Оккупированная немцами Салоникская, а тем более Эдирненская епархия воссозданы не были. Однако и в четыре новоучрежденные епархии вошли некоторые захваченные итальянскими и немецкими войсками территории, что создавало большие сложности; на этих территориях болгарская духовная администрация не могла полноценно функционировать. Принимая второй вариант проекта учреждения духовной администрации, Синод оговорил возможность после стабилизации ситуации в Македонии и Эгейской Фракии вернуться к данному вопросу и окончательно урегулировать проблему. Однако этого не произошло, учрежденная летом 1941 г. временная духовная администрация в основном сохранялась вплоть до осени 1944 г.[68].
Одной из основных проблем новых земель было заполнение вакантных священнических мест, что являлось хронической трудностью Болгарской Церкви и в старых границах. Скоро стало ясно, что только возвращением прежнего клира экзархата в четыре новые епархии проблему не решить. Поэтому уже с лета 1941 г. туда стали командировать священников, ранее никогда не служивших в новых епархиях. В данной связи Народное собрание одобрило выделение кредита для оплаты 375 болгарских священников и диаконов, которые были распределены по приходам и монастырям в Македонии (280) и Эгейской Фракии (95). Следует отметить, что среди присланных священнослужителей было немало русских священников, поселившихся в Болгарии после окончания гражданской войны в России[69].
Включение в состав Болгарской Церкви новых епархий в Македонии и Эгейской Фракии и сотрудничество на этих территориях церковной администрацией с военными и гражданскими чиновниками дало основание Синоду летом 1942 г. поставить перед правительством вопрос о проведении Церковного Народного Собора, восстановлении существовавшего в X–XIV веках Болгарского Патриархата и выборах патриарха «в связи с окончательным объединением болгарского народа». II Мировая война стала причиной и изменения отношения болгарских архиереев к проблеме схизмы. Иерархи понимали, что фактическое восстановление юрисдикции экзархата над Македонией и Эгейской Фракией не будет гарантировано без канонического признания Болгарской Церкви другими Поместными Православными Церквами и отмены наложенной Константинопольским Патриархатом схизмы[70].
В этой связи 12, 18 и 19 июня 1942 г. на заседании Синода развернулась дискуссия. После бурных дебатов 23 июня 1942 г. было принято единогласное решение: «1. Неотложно приступить к выборам патриарха при участии всего болгарского народа; 2. Просить правительство дать на это согласие; 3. Дать необходимые распоряжения относительно постепенного окончательного устройства епархий в новоосвобожденных землях; 4. Просить правительство согласиться с выборами епархиальных избирателей в новых