В первой половине 1990-х годов ДУМ РБ привлек к преподаванию в своих учебных заведениях несколько десятков преподавателей из стран БВ. В русле контактов с мусульманскими организациями этих стран в Башкирии появлялись и проповедники.
В отличие от Таджуддина, стремящегося установить как можно более тесные отношения с РПЦ, ДУМ РБ имеет с ней лишь чисто формальные, протокольные контакты, инициированные властями. Таджуддин обвинял лидеров ДУМ РБ в распространении политического и религиозного экстремизма, национальной вражды и связях с ваххабитами. В свою очередь, ДУМ РБ в долгу не оставался, обвиняя Таджуддина в аморальном поведении, сервилизме перед российскими властями, экуменизме, «обновленчестве» и даже в масонстве.
Возрождение ислама среди башкир в значительной степени носит не самостоятельный, но подчиненный национально-политическим целям характер. Большинство мусульманского духовенства и в ЦДУМР (до 90%), и в ДУМ РБ (около 70%) – татары, что является причиной подспудных внутренних трений. Во главе ДУМ РБ – башкир Нурмухаммат Нигматуллин, что до сих пор помогало предотвращать межэтнические трения в ДУМ РБ, однако на бытовом уровне конфликт постоянно тлеет.
Националистические башкирские партии и движения, крупнейшее из которых – Башкирский национальный центр «Урал» (БНЦ), в первые годы после перестройки придавали громадное значение возрождению ислама, как фактора, обеспечивающего сохранение и сплачивание башкирской нации. По инициативе и на деньги БНЦ на башкирский язык был переведен Коран (1994), а также было издано много другой религиозной литературы на башкирском языке. В конфликте ЦДУМР с ДУМ РБ националы поддержали ДУМ РБ, как организацию республиканскую, независимую от «центра», продолжающую традиции БДУ. Глава БНЦ Марат Кульшарипов в личной беседе с автором сказал: «Мы – плохие мусульмане по сравнению с татарами, но мы верны исламу больше, чем татары». Действительно, здесь при низкой религиозности не было массовых обращений башкир в православие. В этом националы видят залог национального единства.
Со второй половины 1990-х годов БНЦ и другие башкирские национальные организации начали терять интерес к исламу, становясь все более светскими. Тем не менее ДУМ РБ сумел в первую очередь остаться религиозным объединением башкир. Общины, признающие авторитет ДУМ РБ, в основном концентрируются в районах с преобладанием башкирского населения, а ЦДУМР – татарского.
В 1992–1994 гг. ДУМ РБ на волне движений за суверенитет Башкортостана, а также башкирского национального возрождения и стремления очистить ислам от российско-советских влияний триумфально вытеснял ЦДУМР: повсюду общины ЦДУМР переходили под эгиду ДУМ РБ, ДУМ РБ в эти годы пользовалось поддержкой