Ostrzegał jednak też przed okazywaniem „zbyt wielkiej dobroduszności i ufności w stosunku do więźniów” (s. 75), którzy potrafili zwodzić i przechytrzać swoich strażników. W roku 1938 był już adiutantem komendanta obozu koncentracyjnego w Sachsenhausen. Wkrótce niemal każdego dnia dowodził plutonem egzekucyjnym, nakazując oddanie salwy, gdy tylko więzień znalazł się przy słupie, a w razie konieczności dobijał skazańca z pistoletu. Twierdził, że ofiary były „sabotażystami” (s. 88) lub przeciwnikami wojny, podkopującymi wysiłek Hitlera. Więźniowie, czy to komuniści, socjaliści, świadkowie Jehowy, Żydzi czy homoseksualiści, byli uważani za wrogów wewnętrznych.
Dla Hössa nie stanowiło to problemu. Jak twierdził, „nie nadawałem się do takiej służby”, co oznaczało, że musiał starać się dwa razy bardziej, by nie „przyznać się do swojej miękkości”. O jaką miękkość chodziło? Jak pisał, miał „zbyt wiele współczucia dla więźniów” (s. 83). Twierdził jednak, że pierwsze sukcesy Hitlera udowodniły, że „droga i cel” NSDAP były słuszne. W końcu 1939 r. został awansowany na komendanta Sachsenhausen, by w następnym roku otrzymać zadanie stworzenia Auschwitz.
Jan Sehn twierdził, że jego osławiony więzień nie był nieszczery, pisząc o swym braku entuzjazmu w wykonywaniu niektórych zadań – a przynajmniej, że nie podzielał entuzjazmu swych bardziej sadystycznych podwładnych. „W sensie narodowosocjalistycznym idealni komendanci obozów koncentracyjnych nie byli tacy jak brutalni, rozwiąźli i zdeprawowani esesmani, lecz tacy jak Höss”167. Byli zatem, innymi słowy, technokratami, którzy wykonywali swoje zadania z chęci awansu, a nie z żądzy torturowania i mordowania swych więźniów. Jeśli jednak tortury i masowe mordy były elementem zadania, nie mieli z tym problemu.
W sporządzanych dla Sehna opisach swej działalności w Auschwitz Höss wyjawił znacznie więcej niż podczas rozmów i zeznań składanych w Norymberdze. Powierzono mu zorganizowanie nowego obozu w istniejących budynkach i stworzenie nowego podobozu Birkenau. Twierdził, że początkowo zamierzał zerwać z tradycją poprzednich obozów i wprowadzić „lepsze traktowanie” więźniów, tak by osiągnąć większą wydajność ich pracy, zapewniając im „lepsze pomieszczenie i lepsze wyżywienie” (s. 107–108).
Jak jednak pisał, jego dobre chęci musiały „rozbić się o opór większości przydzielonych mi oficerów i szeregowców SS” (s. 108). Innymi słowy, brutalności jego podwładnych nie dało się okiełznać i rzecz jasna nie była to jego wina. W efekcie szukał ukojenia w obsesyjnym oddaniu swej pracy. „Nie chciałem kapitulować, nie pozwalała mi na to moja ambicja. Widziałem wciąż tylko swoją pracę” (s. 111) – pisał.
Twierdził, że zapłacił za porzucenie pierwotnego zamiaru stworzenia wydajniejszego i mniej brutalnego obozu. „W Oświęcimiu zmieniłem się. […] Nie widziałem już nic poza swoją pracą i swym zadaniem. Wszystkie ludzkie odruchy zostały przez to wyparte” (s. 113). Presja zwierzchników, połączona z „biernym oporem” (s. 114) podwładnych wobec wykonywania jego zaleceń, sprawiła, że coraz więcej pił. By poprawić mu nastrój, jego żona, Hedwig, próbowała organizować przyjęcia dla przyjaciół, jednak bezskutecznie. „Nawet ludzie postronni ubolewali bardzo nad moim zachowaniem” (s. 113), dodał, ponownie popadając w tak częste w jego wspomnieniach użalanie się nad sobą.
Gdy w roku 1941 Himmler wydał rozkaz wybudowania komór gazowych celem prowadzenia masowej eksterminacji, Höss nie wahał się ani chwili. Choć pisał: „rozkaz był czymś niesłychanym i potwornym”, mimo to „jego uzasadnienie sprawiło, że akcja eksterminacyjna wydawała mi się słuszna” (s. 144). Był to po prostu kolejny rozkaz do wykonania; w ten sposób Höss sygnalizował, że zbrodniczość tego rozkazu zrozumiał dopiero w obliczu egzekucji. „Wówczas nie zastanawiałem się nad tym. […] Nie mogłem sobie pozwolić na sąd o tym, czy masowe uśmiercanie Żydów jest konieczne czy nie; tak daleko patrzeć nie mogłem” (s. 144).
