Приказ Троцкого № 107 гласил, что махновское движение должно быть «стерто с лица земли» за «открытие фронта белым» и созыв «антисоветского» съезда. За организацию этого съезда, участие в нем и распространение деклараций съезда Троцкий приказал расстреливать. В приказах Троцкого утверждалось, что Махно «открыто призывал к восстанию против Советской власти на Гуляйпольском съезде». Но съезд не состоялся из-за захвата района Гуляйполя белогвардейцами, а на апрельском съезде Махно вообще отсутствовал.
Махно отсылает несколько телеграмм Ленину и Раковскому, сообщая о своей добровольной отставке и прося прислать замену. Свое решение Махно объясняет необоснованностью обвинений со стороны власти и «личной враждебностью» Троцкого, указывая, что такая враждебность может привести к «кровавым событиям внутри трудового народа, к созданию в среде трудящихся особого внутреннего фронта».
8 июня Троцкий издает приказ № 108 «Конец махновщине!» и приезжает в Екатеринослав, чтобы лично руководить борьбой против Махно. В Екатеринославе Троцкий также издает приказ о создании Военно-революционного трибунала во главе с Г. Пятаковым, бывшим главой правительства УССР. Этот трибунал был наделен широкими полномочиями, чтобы «раскаленным железом» выжечь «махновщину». Расстрелы заложников, расстрел за сокрытие оружия, расстрел родственников махновцев, карательные отряды и блокада сел – такова «разнообразная деятельность» этого кровавого трибунала. Троцкий издает приказ о расстреле всех, кто станет «под знамена Махно».
А в это время (4 июня 1919 года) махновские части предприняли попытку контратаковать белогвардейцев. Но на следующий день белые перешли в тотальное наступление. Конный корпус Шкуро, наступая на запад, вышел в тыл махновцам. В это время против махновцев действовала белогвардейская группа, состоящая из 14 тыс. бойцов, 8 бронепоездов и 83 пушек.
Некоторые махновские полки, оказавшись в полном окружении, без боеприпасов, были полностью истреблены: пленных повстанцев белые казнили. Не имея артиллерийской поддержки, махновцы с холодным оружием бросались в бой против казачьей кавалерии, шли под пулеметный огонь, погибали сотнями, но не оставляли своих позиций. Белая конница неожиданно прорвалась в Гуляйполе. Имея в своих рядах еще 10 тыс. повстанцев, Махно попытался поставить заслон против белых возле Гуляйполя. На некоторое время махновцам удалось выбить врага из окрестностей Гуляйполя. Крестьяне с топорами и вилами вели рукопашный бой