В Ильинском скиту после отъезда преподобного Паисия осталось только 17 человек, могущих прожить своими трудами. Обитель постепенно пришла в полный упадок. Однако, покидая Афон, старец Паисий за сто лет прозорливо предсказал славу этого скита: «Со временем будет в скиту другой Паисий, и при нём обитель устроится, возвеличится и прославится». Пророчество осуществилось в середине XIX века при игуменстве Паисия II.
Несмотря на отъезд блаженного Паисия, в 1775 году в келию вновь стали селиться монахи. Это были преимущественно черноморские казаки, которые разновременно приходили на Святую Гору и поселялись в скиту. Посему в коротком времени почти все население скита состояло из казаков, пришедших на Афон в поисках небесного отечества. Об их житии тут можно удостовериться из хранящейся до сего времени в ризнице книги, в которую записывались пожертвования на скит, а также из надписей, имеющихся на отдельных вкладах от них. Например, на большом Евангелии в серебряной позолоченной оправе; на чаше серебряной, тоже позолоченной; на втором малом Евангелии и других предметах.
Нет также сомнения, что вся ризница скита старой превосходной парчи, а также плащаница, вся шитая золотом с драгоценными каменьями и жемчугом, есть также вклад тех же черноморских казаков. Более того, соборная церковь святого пророка Илии была построена их иждивением. Её постройка закончена в 1806 году, о чём свидетельствует надпись на мраморной плите, вложенной в стене южной стороны алтаря собора.
Настоятелем в скиту после Паисия Величковского был архимандрит Варлаам, затем Хаджи Афанасий, после него архимандрит Товия. При них он продолжал строиться и увеличиваться. Благодаря наплыву братии построенных ранее помещений оказалось недостаточно. Иноки стали выходить за пределы скита, селиться в небольших домиках-кельях по два-три человека вместе. Там они занимались трудом и молитвой и только по воскресениям и по праздникам сходились в скит на соборное правило и общую трапезу.
В этот период скит не испытывал недостатка в средствах. Таковые поступали от рыбной ловли в реке Дунай и от Черноморского войска. Казаки не оставляли попечений о ските и далее. Они заботились не только о пропитании братии, но и об украшении обители. «Сей мраморный помост и порта были устроены старанием Схимонаха Иоанна Чернышёва, подаяниями же российских ктиторов и благодетелей Войска Черноморского, разных господ честных казаков 1819 года, мая 21 дня», – написано на мраморной доске над дверями собора.
Вскоре скит опять приходит в запустение. Турки мстили грекам за поднятое восстание 1820 года, досталось и русским, понеже для турок все