Особенностью церковной политики Никона можно считать тот факт, что Никон придает большое значение культурной деятельности епархии, диалогу с творческой интеллигенцией. Владыка присутствует на творческих вечерах, освящает художественные выставки. При епархии существует специальный Отдел по культуре, организующий различные культурные мероприятия, базовая площадка его находится в Аксаковском музее. Одно из основных направление деятельности миссионерского отдела епархии – культурное. Совместно с республиканской библиотекой и филармонией проводятся концерты, вечера, дни православной книги и т.д. Летом организуются культурно-исторические краеведческие лагеря.
В новых условиях при президенте Р. Хамитове наиболее яркой фигурой клира в епархии стал протоиерей Роман Хабибуллин, настоятель Крестовоздвиженского храма в Уфе. Отец Роман был активным священником с середины 1990-х годов, но только после смены башкирского президента он смог проявить свои таланты в полной мере. Отец Роман ведет значительную просветительскую, научную и благотворительную деятельность, в частности в 2001 г. он создал при приходе приют для бомжей. В приюте они не только получают кров, питание, медицинскую помощь, но и социальную реабилитацию. Группа успешно прошедших реабилитацию бомжей создала братство-артель резчиков по дереву. Отец Роман занимается также просветительской деятельностью в рамках Детского православного творческого центра, где преподаются литература, музыка, краеведение и изобразительное искусство. Он сам разрабатывает воспитательные и образовательные программы для детей, устраивает праздники в детских садах, а также организует досуг детей в каникулы при своем храме. При приходе отца Романа создано Религиозно-философское общество им. А.Ф. Лосева, издающее альманах «София» и имеющее тесные связи с московскими лосевцами. По инициативе и при непосредственном участии отца Романа студентам Медицинского университета читают курс лекций