По поводу обращения башкир и татар архиепископ Никон осторожен. В частности, во избежание трений с властью и мусульманами факты обращения в православие в епархии стремятся не афишировать. Тем не менее переходы башкир и особенно татар в православие не являются исключительными явлениями. Более 10% церковнослужителей епархии носят татарские и башкирские фамилии. Обращение мусульманок в православие можно назвать «скрытым переходом», поскольку мусульманки зачастую тщательно скрывают от семьи посещения православного священника и, тем более, крещение в христианство. Имеют место переходы в христианство мужчин. Никон достаточно осторожно контактирует с местными русскими национальными организациями и казаками, сводя открытое общение к культурно-просветительской работе с Аксаковским обществом, объединяющим местную русскую интеллигенцию. Писатель М. Чванов, директор Дома-музея Аксакова, считающийся умеренным выразителем интересов русской общины (и единственный из тех, к кому власти республики относились во времена правления Рахимова терпимо), поддерживает связи и с Никоном и с муфтием Таджуддином. Им издана брошюра, в которой опубликована его беседа с Т. Таджуддином о культурном переплетении ислама и православия, русских и тюрков.
Деятельность епархии в области духовного просвещения и катехизации при Рахимове была не слишком успешна. В епархии отсутствуют духовные учебные заведения, а проработавший несколько лет в Уфе филиал Свято-Тихоновского университета был закрыт в 2008 г. В Башкирии много православных приходов и их число продолжает расти. Однако духовенство для этих приходов вынуждено получать образование в других епархиях, что, разумеется, составляет серьезные сложности для претендующих на священство. В этих условиях особую значимость приобретают кандидаты в священники, имеющие высшее светское образование. При отсутствии духовных учебных заведений и полном отсутствии РПЦ в государственных учебных заведениях сравнительно хорошо развиты воскресные школы. В крупных городах в приходских воскресных