Во время нападения на обитель сарацин и разграбления Пантократора святая икона была брошена ими в колодезь, находившийся недалеко от монастыря, а серебряные ризы были сняты ими и украдены. Один из сарацин в безумном презрении к христианской святыне хотел было разрубить икону на части, чтобы щепками раскурить свою трубку. Но Господь не допустил совершиться святотатству. Безумец в то же мгновение лишился зрения. Варвары бросили икону в колодец, но, поражённые слепотой, сами поняли, что понесли кару заслуженно.
По прошествии восьмидесяти лет, с возобновлением в обители иноческой жизни, по указанию родственников сарацина, наказанного слепотой, монахи обрели чудотворный образ совершенно невредимым. Незадолго перед кончиной, надеясь через раскаяние в совершённом им безумном поступке получить облегчение своей судьбе, злодей заповедал домочадцам отправиться на Святую Гору и открыть там брошенную в колодец икону Богородицы. После этого чудотворная икона с честью была вынута из колодца и отнесена в соборный храм.
Первое же чудо, согласно преданию, произошло от этой иконы во время строительства будущего монастыря, которое проводилось примерно в полуверсте от нынешних построек. Однажды ночью и икона, и все инструменты строителей пропали, а утром были найдены на месте современного расположения обители. И так повторялось раз за разом, пока, наконец, не стало очевидно, что Сама Пресвятая Владычица избирает именно то место для устройства обители.
Ещё одно великое чудо Богородица совершила во время страшного пожара 2 декабря 1948 года. В тот день дул ураганный ветер, быстро раздувавший огонь, и казалось, что пожар уже не остановить ничем. Он нанес монастырю серьёзный ущерб, уничтожив значительную часть северо-восточных построек. Братия вынесла икону и стала петь молитвы. Когда все приблизились к бушующему пламени, оно вдруг метнулось назад и полностью погасло. Над монастырём появилась туча, пролившая обильный дождь, окончательно потушивший огонь. Восстановлением обители занимался департамент по реставрационным работам Греции.
В настоящее время на территории монастыря расположены семь храмов, а также семь вне его. В Пантократоре кроме головного собора есть параклисы: Успения Пресвятой Богородицы, собора Архангелов, Вознесения Господня, святого пророка и Предтечи Иоанна, святителя Николая Чудотворца, святого Георгия Победоносца, святого великомученика и целителя Пантелеимона, Трёх святителей. В иконостасе параклиса Успения Пресвятой Богородицы можно поклониться ещё одной чудотворной иконе великомученика и Победоносца Георгия. Этот образ XVI века был перенесен в Пантократор в 1982 году из находящейся неподалеку кельи.
У монастыря множество