Sehn spędził wojnę w Krakowie, pracując jako „sekretarz” związku restauratorów. Nie ma dowodów świadczących o tym, by był związany z polskim ruchem oporu ani też by kolaborował w jakikolwiek sposób z Niemcami. Po prostu starał się przetrwać długie sześć lat niemieckiej okupacji. Jednakże inni członkowie jego pozostałej w południowej Polsce rolniczej rodziny mieli zupełnie inne doświadczenia.
Brat Jana, Józef, mieszkający we wsi Bobrowa, w początkach okupacji podjął brzemienną w skutki decyzję. Jednym z pierwszych posunięć niemieckich okupantów było zachęcanie volksdeutschów – czyli Polaków pochodzenia niemieckiego – do deklarowania się jako etniczni Niemcy. Jego wnuk Artur, historyk rodziny, znalazł dokumenty świadczące o tym, że Józef wpisał się na volkslistę wraz z całą rodziną: żoną, trójką dzieci i ojcem. Stając po stronie zwycięzców, Józef niemal na pewno liczył na to, że chroni w ten sposób siebie i swoją rodzinę. Wkrótce jako volksdeutsch został mianowany sołtysem.
Gdy stało się jasne, że Niemcy przegrywają wojnę, a Wehrmacht jest w odwrocie, Józef zniknął. Nawet jego trzech synów nie wiedziało, co się z nim stało. „Dzieciom nie pozwalano wiedzieć” – wspomina jeden z nich, także Józef143. Dwaj z chłopców zostali posłani do Krakowa, gdzie przez kilka miesięcy mieszkali u wuja Jana i jego żony. Ich ojciec, jak mieli się dowiedzieć dopiero po latach, uciekł do północno-zachodniej Polski, zmienił nazwisko i pracował jako drwal w odciętej od świata wsi – jak mówił Artur Sehn: „tak daleko od cywilizacji, jak to możliwe” – aż do swojej śmierci w roku 1958. Do końca życia obawiał się, że nowi władcy Polski ukarzą go za kolaborację.
Choć Józef i Jan Sehnowie dokonali innych wyborów życiowych, Jan z pewnością był świadom roli odegranej przez brata podczas okupacji. Świadczy o tym gotowość przyjęcia pod swój dach dwójki jego dzieci pod koniec wojny. Mieli także siostrę, która utrzymywała jakiś kontakt ze zbiegłym bratem i zapewne informowała Jana o jego losach.
Jan nie miał własnych dzieci, lecz to nie czyniło z niego i jego żony łagodnych rodziców. „Był bardzo surowy” – wspomina jego bratanek Józef. Gdy Jan dowiedział się od żony o jakimś przewinieniu, nie wahał się wymierzać staromodnej kary – za pomocą paska. Pomógł jednak bratankowi znaleźć pracę w jednej z krakowskich restauracji i zapewnił swoim bratankom dach nad głową w czasie, gdy był on im najbardziej potrzebny.
Jeszcze zanim wojna dobiegła końca, Jan rozpoczął swoją misję gromadzenia dowodów niemieckich zbrodni. Maria Kozłowska, jego sąsiadka z Krakowa, która później pracowała w Instytucie Ekspertyz Sądowych, którym Sehn kierował od 1949 r. do śmierci, wspomina, że we Wrocławiu (noszącym przed przyłączeniem do Polski nazwę Breslau) „szukał dokumentów w dymiących ruinach. W poszukiwaniu dowodów zjeździł całą Polskę”144.
Kozłowska i inni współpracownicy Sehna zawsze zakładali, że to jego pasja do prawa i sprawiedliwości pchała go, by z taką determinacją i uporem gromadzić dowody nazistowskich zbrodni i opierać na nich oskarżenia, dzięki którym wielu zbrodniarzy trafiło na stryczek. Ze wszystkich sił wspierał odbudowę Polski, zniszczonej w wyniku okupacji i utraty około sześciu milionów obywateli, czyli aż 18 procent przedwojennej ludności. Wśród zabitych było około trzech milionów polskich Żydów, niemal 90 procent tej grupy145.
