янгхазбенда.
В 1906 году англичане организовали ещё одну мирную миссию в Тибет. В том же году была подписана англо-китайская конвенция по Тибету.
Она объявила сюзеренитет империи Цин над Тибетом.
Англичане обязались не аннексировать Тибет