До октября 1941 г. Ткаченко отступал вместе с линией фронта и, видимо, за это время показал себя неплохим организатором чекистской работы – руководил ловлей фашистских диверсантов, эвакуацией заводов и колхозов, готовил агентуру для длительного оседания на оккупированной территории – в общем, брался за всё, что ему поручали и справлялся с заданиями неплохо. Его успехи были замечены, и в октябре Иван Максимович получил назначение в Москву, в Экономическое управление НКВД, ответственное за контрразведывательное обеспечение промышленности в военное время.
В ноябре 1941 г. Ткаченко возглавил 7-й специальный отдел Экономического управления, отвечавший за предприятия, выпускавшие миномёты. Это была серьезная должность, находясь на которой приходилось держать ответ и перед наркомом Берией, и перед Главкомом Сталиным. Для Ткаченко всё складывалось относительно неплохо вплоть до января 1943 г., но в какой-то момент он перегнул палку. Когда один из заводов не справился с планом поставок, Ткаченко отправился туда с инспекцией и живо «разрулил» ситуацию, обвинив во всех грехах директора, главного инженера и главного механика. Не мудрствуя лукаво, Иван Максимович прямо из кабинета директора позвонил Берии и заявил, что надо расстрелять трёх упомянутых руководителей – и завод заработает с полной отдачей. Этот звонок разъярил Берию, который уже не раз сталкивался с нехваткой специалистов, либо расстрелянных чекистами, либо мобилизованных на фронт. Нарком в ответ на предложение Ткаченко заревел в трубку: «Мне не нужны мёртвые инженеры, мне нужны инженеры, которые будут выполнять план!» В итоге никто расстрелян не был, а Ткаченко лишился своей должности и направился в Ставропольский край руководителем тамошнего территориального управления НКВД, что явилось очень серьёзным понижением.
Трудно сказать, как бы сложилась его судьба дальше, но в начале 1945 г. Иван Максимович оказался в освобожденной от гитлеровцев Литве, где возглавил борьбу с бандподпольем и занялся зачисткой освобожденной территории от всякого рода нежелательного элемента. В этом деле ему со стороны ЦК партии активно помогал Михаил Суслов, да-да, тот самый будущий «главный идеолог» КПСС, которого многие историки прочат на роль «серого кардинала эпохи Леонида Ильича Брежнева». В 1945 г. Суслов ещё не был «серым кардиналом», но определённые