La corriente tomista, refugiada en los centros educativos regentados por los dominicos, sufrió también la decadencia de la Escolástica en Quito. Los mismos estatutos de la Universidad de Santo Tomás contemplaban –igual que en San Gregorio- los actos públicos que se sustentarían y las ocasiones del día en que debían disputar. El peripatetismo escolástico decadente se convirtió de esa manera en Quito en el arte de la disputa, en la defensa tenaz y por cualquier medio, de las particularidades doctrinarias de cada corriente.
El excesivo apego al argumento de autoridad y a las sutilezas de todo orden, así como las rígidas disposiciones de seguir indefectiblemente a Santo Tomás en teología y a Goudín en filosofía, impidieron que los dominicos de Quito se abrieran oportunamente a las nuevas corrientes filosóficas. Sólo lo harán en la segunda mitad del siglo XVIII, cuando la escolástica pierda toda la significación y trascendencia que había tenido en Quito.
De este periodo decadente se conservan algunos cursos filosóficos de dominicos que enseñaron en la Universidad de Santo Tomás. Merecen especial mención los cursos del padre fray Manuel Román y del padre fray Nicolás Fernández, que enseñaron en el primer cuarto del siglo XVIII. Estos textos manuscritos esperan consideraciones más amplias porque representan, a fin de cuentas, las únicas muestras de la escolástica tomista decadente en Quito.
Por su parte, los franciscanos también sufrían las vicisitudes de la decadencia escolástica. En 1701 se fundó expresamente una cátedra escolástica en la Universidad de Santo Tomás, amén de las existentes en otros centros franciscanos. Escoto era el filósofo que más cátedras tenía en Quito; sin embargo, esta abundancia de cátedras, en lugar de significar un florecimiento del escotismo y la Filosofía en general, significaba un aferramiento, una búsqueda angustiosa de supervivencia frente a la inevitable caída de la escolástica.
En la vertiente escotista se distinguen, en el primer cuarto del siglo XVIII, los padres Pedro Alcántara Mejía, Bermabé Serrano, Cristóbal López Merino y Bartolomé Ochoa. En el segundo cuarto, los padres Clemente Rodríguez y Agustín Marbán. Los manuscritos de estos profesores, situados todos in Scotti via merecen ahora estudios especiales que pongan de relieve los varios aspectos de esta decadencia.
Los agustinos y su escolástica de tintes agustinianos sufrieron también esta decadencia del peripatetismo escolástico. Y no sólo sufrieron una decadencia filosófica, sino sobre todo una decadencia institucional: su Universidad de San Fulgencio había llegado a tal descrédito que era una vergüenza pública presentar un título conseguido en ella.
Así pues, durante la primera mitad del siglo XVIII la escolástica agoniza lenta e inevitablemente. Felizmente, al margen de esta agonía sucedían hechos verdaderamente significativos para la filosofía que se hacía en Quito colonial.
3.4. La Escolástica modernizante en Quito: 1736-1767
En 1736 llegaron los Académicos franceses a Quito para realizar varias observaciones y mediciones científicas. Con la venida de los académicos Quito despertó de su sueño dogmático y abrió sus puertas a las ciencias experimentales. Esto relegó a la escolástica a sus últimas trincheras: las cátedras de Filosofía de los colegios y universidades regentadas por religiosos. En el segundo cuarto del siglo XVIII se pueden distinguir claramente dos cauces de la filosofía en Quito: el escolástico-tradicional y el experimental-moderno. Pero la escolástica, para no morir del todo, tuvo que integrar varios elementos de la filosofía moderna y de la ciencia experimental, dando como resultado una escolástica modernizante.
La filosofía moderna en Quito tuvo su representante cimero en el padre Juan Magnin, cuya obra manuscrita Millietus amicus cum Catersio, seu Cartesius reformatus espera todavía el análisis de los especialistas. Magnin, que nunca fue profesor de Filosofía, introdujo de manera definitiva a Descartes en Quito. Por su parte, la ciencia experimental encontró su representante máximo en Pedro Vicente Maldonado, científico ecuatoriano que por sus profundos conocimientos fue nombrado miembro de las Academias de Ciencias de París y Londres.
