Na polecenie jednego ze swoich spowiedników, księdza Michała Sopoćki, Faustyna zaczęła prowadzić szczegółowy zapis swoich przeżyć, znany potem jako Dzienniczek. Opisywała w nim wszystkie cierpienia i przeciwności, stany mistyczne, jakich doznawała, a przede wszystkim liczne wizje i objawienia. Opisała również otrzymane dary bilokacji, stygmatów ukrytych, czytania w duszach ludzkich i proroctwa. Dzienniczek pisany był w Wilnie i Krakowie w latach 1934– –1938. Najwcześniejsze zachowane notatki pochodzą z lipca 1934 roku. Pierwsze zapiski zostały spalone przez autorkę, która wykonała tym samym polecenie anioła. Z tego powodu ostateczna wersja pamiętnika ma zaburzoną chronologię. Na prośbę spowiednika słowa wypowiadane przez Jezusa zakonnica podkreślała ołówkiem. Ostatnie zapiski pochodzą z czerwca 1938 roku. Pamiętnik składał się w sumie z sześciu zeszytów. Podobno siostra Faustyna doznawała też ataków złych sił nadprzyrodzonych.
Być może z tego właśnie powodu 28 listopada 1958 roku Kongregacja Świętego Oficjum wystosowała do prymasa Polski kardynała Stefana Wyszyńskiego pismo zabraniające szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego w formie proponowanej przez siostrę Faustynę, a biskupom nakazała usunięcie z kościołów obrazów malowanych według jej wskazań i zastąpienie ich innymi, które bardziej uzmysławiałyby wiernym Miłosierdzie Boże. Dzienniczek trafił do indeksu ksiąg zakazanych.
Index librorum prohibitorum znany u nas lepiej jako „Indeks ksiąg zakazanych” to jeden z dokumentów budzących najsilniejsze emocje w dziejach świata. Przeciwnicy Kościoła podkreślają, że jest to jeden z przykładów kontrolowania wiernych i zwalczania odkryć naukowych. Sam indeks nie jest historią odległą – ostatnia edycja ukazała się w 1948 roku. Dokument po raz pierwszy ukazał się w roku 1559 za pontyfikatu papieża Pawła IV. Wedle określeń wielu przeciwników Kościoła w owym czasie tracił On swój autorytet na rzecz protestantyzmu, uważnie więc obserwował pozycje niezgodne z jego naukami, a te były dość częste wskutek upowszechnienia druku. Od tej pory pod groźbą ekskomuniki nie wolno było czytać bez zezwolenia władz kościelnych ani rozpowszechniać książek umieszczonych w spisie. W spisie zaś znajdowały się książki, które prezentowały treści niezgodne z nauką Kościoła, czy to ze względu na okultyzm (np. książki o chiromancji), dwuznacznie pojmowaną moralność (Książę) [Niccolò Machiavellego] czy odkrycia naukowe (rzekomo) sprzeczne z Biblią (O obrotach sfer niebieskich) [Mikołaja Kopernika]. Choć Indeks nie ma już mocy prawnej od 1966 roku, to wciąż budzi duże emocje, nie tylko wśród osób krytykujących Kościół katolicki. Pamiętamy przecież, ile kontrowersji, a nawet nadinterpretacji wywołał Kod Leonarda da Vinci [Dana Browna]. Nie tylko niektórzy krytycy literaccy, ale i wierni zaczęli sobie zadawać pytanie, czy katolik może czytać tę książkę. Nad tym wszystkim wciąż unosi się duch Indeksu (https://prawy.pl).
Mimo że sześć lat później rozpoczęto w Krakowie proces beatyfikacyjny siostry Faustyny, zakaz zabraniający szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego w formie przez nią proponowanej cofnięto dopiero w 1978 roku na prośbę Jana Pawła II, który odwołał też Notyfikację zakazującą szerzenia kultu Miłosierdzia Bożego w formach pochodzących z objawień siostry Faustyny. Pierwsze wydanie zapisków duchowych zakonnicy ukazało się w roku 1981. Książka tłumaczona była na wiele języków, pod jej natchnieniem Jan Paweł II napisał w roku 1980 encyklikę Dives in misericordia, o Bogu „Bogatym w Miłosierdzie”.
