5 октября 1908 г. в г. Велико-Тырново (столице Второго Болгарского царства) в церкви Святых Сорока мучеников состоялось провозглашение независимости Болгарии, при этом страна была объявлена царством, а Фердинанд I – «царем болгар». Тырновский митрополит Климент (Друмев) торжественно короновал его царской короной[18]. Следует отметить, что в целом после освобождения Болгарии влияние и значение Церкви в государстве постепенно снижались[19].
Во время двух Балканских войн 1912–1913 гг. Святейший Синод Российской Церкви послал в Болгарию утварь для 150 новых храмов и часовен в освобожденных болгарских землях[20]. Поражение Болгарии во Второй Балканской войне летом 1913 г., закрепленное текстами Бухарестского (10 августа 1913 г.) и Стамбульского (29 сентября 1913 г.) мирных договоров, было воспринято в стране как «первая национальная катастрофа»[21]. Это поражение привело и к значительному сокращению территории экзархата: пять епархий отошли к юрисдикции Сербской Православной Церкви, Солунская (Фессалоникийская) – Элладской Церкви, а приходы в Южной Добрудже – Румынской Церкви. Во всех этих местах были закрыты болгарские школы, изгнаны архиереи и частично высланы болгарские священники и учителя. В подчинении Болгарского экзархата за пределами Болгарии осталась лишь Маронийская епархия в Западной Фракии. Экзарх Иосиф I сохранил паству главным образом в Константинополе, Адрианополе (Одрине, Эдирне) и Лозенграде и в 1913 г. принял решение перенести свою кафедру в Софию, но на берегах Босфора было оставлено наместничество, которым до его ликвидации в 1945 г. управляли болгарские архиереи[22].
Несмотря на неблагоприятные для русских политические влияния, оказывавшиеся частью болгарского общества, руководство Болгарской Церкви поддерживало братские отношения с Россией. Так, когда болгарские австрофильские круги попытались навязать болгарскому народу унию с Римско-Католической Церковью, экзарх вместе с Синодом обратился с увещательным посланием от 19 декабря 1913 г. к своей пастве, призывая ее хранить святую православную веру и духовное единство с русским народом. Это было последнее послание и завет болгарскому народу экзарха Иосифа I, 3 июля 1915 г. он скончался. Вскоре первенствующий член Святейшего Синода митрополит Петроградский Владимир (Богоявленский) выразил телеграммой искреннее соболезнование наместнику-председателю Болгарского Синода по случаю кончины экзарха.
После кончины Владыки Иосифа I новый экзарх избран не был, и Болгарская Православная Церковь 30 лет управлялась Священным Синодом во главе с наместниками-председателями – местоблюстителями, которыми, как правило, являлись старейшие по рукоположению архиереи: в 1915–1916 гг. –