El padre Magnin escribió su obra poco después de que los académicos franceses terminaran su misión y, al parecer, a instancias del mismo La Condamine. Y Pedro Maldonado colaboró activamente con los académicos en sus mediciones científicas. Magnin y Maldonado fueron los frutos maduros de ese ambiente de modernidad que Quito vivió con la venida de la Misión Geodésica Francesa. La relevancia de este hecho cultural espera, igualmente, un análisis filosófico de parte de los pensadores ecuatorianos.
Por su parte, la filosofía académica –sobre todo la de San Gregorio- sufrió un rudo golpe con las actividades científicas de los académicos. Inmediatamente después de su partida, el padre Marco de la Vega tuvo que incluir en su curso filosófico una Notitia variorum systematum en la que revisó el sistema de Descartes. Luego el padre Joaquín de Álvarez se vio forzado a dar un paso más adelante y tratar ampliamente el atomistarum systema, aunque acabó por refutarlo.
Para mediados del siglo se manejaba en Quito la obra Philosophia vetus et nova ad usum Scholae de Juan Bautista Du Hamel y se utiliza igualmente el Curso del padre Fortunato de Brixia que acepta el sistema de Tico Brahe en la Physica. Esto obligó al padre Francisco Xavier de Aguilar a abandonar el Systema Mundo Ptolomei para introducir en Quito el Systema Tichonico. Se nota que el esfuerzo desplegado por nuestros profesores de Filosofía para conciliar las Escrituras con la Ciencia es ya dramático y sólo un exceso de prudencia impidió que Juan Bautista Aguirre introdujera de una vez el sistema copernicano.
Finalmente, el padre Juan de Hospital, presionado por un ambiente modernizante ineludible y por una dinámica interna de nuestra filosofía que había arrancado de los siglos atrás, defendió pública y académicamente el sistema copernicano. Sus Theses Philosophiae, sustentadas en 1761 por su discípulo Manuel Carvajal, constituyen un documento histórico importantísimo en el desarrollo de nuestra filosofía.
Hospital es un escolástico moderno cuyo valor radica no sólo en haber aceptado un sistema moderno sino en haber situado su curso en una perspectiva moderna. Hospital fue lo suficientemente sagaz como para dar a su curso una estructura escolástica y un tratamiento moderno. Su curso de filosofía y los cursos manuscritos de los profesores anteriormente nombrados esperan también el estudio y valoración de los entendidos.
Las otras vertientes escolásticas se vieron forzadas igualmente a introducir la filosofía moderna en sus cursos filosóficos. En la vertiente tomista merecen destacarse, en el tercer cuarto del siglo XVIII, los dominicos Juan Albán y Lorenzo Ramírez, quienes demuestran un cabal conocimiento de las nuevas tendencias filosófico-experimentales.
Los franciscanos, con sus cinco cátedras de Escoto, tuvieron que considerar también las corrientes modernas. Menos eclécticos que los jesuitas, sin duda, tuvieron que buscar los modos apropiados para integrar la nueva Filosofía en su Escolástica. Para 1767, los escotistas constituían la vertiente filosófica más activa en Quito, por eso se les encargaron las cátedras de San Gregorio que los jesuitas dejaron vacantes al ser expulsados por Carlos III. Descuellan en esta época los padres Tomás Enríquez de Guzmán, Francisco Xavier de Jesús y Lagraña, famoso por la Carta teológica que Eugenio Espejo escribiera con su nombre, y Manuel Corrales que enseñó Filosofía en San Gregorio.
Después de la expulsión de los jesuitas, la escolástica quiteña muestra una marcada tendencia de eclecticismo con los inevitables matices de la Ilustración. Eugenio Espejo es la figura cumbre del último tercio del siglo XVIII, junto con Miguel Antonio Rodríguez, quien en 1795 introdujo por segunda vez en Quito las ciencias experimentales.
La expulsión de