Faustyna Kowalska przewlekle chorowała na gruźlicę płuc i przewodu pokarmowego początkowo nierozpoznaną. We wrześniu 1936 roku i w kwietniu 1938 przebywała w szpitalu chorób zakaźnych na Prądniku. 14 kwietnia 1937 roku doznała cudownego uzdrowienia. Potem jednak stan zdrowia sprzed cudu powrócił, traktowała chorobę jako zadośćuczynienie za grzechy i spełnianie woli Boga.
Siostra Faustyna zmarła 5 października 1938 roku w klasztorze zgromadzenia w Krakowie-Łagiewnikach o godzinie 22.45, mając zaledwie 33 lata.
W 1966 roku doczesne szczątki siostry Faustyny przeniesiono z cmentarza zakonnego do klasztornej kaplicy. Od beatyfikacji, której 18 kwietnia 1993 roku dokonał Ojciec Święty Jan Paweł II, trumienka z relikwiami spoczywa na ołtarzu pod łaskami słynącym obrazem Jezusa Miłosiernego, namalowanego przez Adolfa Hyłę w sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach. Orędzie Miłosierdzia, które z polecenia Jezusa zapisała w swoim Dzienniczku, Jan Paweł II przekazał w 2000 roku całemu Kościołowi i światu na trzecie tysiąclecie wiary.
30 kwietnia tego samego roku 2000 odbyła się kanonizacja siostry Marii Faustyny37. Uroczystości odbyły się w Krakowie i w Rzymie. Wtedy też zostało ustanowione święto Miłosierdzia Bożego. Jan Paweł II, który przewodniczył mszy św. kanonizacyjnej, powiedział między innymi:
„Zrządzeniem Bożej Opatrzności życie tej pokornej córy polskiej ziemi było całkowicie związane z historią XX wieku, który niedawno dobiegł końca. Chrystus powierzył jej bowiem swoje orędzie miłosierdzia w latach między pierwszą a drugą wojną światową. Kto pamięta, kto był świadkiem i uczestnikiem wydarzeń tamtych lat i straszliwych cierpień, jakie przyniosły one milionom ludzi, wie dobrze, jak bardzo potrzebne było orędzie miłosierdzia”.
Polski papież napisał też, że „w wieku wielkich totalitaryzmów siostra Faustyna stała się rzeczniczką przesłania, iż jedyną siłą zdolną zrównoważyć ich zło jest prawda o miłosierdziu Boga”. Nazwał też siostrę Faustynę „darem Bożym dla naszych czasów”. „Orędzie to – powiedział z kolei Benedykt XVI – jest rzeczywiście głównym przesłaniem naszych czasów: miłosierdzie jako Boża moc, jako Boża granica dla zła całego świata”.
25 sierpnia 1995 roku Zgromadzenie Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia, pełniąc jej charyzmatyczną misję, uznało siostrę Faustynę za swoją duchową współzałożycielkę.
W płockim Sanktuarium Miłosierdzia Bożego 22 lutego 1931 roku (pierwsza niedziela Wielkiego Postu) Faustyna Kowalska ze Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia doznała pierwszych objawień Jezusa Miłosiernego, polecającego namalowanie obrazu z podpisem: Jezu, ufam Tobie.
„Siostra Faustyna, od sześciu lat w zakonie, niemal od roku mieszkała w klasztorze Zgromadzenia Sióstr Matki Bożej Miłosierdzia w Płocku – pisze Ewa K. Czaczkowska. – Wieczór. Faustyna wróciła właśnie do swojej celi. Była po kolacji i modlitwach w klasztornej kaplicy. Przygotowywała się do snu.
Nagle zobaczyła w celi Jezusa. «Jedna ręka wzniesiona do błogosławieństwa, a druga dotykała szaty na piersiach. Z uchylenia szaty na piersiach wychodziły dwa wielkie promienie, jeden czerwony, a drugi blady – opisywała w Dzienniczku. – W milczeniu wpatrywałam się w Pana, dusza moja była przejęta bojaźnią, ale i radością wielką. Po chwili powiedział mi Jezus: Wymaluj obraz według rysunku, który widzisz, z podpisem: Jezu, ufam Tobie. Pragnę, aby ten obraz czczono najpierw w kaplicy waszej i na całym świecie. Obiecuję, że dusza, która czcić będzie ten obraz, nie zginie. Obiecuję także,