15 апреля 1943 г. состоялась частично посвященная этому вопросу встреча малого состава Синода (митрополиты Неофит, Паисий и Стефан) с царем и премьер-министром Б. Филовым, названная в синодальных протоколах «исторической конференцией». На ней митрополиты передали царю одобренный полным составом Синода новый вариант проекта устава экзархата, сопроводив его подробными комментариями, и настоятельной просьбой о скорейшем узаконении. Но и на этой встрече высшие представители государственной власти фактически отклонили просьбы членов Синода, мотивировав это тем, что благоприятный («спокойный») момент еще не наступил[75].
9 июля члены Синода на своем заседании внесли некоторые изменения в устав экзархата. Теперь «самоуправляемая Православная Болгарская Церковь» была названа Патриаршей, появился раздел «Выборы патриарха». Избираемый пожизненно Патриарх должен был иметь болгарское происхождение, возраст не моложе 40 лет, сан митрополита, непорочно управлять епархией не менее 5 лет и т. д.[76]. В этой связи делегация Синода 19 июля посетила премьер-министра Б. Филова, предлагая вынести измененный проект устава на рассмотрение Народного собрания[77]. 29 октября 1943 г. в «Церковном вестнике» было опубликовано официальное сообщение Синода о том, что церковные и политические интересы требуют конституирования Болгарской Церкви в «канонической форме» под руководством национального патриарха. При этом высказывалось желание учитывать вопрос окончательного урегулирования проблемы новых воссоединенных территорий[78].
Дальнейшее затягивание решения вопроса вызвало гневное письмо Синода в Министерство иностранных и религиозных дел от 3 декабря 1943 г.[79]. 13 декабря митрополит Неофит безуспешно встречался с премьер-министром Д. Божиловым и министром иностранных и религиозных дел Д. Шишмановым. Божилов усиленно настаивал на выборах сначала митрополитов для новоосвобожденных земель, а уже затем Первоиерарха[80].
28 марта 1944 г. Синод вновь обсудил вопрос канонической организации Болгарской Церкви, восстановления Патриархата и выборов патриарха. Центральным пунктом заседания являлась разработка процедуры выборов, принятые решения были представлены министру внутренних дел и культуры Христову, который обсудил эту проблему с членами правительства. В тот момент кандидатами на пост Первосвятителя неофициально назывались митрополиты Врачанский Паисий и Неврокопский Борис. Газета «Православная Русь» отмечала, что «делу восстановления Патриаршества придается чрезвычайное национальное значение. Это вытекает из той роли, какую Болгарская Церковь всегда играла в жизни своего народа, и в его прошлой борьбе за освобождение