В 1841 году к нему явились посланцы Ильинского скита с просьбой принять место настоятеля и управлять обителью. Трижды отказывался отец Паисий от предложенной ему чести, опасаясь трудностей, но в конце концов согласился и был поставлен настоятелем Ильинского скита. Видя в этом промысел Божий, отец Паисий II переехал в скит и принялся деятельно за его окончательное восстановление. В настоятельство иеромонаха Паисия Второго скит достигает своего расцвета. При нём в первый же год закончена и освящена церковь во имя святителя Митрофана Воронежского чудотворца, заложенная ещё отцом Аникитою. Приведены в порядок монастырские постройки, был построен новый корпус с 15 кельями.
Этот трудолюбивый настоятель в 1850 году закончил большой план своих работ. В течение последующих семи лет он перестроил весь скит. Немало забот было им положено на восстановление внутреннего порядка, отправления церковной службы и улучшения нравственности братии. В результате этого в скором времени между братией воцарились согласие и любовь. Были назначены и поставлены несколько иеродиаконов и иеромонахов для совершения ежедневной службы. В праздники и воскресение служба совершалась в соборе. В 1845 году скит посетил великий князь Константин Николаевич, где и остановился на ночлег, причём скит поразил его «своей малороссийской опрятностью». Посещение великого князя имело благоприятные последствия для скита. С этого времени малоизвестный скит получил бо́льшую известность не столько на Афоне, сколько в России. Начинается приток новой братии, и вскоре снова недоставало помещений для вновь прибывших. На щедрые пожертвования из России Паисий II смог продолжать расширение и восстановление скита.
Уже в 1846 году был построен большой двухэтажный корпус, где были устроены пекарня, кухня, приемные покои для гостей и 18 келий. В 1847 году выстроен ещё один корпус для канцелярии и десять монашеских келий. Была выстроена каменная ограда, ещё один двухэтажный корпус с колокольней вышиною в 23 метра. Заложены две новые церкви во имя святого Николая Чудотворца и Архистратига Михаила, выстроена больничная палата и кельи для дряхлых монахов. Одновременно была проделана огромная работа по расчистке земли под огороды и виноградники, засадку садов и других деревьев. Скит превратился в огромную благолепную и цветущую обитель, кое в чём даже превосходя старые афонские монастыри.
За свои заслуги отец Паисий был возведен 3 августа 1868 года в сан архимандрита.
Долголетние труды и заботы подорвали его здоровье. С начала 1871 года он обрёл немощь и в воскресение 5 сентября преставился на вечный покой. Редко можно было встретить в одном человеке столько добродетелей, как в лице отца Паисия II, настоятеля Ильинского скита и, по большому счёту, его основного строителя. Горячая вера, любовь к Богу, доверие