По мере того как церковь в остальных субъектах Федерации получала все больше прав и возможностей, среди мусульман и в Уфимской епархии РПЦ росло недовольство политикой администрации Рахимова, направленной на ограничение роли религии в общественной жизни республики. Как вызов республиканским властям можно рассматривать начавшееся в 2007 г. воссоздание (по инициативе и на средства главного политического врага Рахимова А. Веремеенко) взорванного в 1932 г. Воскресенского кафедрального собора Уфы. Однако уже в 2009 г. «в связи с экономическим кризисом» наполовину завершенное строительство собора было заморожено.
В 2009 г. разыгрался первый и единственный публичный конфликт между администрацией Рахимова и православной епархией (во главе с архиепископом Никоном). Президент Башкортостана сделал несколько резких заявлений против преподавания православия (и вообще религии) в государственной школе. На состоявшейся в апреле 2009 г. в Уфе конференции «Национально-государственные образования в истории и политической практике российского федерализма» президент Рахимов от имени курултая (т.е. башкирского парламента) высказал критическую оценку деятельности федеральной власти, в том числе и за проводимую в школах России «православизацию». Президент Башкирии выразил беспокойство в связи с ограничением прав народов России на «национально-культурное развитие», что, по его мнению, выражается в отмене регионального компонента учебных программ общеобразовательных школ и стремлении «усилить в школах влияние православия». «Православизационные инициативы, – предупредил Рахимов, – способны вызвать отрицательную оценку людей, придерживающихся иных верований», т.е. в качестве обратной реакции вызвать рост радикализма. В ответ в защиту ОПК весьма резко выступил архиепископ Никон. Позднее Никон извинился в курултае за свою резкость, но отношения с Рахимовым были сильно испорчены. Впрочем, правление Рахимова подходило к концу.
Летом 2010 г. М. Рахимов был вынужден подать в отставку. В июле 2010 г. парламент Башкортостана утвердил на посту главы республики бывшего топ-менеджера «РусГидро» Рустэма Хамитова. Стиль поведения и отношение к политическому плюрализму нового президента значительно отличаются от позиции прежнего президента. Хамитов намного более толерантный и демократичный политик. С приходом Хамитова во власть в религиозной политике также произошло много изменений. Непосредственное осуществление религиозной политики возложено на В. Пяткова, председателя Совета по государственно-межконфессиональным отношениям при президенте Республики Башкортостан. Долгие годы (еще при