Heroicznej zaiste odwagi i ogromnej wiary wymagało głoszenie Słowa Bożego w warunkach, w których być dosłyszanym przez bliźniego, doświadczyć przyjaźni, lojalności, solidarności w duchowym, a i często fizycznym zniewoleniu i upodleniu, oznaczało szansę przetrwania. Biskup Jan odważył się głosić prawdę wbrew wszelkim zakazom i nakazom władz, a przecież mogło się to skończyć – i niejednokrotnie kończyło się – źle, gdy w pobliżu znalazł się ktoś, kto ze służbowego obowiązku lub ze zwykłego tchórzostwa zajmował się tropieniem przejawów ludzkiej solidarności. Solidarności będącej czymś najnaturalniejszym pod słońcem, ale dlatego właśnie tak bardzo prześladowanej przez sowieckie władze, których siła brała się z rozrywania międzyludzkich więzi i walki z wiarą w cokolwiek innego niż nieśmiertelna myśl Lenina.
Jako najstarszy rangą przedstawiciel Kościoła rzymskokatolickiego w Związku Sowieckim Jan Cieplak został dwukrotnie aresztowany, w roku 1920 i 1921. Oskarżono go o stawianie oporu wobec władzy w trakcie prowadzonej rekwizycji kosztowności należących do Kościoła. W grudniu 1922 roku na rozkaz Lenina zamknięto wszystkie kościoły Petersburga. Wtedy biskup Cieplak wraz z księdzem prałatem Konstantym Budkiewiczem i trzynastoma innymi został wezwany do Moskwy i ponownie aresztowany. Osadzono ich w więzieniu na Butyrkach i zarzucono łamanie dekretu w rozdziale Kościoła od państwa, działalność skierowaną przeciwko dyktaturze proletariatu, dążenie do obalenia władzy robotniczo-chłopskiej itp.
W 1923 roku w Moskwie odbył się proces, w którym wraz z czternastoma innymi duchownymi skazano go na śmierć za „podżeganie do buntu poprzez zabobony”. Po interwencjach dyplomatycznych z całego świata wyrok złagodzono do 10 lat pozbawienia wolności, po czym wydalono go z ZSRS36. Rząd Polski wraz z generałem Sikorskim i Stolicą Apostolską interweniowały osobiście u Lenina o uwolnienie skazanych. Prośby te rozpatrywał Feliks Edmundowicz Dzierżyński, a nadzorował Józef Stalin.
Od samego początku władza sowiecka głęboko nienawidziła Kościoła, widząc w nim największego rywala komunizmu do władania sercami i umysłami ludzi. Lenin był nie tylko twórcą klasycznej taktyki zwalczania wiary w Boga. Włodzimierz Iljicz cierpiał na swoisty uraz, on po prostu nienawidził Boga. W listach do Maksyma Gorkiego nazywał Go „rozkładającym się trupem, który smrodem rozkładu zaraża powietrze świata”.
Szczególną niechęcią sowieckiej własti „cieszył się” Kościół katolicki. Tylko konkurencyjna religia, która żywiła niewypowiedziany strach wobec ducha, jaki zbudował domy Boże na terenie Rosji, mogła zemścić się, niszcząc je tak złośliwie.
