Несмотря на лояльность и прямую материальную поддержку «традиционных» религий, Рахимов жестко ограничивал публичное пространство, в котором могла присутствовать религия, в том числе и ислам. Мусульманское (как и любое другое) духовенство не имело доступа в учебные заведения и в большинство государственных учреждений. Рахимов опасался, что широкое участие религии в жизни республики может взорвать межнациональный и социальный мир.
Ислам в Башкирии – религия двух этносов: башкир и татар. Башкиры (как и родственные им казахи и ногайцы) – этнос не слишком религиозный, среди них меньше практикуется отправление религиозных обрядов и следование моральным и бытовым предписаниям ислама. Среди башкир в неизмеримо большей степени сохранились пережитки язычества (тенгрианство). Возрождение ислама в Башкирии совпало с началом процесса национального возрождения башкирского народа и обострением противоречий между башкирской и татарской общинами республики. За годы перестройки число мечетей выросло более чем в 30 раз, открылись средние и высшие учебные заведения.
Тем не менее процесс религиозного возрождения в Башкирии сопровождался серьезными и разнородными конфликтами внутри исламской общины. Наиболее существенен конфликт, связанный с противоречиями между Талгатом Таджуддином (председатель Центрального духовного управления мусульман, верховный муфтий России. – Ред.) и молодым мусульманским духовенством, недовольным соглашательской политикой Таджуддина с российской властью и его реформаторскими настроениями (на общероссийском уровне – это конфликт между ДУМЕС и ДУМЕРДУМАР). В 1992 г. в Уфе произошел один из первых бунтов против Таджуддина, за которым последовали аналогичные бунты по всей России. От ДУМЕС откололось Духовное управление мусульман Республики Башкортостан (ДУМ РБ). В октябре 1994 г. радикалам, противникам прежнего «пророссийского» ДУМЕС даже удалось временно