С середины 1990-х годов в республике заметен рост страха перед исламским фундаментализмом и экстремизмом, что также способствовало сближению властей с ЦДУМР. С 1997 г. власти стали высылать всех иностранных проповедников и преподавателей ислама. Так, в ноябре 1998 г. из Уфы были высланы шестеро граждан Пакистана «за антироссийские высказывания, направленные на разжигание национальной и религиозной вражды». В августе 2002 г. за пределы Башкортостана была выслана большая группа граждан Турции, являющихся последователями радикальных исламских объединений «Сулейманжди» и «Нурджулар». Лидер группы Чалышкан Сейди прибыл в город Октябрьский в 1998 г., заручившись поддержкой местных властей. Как сообщает Центр общественных связей УФСБ по Башкортостану, был создан «благотворительный пансионат для сирот», где детей воспитывали «в духе пантюркизма и религиозного фанатизма».
К середине нулевых годов стало очевидно, что муфтий Т. Таджуддин сумел восстановить свои позиции в обществе, что не в последнюю очередь было связано с тем, что в 1995 г. М. Рахимов совершил хадж в обществе Таджуддина. Особенно активно проявил себя муфтий во время выборов президента Башкортостана летом 1997 г., демонстрируя полную поддержку кандидатуры М. Рахимова. Самым главным делом Т. Таджуддина в 1997– 1998 гг. стало строительство комплекса мечети-медресе «Лале-тюльпан» в Уфе, финансирование которого осуществлялось в значительной степени за счет республиканского бюджета. Торжественное открытие этой мечети в конце 1998 г. в присутствии М. Рахимова и Т. Таджуддина стало символом объединения этих лидеров.
Со временем общероссийский статус таджуддиновского ДУМ РБ стал восприниматься Рахимовым не как недостаток, а как достоинство. В интервью «Независимой газете» он сказал: «…у Верховного муфтия Талгата Таджуддина должен быть свой штат и штаб-квартира в Москве. В Татарстане уверены, что их муфтий – глава российских мусульман вне Кавказа – у них главный, Равиль Гайнутдин тоже оспаривает право на этот пост. Мне кажется, есть все основания считать главным Таджуддина. Он работает в Уфе,