Заседание сопровождалось очень откровенной дискуссией. Тон ей задал митрополит Стефан, заявивший, что после освобождения Болгарии Церковь была сознательно поставлена на задний план и постоянно находилась в конфликте с государством. Владыка призвал добиваться церковной автономии во всей полноте, без компромиссов, и, исходя из этого, коренным образом переработать устав экзархата, провести Церковно-народный Собор и создать центральный денежный фонд на случай возможного отделения Церкви от государства. С целью подготовки отделения Синод начал разрабатывать программу сбора необходимых моральных и материальных ресурсов[49].
На сессии в декабре 1939 г. Священный Синод принял новую редакцию устава экзархата (в которой глава Болгарской Церкви уже именовался не экзархом, а патриархом) и подготовил ее для утверждения органами государственной власти. Работа над основными направлениями программы создания моральных и материальных основ новой миссии Церкви в обществе была завершена летом 1940 г. 27–28 июля две специально созданные комиссии представили свои доклады на обсуждение Синода. Одна из них предлагала ввести изучение Закона Божия в качестве основного предмета в средних учебных заведениях. Этот вопрос был частично решен в 1938 г.[50].
Принятые на основе докладов комиссий конкретные решения Синода по существу представляли единую долгосрочную программу работы с различными социальными слоями, нацеленную на возвращение утраченных позиций и престижа Болгарской Церкви. Социальная деятельность и миссионерская работа были поставлены во главу угла деятельности Церкви, целью которой стало завоевание прочных позиций и авторитета во всех сферах общественной жизни.
4 мая 1940 г. в Болгарии вступил в силу «Закон о гражданской мобилизации», и в ноябре того же года митрополита Врачанского Паисия вызвали в Военное министерство, где заявили о необходимости для Болгарской Церкви оказать содействие духовной мобилизации. Выслушав сообщение митрополита об этой беседе, Священный Синод решил использовать ситуацию для укрепления позиции Болгарской Церкви и подготовить доклад о ее нуждах для правительства, а также отправить послание духовенству об усилении деятельности с учетом новых общественных потребностей. Оба документа, в которые вошли основные моменты июльской программы Синода, были приняты в окончательной редакции 29 ноября 1940 г.[51].
В ходе осуществления этой «программы духовной мобилизации» произошла существенная активизация общественной деятельности Болгарской Церкви (во многом вопреки ожиданиям органов гражданской власти). Укрепление позиций Церкви и сплочение иерархов позволили отстоять ее независимость от государства, и в период Второй мировой войны Болгарский экзархат нередко проводил самостоятельный, не совпадающий