Jak pisze Katarzyna Maciejewska: Arcybiskup został odizolowany od innych więźniów. W Butyrkach zabójstwa więźniów bez sądu odbywały się bardzo często. Od rana do nocy rozlegały się tu najobrzydliwsze przekleństwa i bluźnierstwa. Roje robactwa nie pozwalały spać. W większych celach panował niemożliwy zaduch, gdyż załatwiano w nich swe naturalne potrzeby. Mimo 60 lat i różnych schorzeń, które nabył podczas trzykrotnego pobytu w więzieniach i męczącej pracy arcybiskup mężnie znosił wszelkie upokorzenia. „Zdrowie moje w ostatnim czasie chwiać się zaczęło. Drętwieją mi palce u prawej ręki, ćmi mi się w oczach i nie sypiam nocami. W dodatku przeziębiłem się i zaczynam kaszleć. Nie wiem, czy starczy mi sił, by przeżyć tutaj zimę. Lecz niech się dzieje wola Boża” – pisał 27 listopada 1923 roku z więzienia. Tekst ten, zanim został wysłany, był oczywiście poddany cenzurze. Z separatki butyrskiego więzienia arcybiskup trafił na Łubiankę. Było tu ciężej niż w Butyrkach. Po roku, w kwietniu, został zwolniony i w łachmanach odstawiony do granicy łotewskiej. Zgotowano mu uroczyste przyjęcie. Witały go tłumy wraz z władzami odrodzonej Rzeczypospolitej. We wszystkich miastach, wsiach na trasie przejazdu „świętego biskupa”, jak go nazywano powszechnie, gromadziły się rzesze Polaków. Budowano bramy powitalne, śpiewano pieśni patriotyczno-religijne.
Biskup wrócił do Polski i w kwietniu 1924 roku został odznaczony w Warszawie odznaką wojskową za wybitne zasługi czcigodnego pasterza w Rosji w okresie 1917–1919. Następnie wyjechał do Rzymu. 14 grudnia 1925 roku został wyznaczony na arcybiskupa Wilna. Nie zdążył jednak objąć urzędu. Prezydent Stanisław Wojciechowski nadał mu wstęgę orderu Polonia Restituta. Zmarł na obczyźnie 17 lutego 1926 roku w szpitalu w Passaic w stanie New Jersey w USA. Ciało przywieziono do kraju i pochowano w katedrze wileńskiej. W pogrzebie uczestniczył prezydent RP Stanisław Wojciechowski. Od 1952 roku trwa proces beatyfikacyjny arcybiskupa Jana Cieplaka.
Zachowane proroctwo biskupa Jana Cieplaka (czy też księdza Cieślaka) albo jeszcze kogoś innego, brzmi następująco:
Szukajcie Pana, gdy się pozwala znaleźć,
wzywajcie Go, dopóki jest blisko!
Niechaj bezbożny porzuci swą drogę
i człowiek nieprawy swoje knowania.
Niech się nawróci do Pana, a Ten się nad nim zmiłuje,
i do Boga naszego, gdyż hojny jest w przebaczaniu.
Bo myśli moje nie są myślami waszymi
ani wasze drogi moimi drogami –
wyrocznia Pana.
Bo jak niebiosa górują nad ziemią,
tak drogi moje – nad waszymi drogami
i myśli moje – nad myślami waszymi. (Iz 55, 6–9).
Anioł na gwiazdy pokazał i rzecze:
Patrz, to wszechświata pisane są losy
I ręką Bożą rzucone w kolei tak,
Jak Bóg ułożył losy człowiecze.
A tej, o którąś się modlił i płakał,
Ojczyźnie twojej, Bóg wyznaczył dzieje,
Lecz patrz, już dla niej lepsze jutro dnieje,
Niedługo będzie jęczeć pod przemocą.
Gdy od tej chwili ćwierć wieku przeminie,
Świat się pożogą zrumieni i rzeka krwi się przeleje,
A z łun tych pożarów Polska wyjdzie wolna
Mąż ją wywiedzie, pomazaniec Boży,
Na straży ziem tych swe serce położy.
Lecz odrzuć radość i módl się w pokorze,
Ciężko doświadczą was wyroki Boże.
Nim się następne ćwierćwiecze przechyli
Wilk z krwawą paszczą, wiecznie mordu głodny,
Co się pod znakiem krzyża zawsze chowa
Krzyż splugawiony znów weźmie za godło,
Pocznie narody pożerać dokoła.
Krwawe swe ślepia ku wschodowi zwróci
Zastęp pancerny na kształt chmury ptactwa
Całą