После вторжения немецких войск в СССР митрополит Стефан вновь стал резко негативно относиться к войне, правда, теперь органы цензуры уже не разрешали публиковать ему русофильские статьи. 9 июня 1942 г. владыка с гневом писал в своем дневнике: «Адская эпоха!.. Самые лучшие люди могут впадать в истерию, которой обладает злосчастный фюрер! Но где культура, великая цивилизация немецкого народа, если он поставил руководить людьми фюрера? Не была ли это только маска культуры на варварском обличие тевтонской расы?.. Я давно объявил войну войне, но “один в поле не воин”… Многие мои статьи, в которых объективно рассматривались вопросы мира, цензура не пропустила, и полиция делает мне внушения, чтобы я перестал писать и мыслить об этих деликатных вопросах… Невыносимое рабство»[61].
Критика большевистского режима не затрагивала братского отношения Болгарской Церкви к Московскому Патриархату, и эти симпатии были взаимными. Не случайно портрет Софийского митрополита Стефана – единственного из европейских православных иерархов, – появился в изданной в 1942 г. Московской Патриархией пропагандистской книге «Правда о религии в России». Владыка Стефан и в годы войны занимал активную гражданскую позицию, открыто выступая против политики сближения и сотрудничества с нацистской Германией.
В частности, он единственный из православных архиереев Восточной Европы публично протестовал против нападения на Советский Союз, называя в своих проповедях германскую агрессию «величайшим грехопадением, прелюдией ко второму пришествию» и обвинял тех, кто начал это невиданное братоубийство[62]. За подобные выступления митрополит неоднократно подвергался нападкам на страницах профашистской болгарской печати. После расстрела 1 июня 1942 г. сотрудничавшего с советской военной разведкой генерал-майора Владимира Заимова, владыка Стефан не побоялся совершить заупокойную службу по нему[63].
Однако среди болгарского духовенства были и прогермански настроенные священнослужители. Во второй половине 1930-х гг. различные ведомства III рейха, прежде всего МИД и Министерство церковных дел, пытались вовлечь Болгарскую Церковь в сферу своего влияния[64]. Болгарское же приходское духовенство и монашество очень сдержанно относилось к присутствию немецких войск в стране. Так, например, Рильский монастырь категорически отказался оказать содействие штабу германской армии в Болгарии[65].
Одной из важнейших проблем, которыми занималась Болгарская Православная Церковь в годы II Мировой войны, было административно-церковное управление занятыми болгарскими войсками территориями. С Южной Добруджей вопрос удалось решить относительно легко – ее 27 духовных округов до 1913 г. входили в состав Варненской