19 февраля 1882 г. на самом высоком месте в центре Софии была совершена закладка храма. Но ориентированное на Австро-Венгрию и Германию правительство немецких принцев Александра Баттенберга и Фердинанда I Кобургского всячески тормозило осуществление проекта. Лишь в 1895 г. дружески настроенное к России правительство К. Стоилова вновь подняло вопрос о постройке храма. Архитектору А. Н. Померанцеву было предложено переработать проект И. С. Богомолова и воздвигнуть более обширный и величественный храм, который внешним видом отвечал бы своему высокому назначению, а в архитектурном отношении отражал характерные черты древнеболгарского зодчества. Подписание проекта состоялось 31 марта 1904 г.
Земляные работы были начаты 5 августа 1904 г., а общее строительство собора было закончено в 1912 г., во время Первой Балканской войны. Из-за последующих политических потрясений завершение работ и освящение собора затянулось и состоялось только в 1924 г[13].
Помимо возведения новых храмов, в ставшей независимой Болгарии печаталась духовная литература, выходила церковная периодика. С 1901 г. начался синодальный перевод Библии на новоболгарский язык, который был закончен в 1919 г. Церковь также стремилась заниматься духовно-нравственным воспитанием болгарского народа. При значительной финансовой и политической помощи Болгарии экзархат решал задачи просвещения и укрепления национального самосознания болгар, остававшихся на территории Османской империи. Экзарху Иосифу удалось добиться восстановления школ, закрытых здесь в период русско-турецкой войны 1877–1878 гг. Значительную роль играли общество «Просвещение», основанное в 1880 г. в Салониках, и «Училищное попечительство». До 1913 г. в Македонии и в Адрианопольском