Причем с самого начала строительства соображения сохранения полной скрытности производимых работ от потенциального противника превалировали над всеми остальными. Доводов в пользу выбора местоположения центра плутониевого производства на южном Урале было несколько: удаленность от Москвы (как главного объекта возможной атомной атаки противника в случае начала Третьей мировой войны), удаленность от государственных границ (до ближайшей госграницы – с Китаем – более 1800 км), наличие в непосредственной близости мощной индустриальной базы (города Челябинск, Магнитогорск, Свердловск и др. производственные центры), развитость региональной инфраструктуры (железные дороги, линии связи и электропередач) и, наконец, прекрасная водная система – 5 сообщающихся озер, позволяющих решить все проблемы с теплоотводом от мощного атомного котла.
Такой была мотивировка выбора местоположения «атомного» города в 1945 г., когда эта проблема решалась. Существуют предания об учёте розы ветров в данном регионе, о том, что стройку решили заложить у нижнего из озер, чтобы исключить радиоактивное заражение остальных естественным перетоком воды, но все эти доводы следует все же считать вторичными. Главное достоинство местоположения одного из секретнейших городов Советского Союза заключалось в территориальной удаленности от любых границ. Этот фактор сам по себе служил надежным щитом для сокрытия «секретки» от глаз чужих разведок.
Эта логика примерно в те же годы подсказала выбор местоположения некоторых других важнейших объектов атомного оружейного комплекса СССР. Рядом с поселком Верх-Нейвинский (в Свердловской области, в 160 км севернее Челябинска-40) был построен другой «номерной» город – Свердловск-44. Там нарабатывали «оружейный» уран. А рядом с городом Нижняя Тура (опять же в Свердловской области, в 300 км к северу от Челябинска-40) вырос Свердловск-45. Первоначально в этом городе планировалось производство урана по другой технологии, нежели в Свердловске-44, но когда инженерные идеи, заложенные в проект, себя не оправдали, производство несколько перепрофилировали и завод превратился в место окончательной сборки ядерных боевых частей.
В Челябинске-40 предполагалось реализовать (и эти планы были успешно осуществлены) весь технологический цикл получения «оружейного» плутония – от загрузки исходных урановых блоков в атомный реактор и облучения их там нейтронным потоком до получения методом порошковой металлургии штамповок плутония-239 спектральной чистоты. Собственно технологический процесс разбивался на несколько этапов: а) облучение в атомном реакторе медленными нейтронами блоков урана-238 и превращение определенной доли последнего в изотопы плутония-239, -240, -241 и 242; б) растворение в азотной кислоте урановых блоков на радиохимическом производстве и доставка раствора на химико-металлургический завод,