Пантократор много раз подвергался набегам пиратов и страдал от пожаров, но всякий раз восстанавливался на пожертвования благочестивых мiрян. Пожары разрушали монастырь в 1393, 1773 и 1948 годах, но, к счастью, он не был разрушен полностью. В конце XIV – начале XV века обитель быстро росла территориально и укреплялась экономически, во многом благодаря помощи византийских правителей из династии Палеологов. Особую поддержку монастырю оказывали императоры Иоанн V и Мануил II Палеологи, а также ряд молдавских господарей. После падения Константинополя в 1453 году и утверждения на Балканах турок монастырь Пантократор стал жить на пожертвования правителей стран, расположенных в низовьях реки Дунай. Во времена турецкого ига он не терял жизнеспособности, несмотря на огромные долги. Благодаря неоценимой помощи со стороны греков-господарей дунайских княжеств Пантократор пережил экономический кризис и выстоял в тяжелейших испытаниях. С 1574 года и по настоящее время Пантократор занимает 7-е место в афонской иерархии.
Немаловажную роль в сохранении обители сыграли и русские цари. Одной из благодетельниц обители Пантократор была Российская императрица Екатерина II. Специальным указом 1762 года она разрешила монахам Пантократора организовать сбор пожертвований в России. После сильного пожара 1773 года значительные усилия для восстановления обители приложил старший ризничный обители монах Кирилл. Монастырь был вскоре полностью восстановлен.
Пантократор и его окрестности часто избирали местом своего проживания весьма значительные для государства лица и выдающиеся по образу жизни святые. В разное время здесь проживали видные деятели греческой православной церкви, такие как Патриарх Каллист II Ксанфопул, святитель Григорий Палама, святители Симеон и Феона – фессалоникийские архиепископы, святитель Иосиф, митрополит Тимишоарский и преподобный Паисий Величковский.
Игумен Пантократора святой Феона впоследствии стал митрополитом Солунским. Мощи его находятся в монастыре святого Афанасия близ Солуни. В келье святого Василия Великого, принадлежащей Пантократору, пребывал преподобный Феофил Мироточивый. Пантократор – последний из афонских монастырей, где в 1992 году было восстановлено общежитие.
Собор, освященный в честь Преображения Господня, был возведён одновременно с основной частью монастыря, но достраивался, восстанавливался и переделывался уже совершенно независимо от общего архитектурного ансамбля в третьей четверти XIV столетия и в 1854 году. Храм, сложенный из белого мрамора, небольшой по размерам, стоит в дальней части мощёного двора. Его лёгкий купол покоится на четырёх толстых мраморных колоннах. Из такого же мрамора в 1847 году выложен и весь пол. Позади деревянного иконостаса, восстановленного в 1748 году, стоит иконостас времён постройки собора, изготовленный из мрамора.
Его