14 февраля 1919 года между командованием Красной армии и махновцами было подписано официальное соглашение: махновские полки входили в 1-ю Заднепровскую дивизию как 3-я революционно-повстанческая бригада имени батьки Махно. Комбригом был утвержден Махно, а все выборные партизанские командиры остались на своих местах. В махновский штаб и полки были направлены политкомиссары. Таким образом, оперативное и административное подчинение частей Махно начдиву Дыбенко и командующему Антонову-Овсеенко предусматривало сохранение автономии внутренней организации бригады, выборного командования, добровольной мобилизации, самодисциплины, права бригады остаться в Приазовье и сохранение черных флагов. Все махновские части сливались в полки, которые получали военное снаряжение, продовольствие, фураж, деньги по штатному расписанию частей Красной армии. Перед махновцами была поставлена задача занять фронт против белых (расстояние составляло 180 км) и повести наступление на Ростов.
12—16 февраля в Гуляйполе состоялся II съезд повстанцев и крестьян 35 волостей (245 делегатов), который утвердил союз с Красной армией. В ходе съезда анархисты критиковали большевистскую диктатуру и установление власти никем не избранного Совнаркома Украины, охарактеризовав правительство большевиков как правительство «самозванцев-назначенцев». В своей речи Махно указал, что преследование анархистов в РСФСР, закрытие их газет, вооруженное подавления выступлений трудящихся – весь этот российский опыт не должен повториться в Украине. Позиция съезда была отражена в резолюции, где был высказан протест против большевистской «монополии на революции», против арестов и расстрелов представителей «революционных организаций». Съезд призывал строить свободное общество – безвластное и деполитизированное. Большое значение имело решение о создании Военно-революционного совета (ВРС) «свободного района» (государство в государстве). Махновский съезд утвердил раздел земли между крестьянами на принципах равенства, решил требовать от Центра автономии «свободного района».
В феврале 1919 года большевики начали массовые аресты левых эсеров и анархистов на юге Украины. Эти действия привели к тому, что Махно стал угрожать своей отставкой. Совет «свободного района» требовал прекращения «…партийной травли левых партий», недопущения в районе партийной диктатуры и ЧК, утверждения выборности в советских организациях, представительства в Александровском исполкоме.
В махновскую бригаду записалось до 24 тыс. человек, но только 7 тыс. были