W sierpniu 1920 roku ogłoszono dekret o karze śmierci za dezercję. Działające przy DOG-ach Sądy Wojskowe zostały przekształcone w doraźne, które ochoczo zabrały się do pracy. Sędziowie obradowali zwykle rano, a w południe i wieczorem wyroki wykonywano. Konsekwencja w stosowaniu kar zmniejszyła znacznie skalę problemu, tym bardziej że blady strach padł na mieszkańców wsi, którzy obawiali się przykrych dla nich konsekwencji za pomoc dezerterom.
Przeprowadzenie poboru wiosną 1919 roku pozwoliło przejść od fazy spontanicznej w tworzeniu wojska do formowania dywizji piechoty jako podstawowych związków taktycznych. Pierwsze dywizje „krajowe” utworzono wiosną i latem 1919 roku, aczkolwiek Piłsudski wydał rozkaz o formowaniu dziesięciu dywizji piechoty już 26 listopada 1918 roku, a w styczniu 1919 roku zaplanowano utworzenie również sześciu brygad jazdy.
Najwcześniej, bo już 9 grudnia 1918 roku, rozpoczęto organizowanie 1 Dywizji Litewsko-Białoruskiej (DLB), która miała się składać z ochotników pochodzących z ziem północno-wschodnich. Następnie przystąpiono do formowania trzech dywizji piechoty Legionów. 4 stycznia 1919 roku Piłsudski nakazał powołanie Inspektoratu Piechoty Legionów. 21 lutego tego roku rozpoczęła się historia 2 Dywizji Piechoty Legionów (DPL), a 12 kwietnia 3 DPL. 2 DPL została wkrótce przenumerowana na 1 DPL, a potocznie zwano ją dywizją Rydza-Śmigłego. 7 marca 1919 roku Sejm przyjął ustawę o formowaniu armii liczącej pół miliona żołnierzy, składającej się z dwunastu dywizji piechoty i sześciu brygad jazdy, a latem podniesiono liczbę planowanych dywizji do dwudziestu, z czego cztery stanowiły hallerowskie i cztery wielkopolskie, a brygad jazdy do siedmiu. Na wyposażeniu dywizji powinno znajdować się sześć samochodów, trzydzieści sześć dział lekkich, dwanaście ciężkich i dwieście siedemdziesiąt karabinów maszynowych. Ujednolicono system zapisywania numeracji. I tak Okręgi Generalne zapisywano cyframi rzymskimi, nazwy dywizji cyframi arabskimi, brygady piechoty i jazdy rzymskimi, a pułki arabskimi.
Szybkie zwiększenie liczebności wojska było możliwe dzięki wchłonięciu Armii Polskiej we Francji. Wiosną 1919 roku liczyła cztery dywizje strzelców, trzy pułki szwoleżerów oraz siedem eskadr lotniczych. Rząd w Warszawie i osobiście Piłsudski, a także KNP czynili starania, aby Armia Hallera jak najszybciej została przetransportowana do kraju. Już w grudniu pojawiły się plotki, że wyląduje w Gdańsku i uderzy na Niemców, co spowoduje przyłączenie zaboru pruskiego z Gdańskiem do Polski. „Dzisiaj gazety sygnalizują przyjazd Hallera do Gdańska. Dziś wojsko polskie w Gdańsku ląduje” – pisała 18 grudnia 1918 roku Maria Dąbrowska, aczkolwiek jeszcze wówczas nie powróciło. Rokowania w Paryżu dalej trwały, niepewne było stanowisko Niemiec. Armia Hallera dalej podlegała naczelnemu wodzowi wojsk sprzymierzonych, którym był marszałek Ferdinand Foch. Ostatecznie strona polska uzyskała zgodę na jej transport do kraju, rozpoczęty 14 kwietnia 1919 roku. Pociągi jechały z żołnierzami nieuzbrojonymi, gdyż broń podróżowała oddzielnie w zaplombowanych wagonach. Pierwszy transport kolejowy z Hallerem dotarł przez Niemcy do Polski w nocy z 19 na 20 kwietnia, a ostatni pod koniec czerwca. W sumie do Polski trafiło ponad 67 tysięcy żołnierzy, znakomicie wyposażonych i wyszkolonych, a także ponad dziesięć tysięcy koni.
W skład Armii Polskiej we Francji wchodziły także jednostki, które formowały się na terenie Rosji. Dowódcą wojsk polskich na Syberii został major, później pułkownik Walerian Czuma, były oficer II Brygady Legionów Polskich. Z kolei pułkownik Kazimierz Rumsza został w styczniu 1919 roku dowódcą 5 Dywizji Strzelców Polskich (syberyjskiej). Jego żołnierze podjęli walkę z bolszewikami i przegrali. 10 stycznia 1920 roku zostali otoczeni. Jeńcy pomaszerowali do kopalń, a niejeden spośród oficerów został rozstrzelany. Ponad tysiąc żołnierzy przebiło się na wschód w kierunku Irkucka, a następnie przez Mandżurię dotarło do Morza Japońskiego, stamtąd zaś statkami brytyjskimi do Europy. 1 lipca 1920 roku zameldowali się w Gdańsku. Dowodził nimi dzielny Rumsza. Stali się podstawą dwupułkowej Syberyjskiej Brygady Piechoty. Z kolei na południu Ukrainy formowała się 4 DSP licząca około trzech tysięcy żołnierzy. Dowodził nią generał Lucjan Żeligowski. Dzięki interwencji Focha dotarła w czerwcu 1919 roku do Galicji przez Rumunię i wzięła jeszcze udział w walkach z Ukraińcami. Jak z dumą podkreślano, była jedyną zwartą jednostką uformowaną w Rosji, która zasiliła Wojsko Polskie.