Były to dobre powody jego wielkiego oddania sprawie, nie wyjaśniały jednak wszystkiego. Choć współpracownicy Sehna wiedzieli o jego niemieckich korzeniach – świadczyło o tym samo jego nazwisko – nie mieli powodu uważać akurat tego za czynnik motywujący. Wielu Polaków miało mieszane pochodzenie, a sytuacja rodziny Sehna nie była czymś niezwykłym. Kozłowska wiedziała, że ma siostrę we Wrocławiu, nic jednak nie wiedziała o ukrywającym się bracie. Z pewnością nie znała też jego osobistych losów w czasie okupacji i po klęsce Niemiec.
Nie był to przypadek. Artur Sehn nie chce formułować ostatecznych opinii o motywach stryjecznego dziadka. Podejrzewa jednak, że utrzymywanie w tajemnicy losów brata i jego rodziny – które z pewnością musiały być znane nowym komunistycznym władzom Polski – było powodem tak zdeterminowanej pogoni za sprawiedliwością. „Może bardzo starał się być po właściwej stronie, po stronie oskarżycieli – mówił. – Można to postrzegać jako oportunizm. A może jego motywy były czyste i nieosobiste?”
Niezależnie od motywacji rezultaty pracy Jana Sehna były spektakularne.
Rudolf Höss pełnił funkcję komendanta Auschwitz od czasu, gdy nadzorował budowę obozu w 1940 r. do końca 1943 r. Główny obóz utworzono w dawnych koszarach w pobliżu miasta Oświęcim, po niemiecku Auschwitz. Pierwszy transport 728 Polaków przybył w czerwcu 1940 r. Byli to polscy więźniowie polityczni, głównie powiązani z ruchem oporu. W większości nie byli Żydami, jako że wywózki Żydów jeszcze się nie rozpoczęły146.
Były więzień polityczny Zygmunt Gaudasiński wspomina: „Obóz utworzono po to, by zniszczyć najbardziej wartościową część polskiego społeczeństwa, i Niemcom się to po części udało”. Niektórzy więźniowie, jak ojciec Gaudasińskiego, zostali rozstrzelani. Powszechne były tortury, a śmiertelność w początkowej fazie bardzo wysoka. Jeśli więzień nie umarł od razu, jego szanse na przetrwanie zaczynały rosnąć, gdy tylko udawało mu się zdobyć dobrą pracę – w kuchniach, magazynach i innych miejscach – która zapewniała codzienne schronienie. Spośród 150 tysięcy polskich więźniów politycznych wysłanych do Auschwitz zmarło około 75 tysięcy.
Po najeździe Niemiec na Związek Radziecki w czerwcu 1941 r. do Auschwitz przysłano radzieckich jeńców. Szef SS Heinrich Himmler, przewidując napływ wielkiej liczby jeńców, sporządził plany rozbudowy obozu poprzez wzniesienie drugiego kompleksu w pobliżu nieodległej wsi Brzezinka (Birkenau). Pierwsi jeńcy skierowani do pracy przy jego budowie znaleźli się w warunkach tak okropnych, że były one szokiem nawet dla nawykłych do potworności polskich więźniów. „Byli traktowani gorzej od innych więźniów” – mówił Mieczysław Zawadzki, który pełnił funkcję sanitariusza w lazarecie. Dawano im tylko rzepę i maleńkie porcje chleba, więc szybko umierali z głodu, chłodu i bicia. „Głód doskwierał im tak bardzo, że wycinali pośladki zwłokom w kostnicy i jedli je – wspominał Zawadzki. – Później zamknęliśmy kostnicę, tak że nie mogli się tam dostać”.
Jako że większość radzieckich jeńców szybko umierała, a liczba nowych spadła, Himmler polecił Hössowi przygotować obóz do odegrania ważnej roli w „ostatecznym rozwiązaniu kwestii żydowskiej”. Koordynowane przez Adolfa Eichmanna transporty z całej Europy zamieniły Auschwitz-Birkenau w najbardziej międzynarodowy z obozów. I choć nadal pełnił funkcję obozu pracy i obozu zagłady, wkrótce, po osiągnięciu pełnej wydajności przez komory gazowe i krematoria Birkenau, stał się największą fabryką śmierci Holokaustu. Zginęło w nim ponad milion osób, z których 90 procent stanowili Żydzi.
W końcu 1943 r. Höss został przeniesiony do Inspektoratu Obozów Koncentracyjnych, co oznaczało ustąpienie ze stanowiska komendanta Auschwitz. Wkrótce jednak posłano go tam z powrotem z zadaniem przygotowania obozu na przybycie ponad 400 tysięcy Żydów węgierskich latem 1944 r. Tak skutecznie przeprowadził tę operację,