Osobiście obserwował uśmiercanie radzieckich jeńców wojennych, na których testowano skuteczność cyklonu B, gazu używanego do masowego zabijania. „Pierwszy wypadek stracenia ludzi za pomocą gazu nie dotarł należycie do mojej świadomości, być może dlatego, że byłem pod silnym wrażeniem całej procedury” (s. 146) – pisał. Podczas mordowania gazem grupy 900 więźniów usłyszał, jak zdesperowane ofiary usiłują sforsować drzwi. Gdy po przewietrzeniu komory oglądał ich ciała, poczuł się „nieswojo: ogarnęło mnie poczucie grozy. Śmierć taką wyobrażałem sobie zawsze jako pełne męczarni zaduszenie, tymczasem na zwłokach nie było widać jakichkolwiek śladów skurczów”. Dodał, że gazowanie podziałało na niego „uspokajająco” (s. 146), ponieważ widział, że możliwe będzie prowadzenie w ten sposób eksterminacji Żydów.
Wkrótce obozowa machina śmierci funkcjonowała pełną parą; Höss regularnie wracał, by jej doglądać. Podczas gdy wiele ofiar dawało się oszukać, że czeka je prysznic, inni rozumieli, co się naprawdę dzieje. Komendant zauważył matki, które „przeczuwały lub wiedziały, co je czeka, zdobywały się na to, aby mimo śmiertelnej trwogi w oczach żartować z dziećmi lub łagodnie je przekonywać”. Pewna kobieta w drodze do komory gazowej podeszła do Hössa i wskazując na czwórkę swoich dzieci, wyszeptała: „Jak będziecie mogli zdobyć się na to, aby zamordować te śliczne, miłe dzieci? Czy nie macie serc?”. Inna matka próbowała wyrzucić swe dzieci z komory przed zamknięciem wrót. „Zostawcie przy życiu przynajmniej moje drogie dzieci” (s. 149) – błagała. Oczywiście na próżno.
Höss twierdził, że jemu i innym strażnikom „wypadki te dały dużo do myślenia i pozostawiły głębokie wrażenie” i że targały nimi „skryte wątpliwości” (s. 152). Jednakże był to dla nich tylko kolejny powód do tłumienia uczuć. „Na mnie były zwrócone oczy wszystkich” (s. 153) – pisał, co oznaczało, że nie mógł pozwolić sobie na najmniejszy nawet przejaw wahania czy litości. Twierdził też, że nigdy nie nienawidził Żydów, ponieważ „uczucie nienawiści jest mi w ogóle obce”. Mimo to przyznał: „Uważałem ich […] za wrogów naszego narodu” (s. 132–133).
Mimo wszystkich słów o skrywanych wątpliwościach, z jego wspomnień pisanych dla Sehna przebija duma ze skuteczności stworzonej przez niego machiny śmierci. Z żalem zauważył nawet, że mimo procesu selekcji pozostawiano przy życiu wielu chorych więźniów, którzy „obciążali tylko obozy” (s. 158), i że jego przełożeni powinni byli posłuchać jego rady i utrzymywać mniej liczną, zdrowszą siłę roboczą. Innymi słowy, radził, że powinni byli posyłać na śmierć jeszcze więcej Żydów i innych ofiar.
Choć Höss nonszalancko pisał, że podczas swej służby w Auschwitz nigdy nie mógł się uskarżać na nudę, twierdził też, że od czasu rozpoczęcia masowej eksterminacji „nie znalazł już szczęścia” (s. 154). Przyczyna zdradza na jego temat więcej niż którykolwiek inny fragment wspomnień. Jego zdaniem, wszystkim w Auschwitz „było dobrze” (s. 155), jego żona naprawdę miała w swym ogrodzie „jak w raju” (s. 155), jego dzieciom niczego nie brakowało i rodzina mogła cieszyć się swą miłością do zwierząt, hodując żółwie, koty i jaszczurki, odwiedzając stajnie i psiarnie, w których trzymano obozowe dobermany. Chwalił się, że nadskakiwali im nawet pracujący dla nich więźniowie, jakby nie rozumiejąc przyczyn takiego zachowania. Jak jednak dodał: „Dziś gorzko żałuję, że