Ostatnią wielką formacją, która weszła w skład Wojska Polskiego, była Armia Wielkopolska. Jej dzieje rozpoczęły się 27 grudnia 1918 roku wraz z wybuchem powstania wielkopolskiego. Podlegała NRL w Poznaniu. W połowie stycznia 1919 roku jej głównodowodzącym został pięćdziesięciojednoletni generał Józef Dowbor-Muśnicki, który w okresie wojny dał się poznać jako sprawny organizator. Na mocy umowy podpisanej w Trewirze 16 lutego 1919 roku między Niemcami a aliantami wojska wielkopolskie zaliczono do wojsk sprzymierzonych. 30 maja 1919 roku Piłsudski wystosował do Dowbora-Muśnickiego pismo informujące, że armia przez niego dowodzona została podporządkowana Polsce i jej naczelnemu wodzowi. Dowbor-Muśnicki nie był tym zachwycony, twierdził, że Wielkopolanie mogą się podporządkować, jak powiadał, „Armii Kongresówki” tylko pod względem operacyjnym, ale stanowią odrębną formację i to on ma prawo prowadzić politykę kadrową. „Przeniesienie nieodpowiednich jednostek z Królestwa, gdzie poważne wykroczenia oficerów zdarzają się w znacznej ilości, może wywołać bardzo niepożądane skutki; tutejszy żołnierz i społeczeństwo bardzo są wymagający od oficera” – podkreślał. Dowbor-Muśnicki przegrał. Nie był w stanie obronić odrębności AW, gdy samodzielność Wielkopolski też została ograniczona. Oficjalne przekazanie wojsk wielkopolskich Wojsku Polskiemu nastąpiło w dniach 25–27 października 1919 roku w Poznaniu w obecności Piłsudskiego. 92 tysiące żołnierzy i 1600 oficerów, a wraz z oddziałami zapasowymi i tyłowymi 120 tysięcy osób zasiliło Wojsko Polskie. Wielkopolska zdobyła się na poważny wysiłek mobilizacyjny, który był możliwy dzięki ofiarności i determinacji społeczeństwa oraz sprawnej organizacji poboru rekruta. Z dziewięćdziesięciu dwóch pułków piechoty Wojska Polskiego dziewiętnaście wywodziło się z Armii Wielkopolskiej, a z dwudziestu ośmiu pułków jazdy wielkopolskie były cztery. AW dysponowała dobrym lotnictwem i wyszkolonymi pilotami. Wojska wielkopolskie znane były z bitności, dobrej organizacji i solidnego wyszkolenia. „Dobrą opinię, jaką się cieszą pułki poznańskie, zawdzięczać należy temu, iż są one bardziej niemieckie od reszty wojsk polskich” – zanotował lord D’Abernon i nie był to komplement, który by wszystkich ucieszył.
Zwieńczeniem procesu scalania trzech armii było święto zjednoczenia zwane świętem trzech Józefów, gdyż obok Józefa Piłsudskiego, stawili się Józef Haller i Józef Dowbor-Muśnicki. Do tego symbolicznego aktu doszło 19 października 1919 roku w Krakowie. Przed Naczelnym Wodzem, przy tak zwanym Kamieniu Kościuszki, gdzie naczelnik powstania 1794 roku składał przysięgę na krakowskim Rynku, przedefilowały oddziały trzech armii oraz delegacje młodzieży szkolnej, co miało podkreślać jedność wojska i narodu. Święto nie przesłoniło tarć między trzema ambitnymi Józefami. Ich koncepcje polityczne i wojskowe były odmienne. Kolejne miesiące bynajmniej ich ku sobie nie zbliżyły.
Konsekwencją procesu jednoczenia trzech armii były zmiany numeracji pułków i dywizji. Dotychczas jedne dywizje były trzy-, inne czteropułkowe, a 1 DLB nawet sześciopułkowa. Jedne miały wewnętrzny system dwubrygadowy, inne tego nie miały. Dywizje hallerowskie były trzypułkowe, po zjednoczeniu czteropułkowe. Po zjednoczeniu istniały aż cztery dywizje noszące numer jeden: DSP (hallerowska), DPL, Dywizja Strzelców Wielkopolskich, DLB. W październiku 1919 roku ta ostatnia została podzielona na dwie: 1 i 2 DLB. Osobliwością obu tych dywizji było to, że pułki nie miały numeracji, tylko nazwy ziem. W sierpniu 1920 roku obie te dywizje otrzymały nową numerację: 19 i 20 DP, co jak podkreślał pułkownik Tadeusz Kutrzeba, wywołało „silne rozgoryczenie wśród oficerów i szeregowych, gorąco przywiązanych do poprzedniej nazwy, z którą byli mocno związani, ideowo, pochodzeniem